Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395264.1
Sequence Length
2041 nt
GC Content
0.4321
CUUUCGGAGCUUGACCAGCAUGUGGAAGGAGAGCUCUCAUGGCUGCAAUAACUUAGGGAGUUCCUACCUGGAUGACACUGGGGUAGGAAGUUUUCUGUUUGUUUUGUUCUGUUUCGGAGGGUCCCGUGCACUUCUCUUGCCUGGAUCAACGUGACUCUUGGUGGUUUUUGCACACCCUGCUCUGUGGGGGAGUGCCCCAACGUGCCUGUCUUAUGUGGCCUCUAUGGACACACUGCUCAGCUGGCAGAGAACAGGGAAGUUUUCUCCCAGCACCCAAAAAGAGAAAGAGGAAACUACUUUUUCUUUCUGGGCUCCUUGCAGCACAAUAGAUCAGGAUAAGCUUCCACAUUUCCUCUCUGGAGUUUCUGGAGUGGUUUCCAGGAAGAAGUUAAACCUUCACCUUUAAAUGGAUGACCAUGUCACAAUCAGGAAGAAACAUCUCCAAAGACCCAUCUUUAGACUAAGAUGCUUGGUGAAGCAGCUGGAAAGAGGUGAUGUUAACGUCGUCGACUUAAAGAAGAAUAUUGAAUAUGCGGCAUCUGUGCUGGAAGCAGUUUAUAUCGAUGAAACAAGAAGACUUCUGGAUACUGAAGAUGAGCUCAGUGACAUUCAGACUGACUCAGUCCCAUCUGAAGUCCGGGACUGGUUGGCUUCUACCUUUACACGGAAAAUGGGGAUGACAAAAAAGAAACCUGAGGAAAAACCAAAAUUUCGGAGCAUUGUGCAUGCUGUUCAAGCUGGAAUUUUUGUGGAAAGAAUGUACCGAAAAACAUAUCAUAUGGUUGGUUUGGCAUAUCCAGCAGCUGUCAUCGUAACAUUAAAGGAUGUUGAUAAAUGGUCUUUCGAUGUAUUUGCCCUAAAUGAAGCAAGUGGAGAGCAUAGUCUGAAGUUUAUGAUUUAUGAACUGUUUACCAGAUAUGAUCUUAUCAACCGUUUCAAGAUUCCUGUUUCUUGCCUAAUCACCUUUGCAGAAGCUUUAGAAGUUGGUUACAGCAAGUACAAAAAUCCAUAUCACAAUUUGAUUCAUGCAGCUGAUGUCACUCAAACUGUGCAUUACAUAAUGCUUCAUACAGGUAUCAUGCACUGGCUCACUGAACUGGAAAUUUUAGCAAUGGUCUUUGCUGCUGCCAUUCAUGAUUAUGAGCAUACAGGGACAACAAACAACUUUCACAUUCAGACAAGGUCAGAUGUUGCCAUUUUGUAUAAUGAUCGCUCUGUCCUUGAGAAUCACCACGUGAGUGCAGCUUAUCGACUUAUGCAAGAAGAAGAAAUGAAUAUCUUGAUAAAUUUAUCCAAAGAUGACUGGAGGGAUCUUCGGAACCUAGUGAUUGAAAUGGUUUUAUCUACAGACAUGUCAGGUCACUUCCAGCAAAUUAAAAAUAUAAGAAACAGUUUGCAGCAGCCUGAAGGGAUUGACAGAGCCAAAACCAUGUCCCUGAUUCUCCACGCAGCAGACAUCAGCCACCCAGCCAAAUCCUGGAAGCUGCAUUAUCGGUGGACCAUGGCCCUAAUGGAGGAGUUUUUCCUGCAGGGAGAUAAAGAAGCUGAAUUAGGGCUUCCAUUUUCCCCACUUUGUGAUCGGAAGUCAACCAUGGUGGCCCAGUCACAAAUAGGUUUCAUCGAUUUCAUAGUAGAGCCAACAUUUUCUCUUCUGACAGACUCAACAGAGAAAAUUGUUAUUCCUCUUAUAGAGGAAGCCUCAAAAGCCGAAACUUCUUCCUAUGUGGCAAGCAGCUCAACCACCAUUGUGGGGUUACACAUUGCUGAUGCACUAAGACGAUCAAAUACAAAAGGCUCCAUGAGUGAUGGGUCCUAUUCCCCAGACUACUCCCUUGCAGCAGUGGACCUGAAGAGUUUCAAGAACAACCUGGUGGACAUCAUUCAGCAGAACAAAGAGAGGUGGAAAGAGUUAGCUGCACAAGGUCAGAGUUGGAGAGGAAGAUGGAGGAGUGGGAGUAACUUCAGGCAAGAAGGUCACAGGUUCCUGCUGUUUUUACCUGAAUGUCCAACAAUUUUUUAAGAAUAAAUGUUUCUCAAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-580.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -617.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 586.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((((.(((((.((.......((((((..(((.((((.(((.((((((((((((((((.(.......).))))))))).)))))))...)))))))...)))...))))))))))))).....(((((((((((.....((((((((((((((((...((....((((.(((((((((.....))))...((((.(((....((((.((.....)).)))).......(((((.(((((((......))))))).))))).((((.((((((((((((....)).)))))))))).))))......))))))).))))).))))....((((((((((..((.(((((((...))))))).)).....(((((((((((.....(((..((((((.(.((((((.(((((((..((.(((.((....)))))(((((....)))))......((.(((((....))))).)).....)).)))))))....)))))).).))))))..)))...........((((..((.((((((((.........(((((((((((.......((((........)))).((((.(((((.........)))))))))(((((...........)))))((((((((((((....(((((.(((((((((((((((((..............((.....))....((((((.(((((.((((....((((......))))...)))....).))))).))))))..((((...))))(((((..........)))))...))))))).(((((((....)))))))....(((((((.((((((...((((..........))))(((((((((((.(((((.((((((((...))))))))........((((......))))((((((((((.((((..(((..(((((.((((((.((((((....))....)))).))))))..))))).)))..))))...(((((....(((..(((...(.(((((.(((.......)))))))))...)))..)))....((((...((((((.((...(((((.((((((...........(((((((.((.((((((........))).))))))))))))..........)))).))))))).(((((.((((.((...((((......))))...)))))).)))))...........)).))))))...))))...((((.(((((..............)))))))))..(((((....)))))((((((....))))))......))))))))))))))).......)))))))))(((((..((....(((((((...............)))))))))..))))).((((((..................))))))...)))))))(((((.............((((.......))))..)))))..)))))).)))))))(((((((((..((.....((((((...))))))........))..)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))))..(((((...)))))......)))))))))))))).))))).))..((((((((((((..(((.....)))..)))))))).)))).(((((((...))))))).........)))).))))))))))))))))).)))).))..))))))))....)))))))).(((((((.(((..((..................))....))).)))))))(.((((((((((((.....((((((((..(((((.(((((......((((.........(((.((((.....)))).)))......)))).......)).))).))))).)))))...........))).....))).))))))))).)...))))))))))).)))))..))))))...((((((((...((((........))))..))))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((((.{{,{(,({{.|,.,,{((({{.,{({.((((.(((.{((((({(((((((((.(.......).))))))))).}))))))...))})))).,.)),..,))||}}||}|||}||,,.(((((((((((....,(({(((((((((((({...((....((((.(((((((((.....))))...((({,(((....((((.((.....)).)))}.......(((((.(((((((......))))))).))))).((((.((((((((((((....)).)))))))))).))))......))))))).})))).))))....((((((((((..((.(((((({...|}||||}.}}..,,,{((((((((((....,{((..(((({{.(.({((((.{{(((({..,,.(({{((....})))),,,{,..{{{{{{,...,,|||,||{||,,.,)))}}.}},,...}}|))))}}}....)))))).}.}}}}})..},,..,........|(((.,{{,|{(({,{,,}}},....(((((((((((.......((((.{....|.)))).{(((.(((((.........))))))))|(((((...........)))))|(((((((((((....(((((.(((((((((((((((((..........{{,,((.....||....||||{{,(((({.,.{|||}}{{{{..{{{{||}|,,,{}},...},}}}|}.||||},..({{{...,}})|||||}}},}.,..})))))...))))))).(((((((....)))))))....(((((((.((((((...{(((.......|..}}}}(((((((((((.(((((.((((((((...})))))))........((((.,.,,.}}}}{{{{(((((({((((..(((..(((((.((((((.(((({{....})....)))).))))))..))))).)))..))))...,{{{,....||||,{{{{,{,.{{{{{,{{,,,,..,,))|||||.,...}))},|},,..}||||..,|||||||{{,,.((({{.{{{{,,.,,.,{,,...(({{{((,{({(({{((,,,,,...}}||}}},.|||||||,.........,}}}.||||}}|.(((((.((((.{{.,.((((......))))...)))))).)))))....}},...|))})))))}},,||||||,||||,{{,|,............||||}}||||....||||,..,}}}}.{||||{,,,|)))})),.,,,.})}}}})}}}})))}.,.,,,.)))))})}|(((((..((....(((((((...............)))))))))..)))))}((((((|{.............},.))))))..,))))))){{{{{.|....,.,,...((((.......))))..)))))..}))))).)))))))(((((((((..,{,..({((((({...))))}}....},..))..)))))))))))))))))))......)))))..)))))))))))}..(((((...)))))......)))))))))))}}}.}}}})}})}}((((((((((((..(((.....)))..)))))))),}))).(((((((...)))))))||,,}....}},}.}))))))))))}))))).)))).}}..}})))))}....))))))}).{{{((((.{{{,,,,..................,}|,,,})},)))}))){.((((((((((((..{{.,((({((.{{((,,{,{((((.....{{{|,.....,...(((.((((.....)))).))).........,}}||....,.}},.))),).},)))}}}..)))),)),))}}}.))).))))))))).)...))))))))))),))))),.))}))),..((((((((...(({(,,...,,,}))}..))))))))................
Back