Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395176.1
Sequence Length
2456 nt
GC Content
0.4520
CUCGAAUGCAGCGUCUACGCCUGGUGAAUGGACGCACUCUUACCAAUUCUGCUCUGGGAGAUGCAGCGGUAACCUACCGAGCGCAGAGGCCGGCGCGCACCCGUGGAGCCCGCGCUCGCGAUCCCUCCUCGUGCCAGGGCCCCAGGGCAGUCAAGGCCUGCCGACCGUUAGGCGGGUCAAGGGGUACACAGGGUGCGAAUUCGUUAGGCAAAAGCUGGGUACAGGCGCGAGCCACAGGCACGGAAACCUCGCGCCGACCGGGGCCCUAGGCCCGACGACGGCAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUGUAAAUAUCCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-757.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -808.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 700.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.((((((((((((..(......)..)))))...((((((((((((((((.(((((..((((.((((((...((((((((.(((..(((.((((.((..(((.(((((((((((.(((.(((((((((((.((........((((((((........)))))))).....((((.(((..(((...........)))....))).)))).((((((((((........))....))))))))..)))))))))).))).)))...(((((..(((((((.((((......))))..)))))))...)))))..(((.....)))..)))))).))))))))..)))))))))..))).))))))))))))))(((.((((.(((((.((.......))..)))))...))))...)))......))))..))))).))))).).)))))....))))).((((((((((.....)))))..))))).(((....)))(((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))((((((((((((((.....)))))...((.(((((........)))))))..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....)))))))))))))))....((((..(((((.((((.....(((((.((....((((((((((.((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))....(((.((((....)))).)))...((.((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).)))).((((..((.(((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....(((..........(((((((.((.....)).)))))))))).(((((.((.((..(((((.............(((((((.((.....)).)))))))....))))).)).))..)))))((.((((((...((.(((..(((.(((((((.((((....................)))).))))))))))..))).))(((..(((.....)))...))))))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).))...))))..))))))....))))....)).)))))...))))..)))))....)).))..((((((...)))))))))))))))......))))))).)))....(((((((((........((.((((...((((((((.((.((((.((........)).)))).)))))).)))))))).)).....................((((((...)))))).....((((.(((((((((((((((..(((...........)))(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).)))))))))))))))......))))).))).)))).)))))))))........)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{((((,((((,((((((((((..(......}..)))))}..((((((((((((((((.(((((..((((.((((((,..{(((((((.({(,.(((.{(({.((..(((.(((((((((((,((,.(((((((((((.((.....,..((((((((........)))))))).....((((.(((..(((...........)))....))).)))).((((((((((........))....))))))))..)))))))))).}||{|||({.({.{{..(((((((.((((......))))..)))))))},.)))))}}|,|....}))))})))))),})))))))..)))))))))..))),))))))))))))))((,,((((.(((((.((.......))..)))))...))))...)}),.....))))..))))).))))).).)))))...,))))).,,,,,}}||}}}|.,,,||{{.||||..{{(....)}},||||||,,{{{((((((,.....,.(((.(,.{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},|{.|||||,,..)))))||||{{{|{{((((((.....)))))}}.||,|{|||,{{{{,,.||,,,,,,}}))}|}}}}}}|{(({{.((.{(((,{{((,.....}}}).}})})|}},}}))|{{((((({(((((((((...))))))))),(((({{{{,.{{{,|,.,{{(({,...,{{(((({{{{,....{{{{{{{{,{,{{,{{.,,{,{.{{||{...|||,,.,}|||,{|,,|||||,,{|{{|{{{{.......{(((((((.....((((.((((((({,(((.((((((((.........)))))){{(((({{...{{{{{{..{||{,,,|||,,....})||{((({{.{{{{,{,..(((((((((((.{{{{{{{({,,.({{{{|{{{(.{{.....,.((((((((....)))))))){.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}....}}.})}))))))})})))}})))}|,{(((,,,.}|||,,,,.}}}||,,,,.,..}}}}.}}||||},.|((((({..........,,,},},,||{{{|||,..,||||||.{{||||,|{{{{...{{{.|||||.||,{{,{{{,.{{.{{{{,{{.|{,,,{{.{|||}}.,,||||,..,.||||.||{||(((.((((....)))).))).....|,,....,.....(((((((.((.....)).))))))).)))}}.))}.}})))}))))).............(((((((.((.....)).)))))))}}}}).},.))))))),,(((((({,(,,(({.....||}..|.)))}}||,|,|||..}}}}}}..}}}}))}}..,|.{{.,||({{,|||{{|,....)))).}),})).)}.)}..))),))),).))))))),)))..},)),)))))).}},,..}))))}}|.(((....))).,|||{|...}))}}..,,,|||..{(({.{{{{{{{{|||{{{{.{,{{.,(({(((,..}})))),}))|||||,,...{{||||||.,,|,{{,,,,,,,|||.},,.,)}}|}|||,,}}|,{|||||{((.(({{.{{....,..,)},)))),,)))))).)))))))},.})))......,,,,,,|||,,,||||,..})))}}},}}}}}}||.||,|||||||{{|{{.,{||,|{,,...||,|}}|{{.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}....}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{.{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).)))))))}}}}}})},.,,||}}})))})}..,,,...)))))))},......))))}
Back