Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395182.1
Sequence Length
2222 nt
GC Content
0.4284
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUCUGGUCCUCCCCGCUUUGCAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-637.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -682.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 768.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((((.(((.((((((((.((...(((((((.((((((((....(((((((.((((.((((......))))..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))...)))).)))))))(((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....))))))))))))))))))..((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).))))).)))))).))............))))))).((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).))(((((..((((((((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))((....))(((((....))))).............(((((((.((.....)).)))))))((....))..((.(((((((((.(.((((((...........(((.((((((.((...)).))))))))).......((((..((((.....))))..)))))))))).))))).))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))).................((((((...))))))...........)))))))))).......)).)))))))).))).(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).))))))))...)).))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{((((,({(((((({((,..,,,{|||||,||,{(((({{{((((((((({,,((({((({((((.((((......))))..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.{({{{{{{.(({,,{((,(,{,||}},,)))})))))}.))).)))..{({{.(((((,((......}))..)))))...}}}}.....,,)))))).))..)))))))..(({{{{{{{{{..{{,||.{(,{{{||{|,|||{,||||{{.,|||..|{|,,,,)}}{||||||.,{,(((((({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},{{.|||||,,..))))),))).|}))},.,,|}.}},}))))))).))))},,,}}}}.}}})}}},,|,,{(((((({{(({(((...((.{((({({{(,.,...}}}).))|||{|||||||.,})))))}(((((((((...))))))))),(((({(({,.,{|,,,..,{|{|....|{{((((,,{,.....,{{{,.,,{{|{,,||.,.,||.|||||...}}}},.,||||.,|,||||||||||,||||||.......,||||||,.....(((({((,((,({{(((.,(((((((,........))))))},||||{|,..||.|}}}..}}|.||}}}}},....)))||||||}||||}|},.{(((((({{((,{{{{|||{||}}|||,||||||,{|.....,.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).},,,,}},}|}||||}},},}}}))))),|,{(((,,,.}|||||,,.|,|||{{{|.,..}}},.,,||||}||{({({{{{{,,...........},,||{{{|||,..,||||||.{{||||,||{{{...{{{.|||||.||,((,({{{.((,((((,((.{,,,,{{.{{||}}.,,||||,..,.||||.||{||(((.((((....)))).))).....|,,....,.....(((((((.((.....)).))))))).)))}}.)}}.}})))}))))).............(((((((.((.....)).)))))))||}}}.},.))))))),,(((((({,(,,(({.....}}}..|.}}}||}},}|}},.,)})))}},|||.{{,,{|(((.||((((.....)))).})})))}},.),..))),))),}.))})))),))),.},))})))))).}},,..,)))}}}|.(((....))).,{{{{{...}}}}}..,,||||..{(({.{(({{{{{{((((({.{,{{.,(({((({..}})))).,)}{{||(,,,..{{{|{{{{..,|||||,,,,,,|||.}},.,)}}|}}}|,,}}|,||||||{((.((,{.,,....,..,),,)))),,)))))).)))))))},.})))...........,,,{,,,{{,,,..})))))},,,,}||||.|||||||||||{|{,.,{||.||}},,,},}))}{({.(((({.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{|.....,}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||.,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,||....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{(({{.,,,..}}...},)))}))))))))}))))))))).))).))))))))......))})))))...))).)))))))).)))))))},,,})})}}}}}}))))},,},.......,,}},,,..............
Back