Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001395363.1

Sequence Length

2264 nt

GC Content

0.5252

GCCUCGGCCGGAGGUGGCGCUCUGUGCGCCCCACGGAUCCCGACGCGGGAGGCUCAGAACCCGGGGGACCCUCACCGGUGGCUCCUUUCCCUUCCAUCCCCUCGACUUCCCGGCUCAGGGCGCGGCCCUGCCUUCGGCGCGGGAGUGGGGGACUGGGGGGCGCGGGGUCCCAGGGUGGGGACGAGGCGGGCUGCAGGCCCUUUCCCCGACUGGAGCUCGCUCCCAAGUGGAAAUGUGGGUGGAGGGUCCUCAUUCAGAUGCCCCAGGCCUCGGAUCCUGGGCGGGGGCGCGUGGCAGCCGCCAGGAGACCGGCUGGAGCGCCCGCCCCGCGGCCUCGCCUCUCCUCCGAGCAGCCAGCGCCUCGGGACGCGAUGAGGACCUUGGCUUGCCUGCUGCUCCUCGGCUGCGGAUACCUCGCCCAUGUUCUGGCCGAGGAAGCCGAGAUCCCCCGCGAGGUGAUCGAGAGGCUGGCCCGCAGUCAGAUCCACAGCAUCCGGGACCUCCAGCGACUCCUGGAGAUAGACUCCGGAGUGAGGAUUCUUUGGACACCAGCCUGAGAGCUCACGGGGUCCAUGCCACUAAGCAUGUGCCCGAGAAGCGGCCCCUGCCCAUUCGGAGGAAGAGAAGCAUCGAGGAAGCUGUCCCCGCUGUCUGCAAGACCAGGACGGUCAUUUACGAGAUUCCUCGGAGUCAGGUCGACCCCACGUCCGCCAACUUCCUGAUCUGGCCCCCGUGCGUGGAGGUGAAACGCUGCACCGGCUGCUGCAACACGAGCAGUGUCAAGUGCCAGCCCUCCCGCGUCCACCACCGCAGCGUCAAGGUGGCCAAGGUGGAAUACGUCAGGAAGAAGCCAAAAUUAAAAGAAGUCCAGGUGAGGUUAGAGGAGCAUUUGGAGUGCGCCUGCGCGACCACAAGCCUGAAUCCGGAUUAUCGGGAAGAGGACACGGAUGUGAGGUGAGGAUGAGCCGCAGCCCUUUCCUGGGACAUGGAUGUACAUGGCGUGUUACAUUCCUGAACCUACUAUGUACGGUGCUUUAUUGCCAGUGUGCGGUCUUUGUUCUCCUCCGUGAAAAACUGUGUCCGAGAACACUCGGGAGAACAAAGAGACAGUGCACAUUUGUUUAAUGUGACAUCAAAGCAAGUAUUGUAGCACUCGGUGAAGCAGUAAGAAGCUUCCUUGUCAAAAAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAACAAAACCACAAAUGACAAAAACAAAACGGACUCACAAAAAUAUCUAAACUCGAUGAGAUGGAGGGUCGCCCCGUGGGAUGGAAGUGCAGAGGUCUCAGCAGACUGGAUUUCUGUCCGGGUGGUCACAGGUGCUUUUUUGCCGAGGAUGCAGAGCCUGCUUUGGGAACGACUCCAGAGGGGUGCUGGUGGGCUCUGCAGGGGCCCGCAGGAAGCAGGAAUGUCUUGGAAACCGCCACGCGAACUUUAGAAACCACACCUCCUCGCUGUAGUAUUUAAGCCCAUACAGAAACCUUCCUGAGAGCCUUAAGUGGUUUUUUUUUUUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACACCAUAAAGUGAUUAUUAAGCUUUCCUUUUUACUCUUUGGCUAGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAUUAUCUCUUGGAUGACAUUUACACCGAUAACACACAGGCUGCUGUAACUGUCAGGACAGUGCGACGGUAUUUUUCCUAGCAAGAUGCAAACUAAUGAGAUGUAUUAAAAUAAACAUGGUAUACCUACCUAUGCAUCAUUUCCUAAAUGUUUCUGGCUUUGUGUUUCUCCCUUACCCUGCUUUAUUUGUUAAUUUAAGCCAUUUUGAAAGAACUAUGCGUCAACCAAUCGUACGCCGUCCCUGCGGCACCUGCCCCAGAGCCCGUUUGUGGCUGAGUGACAACUUGUUCCCCGCAGUGCACACCUAGAAUGCUGUGUUCCCACGCGGCACGUGAGAUGCAUUGCCGCUUCUGUCUGUGUUGUUGGUGUGCCCUGGUGCCGUGGUGGCGGUCACUCCCUCUGCUGCCAGUGUUUGGACAGAACCCAAAUUCUUUAUUUUUGGUAAGAUAUUGUGCUUUACCUGUAUUAACAGAAAUGUGUGUGUGUGGUUUGUUUUUUUGUAAAGGUGAAGUUUGUAUGUUUACCUAAUAUUACCUGUUUUGUAUACCUGAGAGCCUGCUAUGUUCUUUUUUUGUUGAUCCAAAAUUAAAAAAAAAAAUACCACCAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-801.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -847.35

Frequency: 0.0000

Diversity: 646.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((((((..((.(((((.....))))))).)))...)))).))((.((((((.......((((((.(((((((((.((((((....(((((((((((((..(((.(((((((((((((...)))))).....))).))))))))))))).)))))))...))))))))..)))))))..(((((((((((((((((((((((((.(((((((....))))..))).)......))).)))))).))).........((((.(((........))))))).(((((((((..((((((.........))))))..))))..))))))))))).))))))))))))(((((((..(((((..((..(.......)..))..)))..))..)))))))((.((((((((...(((((.(((.....))).))))).((((..((((((......)).))))....))))...))))))))))..((((.(((((.(((..(.((((((((..((((((.....)))))).(((((..(((((.((.(....))).)))))))))).((((.(((((......))))).)))).(((((((((.(((.((.....))))).......((((((((((((((((((.....((((...))))..)))))))...........))))))((.(((.....)))))(((((((((......((......)).....(((.(((((.(((....(((((((.(((.(((((.......))))))))..))).)))).....))).))))))))(((((((((.((((((((..((.(((((...((((((....((..(((((((..(((((...(((((((...(((((((((.(((.((((....))))..))).(((((.((((((.((...)).)))..((((....(((((.(((((((((((((((((..(((......))).((((......))))))).))).)).)))).....((((((((..(((........))).((((((..(((((((((((((..(((..................)))..)))))))))))))....))))))............(((((...((((...((((((..(((...)))..))))))....))))...)))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....((((((((((((((...(((((((........(((...)))..(((((((..(...((((((.(((.(((((((((((.(((....)))))))))))((((((((((..((((.((.(((((((........(((.((((.(((((((......))))))))))).)))(((((((((...))))))))).....))))))).))))))...)))))).)).)).............))).)))))(((..........)))))))...)..))))))).(((((((......))))))).))))))).))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))).(((......)))......(((((..((............))..))))))))))))))))).....(((((((((((((((((..((((.(((((((...........))....))))).))))((((.(((((....)))))..)))).(((...)))...)))).)))))).)))))))...))))))))....)))))..)))))...))))......))).))))).))))))))))))))))..))))).....)))))))..))..)))))).........(((((........).)))).....(((.(((....))).)))(((((....).))))((((....)))))))))))...).)).))))).).)))))))).......)))).))))).)))))...)))))))))......)))))))).)..))).))))).)))).((((((..........))))))((.((((((.......)))))).))........((((((((((...(((((((((......(((((((...................)))))))..)))))))))..)))).))))))..........................)))))).)).........((((((((...........................))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(((((((..((.(((((.....))))))).)))...)))).))((.((((((.....,((((((({((({,{{((.((((((.,.{(((((((((((({,.(({{((((((({(((((...}}}})),,,,.))).))))))))))))).))))))).}.)))))))),})))||||{.((((((((((((,(((((((({(((,(({((((....))))..))).}.....}))).))))))})}}........,((((((((,....,..)))))))}(((((((((..((((((.........))))))..)))).,))))))))))).))))))}})}}}(((((((..(((((..((..(.......)..))..)))..))..)))))))(((((((,,,,...(((((.(({.....))).))))),))))))).|))}}}}.}{{|{|,||,{,{{({(({{,,|}|}}}||..((((.(((((.(((.,{.((((((((.{({((((.....)))))),(((((..{((((.((.,....})).))))}))))).((((.(((((......))))).)))).(((((((((.{((.{{.....)}))).......(({((((((({{{((({|..{{{((((...,}}}..|||}))}.....||,||,|||}}}{|,|||.(((.({{.....}}}.||}..{{{{{{|||,||||,,|,{((,(((((,(({....(((((((.{((,(((((.......)))))}}}..))),}))),.,.,))).)}))}|}}{(({(({{{.,|||||||..||,|||,,,.}||||||}}..({..{(({{((,.(((({...(((((((...(((((((((.(((.((((....))))..))}.(((((.((((((,(,...}),))}..((((....(((((,((((,(((,((,(((({.,(((......))).{{{{,..{{{|||||,}.|||.||,,},)},}},|,||||||}}{{{{,......}}},((((((,{(((((((((((({..((,....,|......,,,|..}}),,))))))))))}))}}}.,)))))}}},|{,,,...{((((...((((...((((((..(((...)))..))))))....))))...))))|((((((((((((((((((((((((((((((((((((....{{{.{{.((((((((((((((...(((((({.,,{....,,,...}}),.(((((((..(...(((((.,,{{,{{(((((((((.(((....)))))))))))|||{((((((..((((.((.(((((((........(((.((((.(((((((......}))))))}))).)))(((((((((...))))))))).....))))))).))))))...)))))).}}.},...,|{{|.||.||{.,...,,},}}}.}}.}}},,,)))))...)..))))))).(((((((......))))))).})))))).)))))))))))))),}},}))))))))))))))))))))))}|.({{......)))......{((((..((............))..))))),}))))))))))))}},{((((((((((((((((.{({((.(({{{{{.........,.|}...,)))}}.}|}}((((.(((((....)))))..)))).|||.,.)))...)))).)))))).))))))}.,,}}}}))),,,}}))))).,)))))...))))......))).))))).))))))))))))))))..))))).,,,,|}}}}}}..}}..,,}}},...,,,...{{({|.......,)})}))||},,(((.(((....))).)))({{{{....).))))|{||,,,.})))})))}})}|,|,||,}}}|}.},,|||||||....,|||}}},}}}}}.)}))),,,)))))))))....,.)))))))).).,))).))))).)))){(((((,,,.......}))))))|(.((((((.......)))))).),........((((({((((...(((((((((.,,,.,((((({(,............,.,,},}}}}})),.)))))))))..}})).)))))).,,.,..,,,,.,,,,}..,,,}}..)))))).))..,,..{{{((((,(((,,.....}}}},.,}}}}},..,....,,,,,,,.