Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395184.1
Sequence Length
2190 nt
GC Content
0.4260
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-625.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -669.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 580.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((((.(((.((((((((.....(((((((.....(((((..((.(((..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))(((........)))((((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....))))))))))))))))))).((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))))).)).)))))(((((.......))))).((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).))(((((..((((((((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....(((..........(((((((.((.....)).)))))))))).(((((.((.((...........(((((((.((.....)).)))))))..........)).))..)))))((.((((((...........(((.((((((.((...)).))))))))).((..(.(((.((((((.....)))).)).))).)..)).....)))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))).................((((((...))))))...........))))))))))...))))))))))))))).))).(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).))))))))...)).))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((,((((((({.(((.,(((({(({,,{{((((((({{{.{(((,{..{{||||..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.,((({({{.(({,,{((,(,,,||}},,)))})))))}.))).)))..{({{.((((({((......}))..)))))...}}}}.....,,)))))).))..)))))))..(((((((((((..{{.{{.{(,{{,{|{|.{|{||||||{,.,|||..{{|,..,)||{{((((|.{{{(((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},|{.|||||}}..)))))}))).|}))),...}).)},)})))))).))))){{{........}}}|{{{..(((((((((((((((...((.((((((..((.{......).))(((((((((((...))))).(((((((((...))))))))),(((((((((,,,|.....,{||,....,((((((,,{,.....{{{,,...,,{{..{{....,}.}})),...))))}..}},}..},,)))))})))..))}}},.....,.))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).)))},}}..)).))))..))).})))))}}....)))))))))))))))})},,||{||{.|{({((((....))}}))},,))))}),,,,...{.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))),)},|||}}}}}{||||,,,.,,,}}}||.((.((((((.,(((((((.(.(((((((.{,........((((...((((((.,,..........,,.))))))..))))},))))))).).)))))))........,)))))).))(((((,.,(((((((((((....((((.((((,,.{((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....,{{..........(((((((.((.....)).))))))){{...,||,.||.{{.....,.....(((((((.((.....)).))))))){{....}}..||.||,,|||||,(.((((((......,,,..{((.{(((({,{|...,},)))))}|||.{{,.{,(((,{{((((.....)))).}),)))})},),,,))))))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....))).,{({({...,}}}}...,,,,,..{(((.((({{{{{{((((((.{,{{.,((((((,..}})))).,}}{{||(,,...({({({{{..,|,{{{,,.,,,|||.}},..)))})))},,}}},||||||{((.((,,.,,....,.,}),}))))}.)))))).))))))))..))))............,,{{,{{,,....})))))}.....,,,...))))})))))...|}|||}}}}}}}}}}.})).{((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).))))))))...}),))))))))))),.,,,.......,,,,,,...............
Back