Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001395180.1

Sequence Length

2128 nt

GC Content

0.4295

CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-612.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -656.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 699.86

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((.(((((((((((.......)))))......(((((((.((((......))))..)))))))(((((.(((((((((..((((...((.....(((((((((((.((((((....))))))..(((((((((...((.(((.((((((....))))))))).))..((((((((..(((((..((((.(((((..(((((((...((((.(((((....((((.(((((.(((.(((((..((((.(((.((((..((((((.....(((((((........)))....(((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..)))))....(((.(((((....))))).)))..)))).....)))))).)))).)))....))))..(((((((((((((((((((((..((..(...((((.((..((((......))))))))))...)..))..)))))))(((((((((...))))))))).((((.((....)).)))).)))))....((((((((((....(((.......................)))...))))).)))))....(((((((((((.............((((((((.....((((.(((((((..(((.(((..((((((((..(((..(((.(((((((...((((....((((.((......)).))))((((((.((((((...(((((((((((....((((((...(((((.((((.((.......((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((....)))...))))))))).)))))......)).))))))))).)))))))))))).((((....)))).....)))))....))..)))).)))))).((((.(..(((((..............((((((((....(((((..((((((.(((((...(((.(((((.((.((.((((.((.((((.((.((........))))...))))..)).)))).)).))(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))).(((((((.(..(((.....)))..).))))))).)))))..)))))((......))..)))).)))))))..)))))).))))))...))...))).)))...)))))))))))....)).))))))..(((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))....................((((...))))))))))))))).))))))))).))))).)))))))).)))).))))).))))..))))).........))..))))).))))..))))).....))))))))....((((((((...))))....))))..)))))))))....((((((((..((((((((....((((((((.((((..(((....)))..)))).)).)).))))..))))))))...))))))))..................))))))))))).....))...))))....((((.(((((((....))))))).))))..((((((((......))))))))))))))))).))))).(((((((((...((((((....)))))).....)))))))))(((((((((.((((..............(((...(((((((((......)))))))))...))).((((((((.(((....(((((((.((((((((.((((.....)))).)))))))).......)))))))..)))))))))))....)))).))))).))))..))))))))))).................................

Thermodynamic Ensemble Prediction

..{((((,((((((({,((({{{(((,(({,.({,(((((((({.((((......))))..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.,((({{{{.(({,,{({,(,,,||}},,)))})))))}.))).)))..{({(.(((((,((......}))..)))))...}}}}.....,,)))))).))..))))))).,((.,.,,||||,}||}}}}|,.||.,||}.}}||}}}}|{{..{{{,.{{{,.,,}||{((((({.{{{(((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{({..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},||.|||||}}..)))))}))}.||}}|,,,,||,}},||}}}}}}.}}}|||||,,.{{{{{|||{{,,.,{((((((,,((,,(,..{(({,((,.{(((......))))}))))),,,},,))..})))))}(((((((((...))))))))).((((,({,,.,||.}},}{{(({{...,{{((((((((,,...{({{{{{{{{,{{{{,..,,,{,{{,|{,..|||,,.,,|||,,|.,|}))|,,,|.,}}..}},.,,,,{((((({{.....((((.((((((({.(((.((((((((,,......,}}}}}||(((((({,..{{{{||,.,,|{.{{|||||....,}||((((((.{(({|{,..{((((((((((.{{{({{{{{,,.{{{{{|{{{{.{{.....,.((((((((....))))))))|.((((((((((((((..(((....,)),..))))))))).))))).}....}).)))}))))),)}})))))))}).{(((....)))),,.,.}}))).,...,..)))}.}}}}}}}||||.{||{|,{,.......,,,,,..{(((((((....(((((,.((((((.(((((...(((.(((((.{(.((.((({.((.{(((.{{.{{,.....||),)).,,))}}..,}.}}||.||,||(((.((((....)))).))).....|,,....,.,...(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).)))))))})))).,..)))))))}.(((((((.(..(((.....)))..).))))))).}}}}}.,)))))}},}||.{{,.{,(((.||((((.....)))).)),))),},.)}..))).))).}.)))))))})))..}.)).)))))).,{{{.(((((({{{((((((.{,{{.,(({((({..}})))).,}}{{||(,,...(((((({{..,|,{{{,,.,..|}}.}},..)))))))),,}}},|}||||{((.((,,.,,....,..}),}))))}.)))))).))))))))..})),...,.,,,}}}}}||,,.|}}}},,}))),,,,})))))},.}}|}))))}||{|{|,||||}||}},,,},,))}|{{.(((({.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,(((({{{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((..,,,((({{{.(((,{{||.....,}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||.,}.,..}}}}||||{(((((((({((({,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,||....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,((({{.,,,..}}.,.},)))}))))))))}))))))))).))).))))))))......))})))))...))).)))))))).)))))))},},})})}}}}}})))),,,,,........,,,,,,..............