Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395193.1
Sequence Length
2472 nt
GC Content
0.4761
AGUCCCGGUUCCCCGCCAUCAGCACGACCUGUGUGAGAGCACAGGGUAUCUGGGCAGAAGGAAAACUAGGGGAGCCUCAUCCAGCGCUGGAGAUGGAGAAGCUUUGGGCUUCUCGACGGCGAGGCACCCGGGGAACGGGGAGUCACUUAGAACCUCAAAGUAGCCUCGGGCGAGAACAAGCGAAGCAAUUCCAAGCUCUACCAGGUCACGGAGGGCGCGAAACCCGCCCCGCGCUCCGGCCGGCCGGCAGGGGGCGCGCGCUCCCCGAACUCCCGCGCACCGCGGAGGAGGCGGCCCUGGCGCGGGGAAGCAGUGGGAAAAUCGCAAGGAAGCCGGGUAAGGACCUUUCAUUUUCAGCCCUGCUCUUUAAAUACUAGACAUACCGUCUGGCGCAUGUCGAGGCGUGUAUUAUUUUGAUCCAGUGCGCGUGCCGUAUGUGACUUGGCUUGGCUUCCCCUGAAAGCAGCGGCUGUGGGGAGUUGAUUCGGAAGUGAAGGGCCCUGGGCGACCCGGCGAGUAGAGGCAACACCAACACUCCUCCUUAGCGAGGGGUCUCCCCGCCGCGGUGGCUGCCCGGCCCCAAGGACAGGAGGGAUUUGUGCACUGACUCCUGACCCCGUCCUCCAGCGCUGCUCUGAAGGGAGAGUCUGUGCAGUGGCACCUGCGCGAAGCUGGCCAAAGCCUGCCCAGACGGCUCACCUGUGCGGGAUGGAACAAAAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-808.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -854.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 535.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.((((((((((..(((.....(((((((....)))))))....))))))...((.....))..(((.(((((.......((((....(.((((((((...)))))))).)))))))))).)))))))))).)))).(((((((....(((...((.((((.((..(((.....(.(((....))))...)))..)))))).))((((.(((((...(((((((((.((....)))))..))).)))..))))).))))((((((((((((.((((((((.((.((.((((((..((((((((.(.((((......((((..((..(((.((...((.((((((((((((((((..(((.........((((((.....))))))((((((.((..(((((((((..........)))))))))..))))))))....)))..))))(((((....(((....)))..)))))........)))))))))))))))).)))..))..)))).....((.....))..))))).))))).))).)))))).)))).))))))))((((...((((((..((.((((((...............)))))).))((((((((....(((((((((((((((.(((((((((((......)))))).((((((..(((((((..(((..((((.....))))..)))..(((((((....))))))).((((......))))..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))........(((.((((((...((....))....)))))).)))...((((.(((.....)))..))))(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))...)))))))..))))))...))))))))))))))).)))))..(((((((.........)))))))......((((((....)))))).))))))))(((((((.......))))).))((((....))))(((....)))(((.....))).....((((((((.(..(((((..............((((((((....(((((..((((((.(((((...(((.(((((.((.((.((((.((.((((.((.((........))))...))))..)).)))).)).))(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))).(((((((.(..(((.....)))..).))))))).)))))..)))))..))))...))))))))))((((.....)))).))))))))).))).(((.((....)).))).))).....)))))))....(((.(((((((((.(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))).................((((((...))))))..................(((((((..(((...........)))(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).)))))))))))))))....))))))))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.((((((((((..(((.....(((((((....)))))))....))))))...,{.....}}.{(({.(((((.,{{,..,{||},..{.((((((((...)))))))).,},,}))))).)))))))))).)))).{((((((,...(((...((.((((.((..(((.....{.(((....)))}...)))..)))))).))((((.(((((...(((((((((.((....)))))..))).)))..))))).))))((((((((((((.((((((((.((.((.((((((..((({((((.(.((((......((((..((..(((.((...((.((((((((((((((((..(((.........((((((.....))))))((((((.((..(((((((((..........)))))))))..))))))))....)))..)))}(((((....(((....)))..)))))........)))))))))))))))).)))..))..)))}.....,|.....}}..)))),})))),.))).)))))).)))).))))))))((((...((((((..((.((((((...............)))))).))(((((({(,...((((((((((((((({(((((((((((......)))))).((((((..(((((((.,(({..,{||}....||||,{|||.{(((((({....})))))),{(((,..,,.}}}}..(((((((..((.((((((.(....(((.(((.,((({{{{.(({,,{({{(,,,||}}}})))})))))}.))).)))..{({(.(((((,((......,))..)))))...}))}.....,.)))))).))..))))))).,,{....,|,,{{{{|{.,.{(....))}..,})))}}.||{.,(((.,{((....)}).)}))}},{(((((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{({..{,....,}...})}.)))))))))..)))))))))))))..))))))))).}}.)))))))...)))))))..))))))...))))))))))))))).)))))..(((((((.,......,)))))))......((((((....)))))).)))))))),{(((((.......))))).}}((((....))))||,....||,(((,....))),.,..((((((((.(..(((((..............{(((((((....(((((,.((((((.(((((...(((.(((((.{(.((.((({.((.{(({.((.({,.....||},}}..,))}}..,}.)))}.||,||(((.((((....)))).))).....|,,....,,,...(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).)))))))))))).,..)))))))}.(((((((.(..(((.....)))..).))))))).)))))..)))))..))))...))))))))))((((.....)))).))))))))).))).(((.((....)).))).)))...,.))))))}....((,{(((((((((.(((....)))..(((({...}}))}...,||{{..((((.((((((({{((((((.(,{{.,(({((({..}})))).,}}(({{(,,...((((((((...{,{{{.,.,..|}},}}|..)))))))),}}}}.|,||||(((.((.,.,....,}.,}).}))))}.)))))).))))))))..))))............,,,,,{{,,....})))))}.....,......,,,...|||{{{{.,{{{.,|.....}}.)))|{{.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}....}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{.{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).)))))))}}}}})),,...))))))))))))...........................
Back