Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395189.1
Sequence Length
2493 nt
GC Content
0.4633
CUCGAAUGCAGCGUCUACGCCUGGUGAAUGGACGCACUCUUACCAAUUCUGCUCUGGGAGAUGCAGCGGUAACCUACCGAGCGCAGAGGCCGGCGCGCACCCGUGGAGCCCGCGCUCGCGAUCCCUCCUCGUGCCAGGGCCCCAGGGCAGUCAAGGCCUGCCGACCGUUAGGCGGGUCAAGGGGUACACAGGGUGCGAAUUCGUUAGGCAAAAGCUGGGUACAGGCGCGAGCCACAGGCACGGAAACCUCGCGCCGACCGGGGCCCUAGGCCCGACGACGGCAGCUGACCAGCUUCGGCCGGUUUGGGGAUAAAGGGAAGACAGGCGGCGCGGGGAGUGGGAACGCCUGAAGGCCGCGCCCCUCCUUUCAGGUCGGCCAGGAGCGCGCCGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGGUAGCCAAAUGCUAGGAGGCAUGGGUUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-791.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -842.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.((((((((((((..(......)..)))))...((((((((((((((((.(((((..((((.((((((...((((((((.(((..(((.((((.((..(((.(((((((((((.((..(((((((((((.((........((((((((........)))))))).....((((.(((..(((...........)))....))).)))).((((((((((........))....))))))))..))))))))))..(((((((((((((.((......((((((((((((((((.....((((......(((.(((((((....((((....))))....))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))((((((.((((......))))..)))))).....)))))))......))).)))))))).))))))))..)))))))))..))).))))))))))))))(((.((((.(((((.((.......))..)))))...))))...)))......))))..))))).))))).).)))))....))))).((((((((((.....)))))..))))).(((....)))(((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))((((((((((((((.....)))))...((.(((((........)))))))..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....)))))))))))))))....((((..(((((.((((.....(((((.((....((((((((((.((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))....(((.((((....)))).)))...((.((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).)))).((((..((.(((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))((....))..((.(((((((((.(.((((((..(((((....))))).(((((...)))))..(((......)))..((((..((((.....))))..)))))))))).))))).))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).))...))))..))))))....))))....)).)))))...))))..)))))....)).))..((((((...)))))))))))))))......))))))).)))....(((((((((........((.((((...((((((((.((.((((.((........)).)))).)))))).)))))))).)).....................((((((...)))))).....((((.(((((((((((((((..(((...........)))(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).)))))))))))))))......))))).))).)))).)))))))))........)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(((((((.((((((((((((..(......}..)))))}..((((((((((((((((.(((((..((((.((((((,..{(((((((.({(,.(((.{(({.((..(((.(((((((((({{((.,(((((((((((.((.....,..((((((((........)))))))).....((((.(((..(((...........)))....))).)))).((((((((((........))....))))))))..)))))))))).,((((((({(((((.((......((((((((((((((((,....,((({,....{((.(((((((....((((....)))}....))))))))))))))))))))))))).))))))))))))|((((((.((((......))))..)))))),....))))))).,....)))})))))))),})))))))..)))))))))..))),))))))))))))))((,,((((.(((((.((.......))..)))))...))))...)}),.....))))..))))).))))).).)))))...,))))).{{{{{||{|||,,.,|||||,.}|||}.{{(....)}}{{(((((.((((((({((......,.(((.(,.{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))}.|,.)))))))..)))))}|((((({((({{{{{.,,,,|}}}||,.,,.,{|||,|,,,...}}}}||,.,||{{{{{||(({(((,..((.{((({{,{({.,...,,,).))|||{||{||||..,||||},(((((((((...))))))))).((((((((({{,{.....,,((,....,((((({..,......,,{{{,,,..{{,,{{.,..,|.||}||...|||}}.,,},|,,|},})))},,}},,}},}|{,.,,,,.||||||,...,,(({{(((.((,((({{(,,(((({((,,...,...}}}|}}}.||||.}}..}).)})}.,))).}}))))})},,.))))))}}},},}}},}.,|||||}|||||.||||}},{,(({{,.{|}}},||||||,,,{.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}..{{{.,|||,}}}))))})))...((.((.((((((.,(((((((.(.(((((((.{,........((((...((((((.,,..........,,.))))))..))))},))))))).).)))))))........,)))))).)))).{{{{..||,|||||||,,,,((((.((((,,.{((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....,{{..,.......(((((((.((.....)).))))))){{....))..{(.{{{,||||(,(.((((((..(((((....))))).(((({...}))))..,{{.{{{.{{,,|,(((,,{((((.....)))).,)})))))},),},))))))))).)),)))).)))).))))))))))).)))),,,}}}||}}.|{,..,}))}.}|||||...,}))}..,,||{|,}||{|.|}}|..}})}}|||,.|.||.,((((({..,})))))})))})))),....,})))))}.))).{{.(((((((((.....{,,{(,((({...{(({{(({{((.((((.((........)}.)))).)))))),}))))))).)}.,},............,,{{,{{,,....})))))}.....{{{{.{(({(({{{((((((.,(((.,{.....}}.)))|{{.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{|.....,}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||.,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,||....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......))})))))...))).)))))))).)))))))})))))))....,,))))))})}.,}}}.}}))))))),},.....))))}
Back