Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395181.1
Sequence Length
2119 nt
GC Content
0.4271
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-608.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -651.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((((.(((.((((((((.....(((((((.....(((((..((.(((..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))(((........)))((((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....))))))))))))))))))).((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))))).)).)))))(((((.......))))).((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).))(((((..(((((...((((.((.((...((((((..(((((..((((((((((((((((.((((....)))).))).....)))..)))))...(((((((.((.....)).)))))))(((.(((((.((.((..(((((.............(((((((.((.....)).)))))))....))))).)).))..))))).)))...(((.((..(((.((..(.(((.((((((.....)))).)).))).)..))..(((.((....)).))).....)))..)).))).((((((..(((((.(((.((.....)).))).)).......)))..)))))))))))))))).))))))((((.((((((((((.((((...(((.(((((.((.(((.(((.((........)).))).))))).)).))))))..)))).)))))))))).)))).........(((((...))))))).)).))))..))))))))))...))))))))))))))).))).(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).))))))))...)).))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((,((((((({,((({{((((,(({,.{{,(((((({{{.((((......))))..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.,((({{{{.(({,,{({,(,,,||}},})))})))))}.))).)))..{({(.(((((,((......}))..)))))...})}}.....,,)))))).))..))))))).,((,,,,,||||,,||}||}|,.||.,||}.|}||}}}}|{{.,{{{,,{{{,.,,}||{((((({.{{{(((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},||.|||||}}..)))))}))}.||}}},,,,||,}},||}}}}}}.}}}}||||,,.{{{{,|||{{,,.,{((((((..((,,(,..{(({,(({.{(((......))))})))}),,,},|))..})))))}(((((((((...))))))))).(((({(({,.,||.}},,,{(({,...,{{(((({{({,,...{{({{{{{{{,{{{{,..,,,{,{{,|{,..|||,,.,,|||,,|..,}))|,,,|,,}}..}|}.,,,,{(((((((.....((((.((((((({,(((.((((((((.........)))))}{{(((({{,..||{|{|{,.||{{{||||||....,}||||{{{{.{{{{||,..{(((((({{((.{{{{{{{{{,,.{{{{||||||.{{.....,.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).},...}).)))}))))),)}})))))))}|,{(((,,,.}|||,,,,.|}}||,,,,.,..}}}}.}}||||},,|{{{{{|,....,....,}}},)},|||{{|||,..}||||||.|{||||,||{{{...{{{,|||||.||,((,{{{{.((,{{{{,{{.{{,...,.||}}}}.,|||||,..,.||||.||{||(((.((((....)))).))).....|,,..........(((((((.((.....)).))))))).}}}}},)}}.|}}|}}||||}.,...........(((((((.((.....)).)))))))||}}),},.}))}))},})}}}.)))..}||}}}}}.,({.((,.(,(((.{(((((.....)))).)).))),),.))..))).))).},))})))),)))..},)),))))}).,{{{.(((((({{{((((((.{{{{.,(({(((,..}})))).,}}{{||(,,,..(((((({{..,|,{{{,,.,,.|}}.}},..)))))))),,}}},|}||||{((.((,,.,,....,.,}),}))))}.)))))).))))))))..)))....,.,,,,,}}|||,,,||}}},,})))}},,}))}))},.}}}})))))||,|,|,||||}}|}},}}},,)),{({.(((({.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((..,.,((({{{.(((,{{|{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||.,}.,..}}}}||||{(((((((({((({,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{(({{.,,,..}}.,.},)))}))))))))}))))))))).))).))))))))......))})))))...))).)))))))).)))))))},,,})}))})))))))),.,,,........,,,,,,..............
Back