Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395364.1
Sequence Length
1961 nt
GC Content
0.4850
AUCCCCGGGAGCUUUGCUGUGAUGAAUGACUUUCCACAGCCCCCGUCGUGGGAACUUAGUGCUUCAGGCUCCCCAGCGACCCCCGACUCUCCUUAAAAAUCGGGGAGGGGAGUGGGGGAGGCCAGAGGAAGCCGAGAUCCCCCGCGAGGUGAUCGAGAGGCUGGCCCGCAGUCAGAUCCACAGCAUCCGGGACCUCCAGCGACUCCUGGAGAUAGACUCCGUAGGGAGUGAGGAUUCUUUGGACACCAGCCUGAGAGCUCACGGGGUCCAUGCCACUAAGCAUGUGCCCGAGAAGCGGCCCCUGCCCAUUCGGAGGAAGAGAAGCAUCGAGGAAGCUGUCCCCGCUGUCUGCAAGACCAGGACGGUCAUUUACGAGAUUCCUCGGAGUCAGGUCGACCCCACGUCCGCCAACUUCCUGAUCUGGCCCCCGUGCGUGGAGGUGAAACGCUGCACCGGCUGCUGCAACACGAGCAGUGUCAAGUGCCAGCCCUCCCGCGUCCACCACCGCAGCGUCAAGGUGGCCAAGGUGGAAUACGUCAGGAAGAAGCCAAAAUUAAAAGAAGUCCAGGUGAGGUUAGAGGAGCAUUUGGAGUGCGCCUGCGCGACCACAAGCCUGAAUCCGGAUUAUCGGGAAGAGGACACGGAUGUGAGGUGAGGAUGAGCCGCAGCCCUUUCCUGGGACAUGGAUGUACAUGGCGUGUUACAUUCCUGAACCUACUAUGUACGGUGCUUUAUUGCCAGUGUGCGGUCUUUGUUCUCCUCCGUGAAAAACUGUGUCCGAGAACACUCGGGAGAACAAAGAGACAGUGCACAUUUGUUUAAUGUGACAUCAAAGCAAGUAUUGUAGCACUCGGUGAAGCAGUAAGAAGCUUCCUUGUCAAAAAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAACAAAACCACAAAUGACAAAAACAAAACGGACUCACAAAAAUAUCUAAACUCGAUGAGAUGGAGGGUCGCCCCGUGGGAUGGAAGUGCAGAGGUCUCAGCAGACUGGAUUUCUGUCCGGGUGGUCACAGGUGCUUUUUUGCCGAGGAUGCAGAGCCUGCUUUGGGAACGACUCCAGAGGGGUGCUGGUGGGCUCUGCAGGGGCCCGCAGGAAGCAGGAAUGUCUUGGAAACCGCCACGCGAACUUUAGAAACCACACCUCCUCGCUGUAGUAUUUAAGCCCAUACAGAAACCUUCCUGAGAGCCUUAAGUGGUUUUUUUUUUUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACACCAUAAAGUGAUUAUUAAGCUUUCCUUUUUACUCUUUGGCUAGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAUUAUCUCUUGGAUGACAUUUACACCGAUAACACACAGGCUGCUGUAACUGUCAGGACAGUGCGACGGUAUUUUUCCUAGCAAGAUGCAAACUAAUGAGAUGUAUUAAAAUAAACAUGGUAUACCUACCUAUGCAUCAUUUCCUAAAUGUUUCUGGCUUUGUGUUUCUCCCUUACCCUGCUUUAUUUGUUAAUUUAAGCCAUUUUGAAAGAACUAUGCGUCAACCAAUCGUACGCCGUCCCUGCGGCACCUGCCCCAGAGCCCGUUUGUGGCUGAGUGACAACUUGUUCCCCGCAGUGCACACCUAGAAUGCUGUGUUCCCACGCGGCACGUGAGAUGCAUUGCCGCUUCUGUCUGUGUUGUUGGUGUGCCCUGGUGCCGUGGUGGCGGUCACUCCCUCUGCUGCCAGUGUUUGGACAGAACCCAAAUUCUUUAUUUUUGGUAAGAUAUUGUGCUUUACCUGUAUUAACAGAAAUGUGUGUGUGUGGUUUGUUUUUUUGUAAAGGUGAAGUUUGUAUGUUUACCUAAUAUUACCUGUUUUGUAUACCUGAGAGCCUGCUAUGUUCUUUUUUUGUUGAUCCAAAAUUAAAAAAAAAAAUACCACCAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-624.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -662.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 625.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.(....((((((..(((.....))))))))))))))..((((((((.(((.....(((((((..(((....((((.(((((((((..........))))))))).)))).(((((((((.((((..((((((......)).))))....))))((((....((((...((((.(((((.(((..(.((((((((....(.(((((((..((((((((((((((..(((((.((.(....))).)))))))))).((((.(((((......))))).))))(((((((((((......((((...((((((.((.((((((((((((((.....((((((((....((((.....))))......(((....)))((.(((.....)))))((((((((.(..(((((((((((((.......(((.(((((......(((((((.(((.(((((.......))))))))..))).)))))))))))).((((((...((.((......)).))...))))))........((......))................(((((..((((.((((.(((((...))))).))).)..))))....)))))...)))))...))))))))..)...))))))))((((.((((((((((((..(((......))).((((......))))))).))).)).))))..)))).....(((((.(((......).)).)))))...((((((((((((..(((..................)))..))))))))))))))))))))((((((.....)))))).............((((((..(((...)))..))))))...))))))))))..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....((((((((((((((...(((((((........(((...)))..(((((((..(...((((((.(((.(((((((((((.(((....)))))))))))((((((((((..((((.((.(((((((........(((.((((.(((((((......))))))))))).)))(((((((((...))))))))).....))))))).))))))...)))))).)).)).............))).)))))(((..........)))))))...)..))))))).(((((((......))))))).))))))).))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))).(((......)))......(((((..((............))..))))))))))))))))))(((.(((((((((((((((((..((((.(((((((...........))....))))).))))((((.(((((....)))))..)))).(((...)))...)))).)))))).))))))).)))...((((....)))).)))).)).)))))).)))).....))))....)))))))..................(((..((((((....))))))..)))...(((((........).))))..)))))))))((((.(((.((((.....)))).))).).)))..............((((((((...((....((((((((....))))))))....)).))))))))....))))))).))))))))).)..))).))))).))))))))))))....))))))..)))((.((((((.......)))))).))........((((((((((...(((((((((......(((((((...................)))))))..)))))))))..)))).))))))......................))).)))))))))).))))(((((((.(((((.....))))).)))))))...))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,((((.{....((((((..(((.....)))))))))})))},.{{{(((((.((({,,,,(((((((..{{(...{((((.(((((((((..........)))))))))})))).(((((((((.{(((..(((({({.....)).))))....))))(({(.,{.{{{{...((((.(((((.(((.,{.((((((((.,,,{,(({{{{,,}||{{{||||(((((..{((((.((.{....})).))))}))))).((((.(((((......))))).)))){(((((((((,(((.({.....)}}))...,{{,(((({{(((((((((({,.,{{{((((...,|||,.}}}}))),....,{,,{,|||}}}||}|||.{{{.|{{,.{{{|||{|||..(((((((({{{{{,.,,,{((((,((({(,,....(((((((.{((,(((((.......)))))}}}..))),})))}}}}}))),||||||,,{((,{(,....|}||}},..}|}|||....,||}||},,..,|,.,,,,,,,..{{{{,.{{((({{((,,.(((({((((.,{,.||||.,,,})}},,)),.,,|||}|,,{{{|||...})}))},,{{|{..}}||||||((((.((({(({(((({..(((......))).(({(...,,,|||||}}.|||.}},,}}),,})}}.|}}|||||({(({......)}}|((((((|,(((((((((((({..((,....,|.,....,,,|..}}),,)))))))))))))}}}.|})}|||||.|,,.,,,,|{{{{...{(((...((((((..(((...)))..))))))....))))...))))|((((((((((((((((((((((((((((((((((((....{{{.{{.((((((((((((((...(((((({.,,,....,,,...}}),.(((((((..(...(((((.,,{{,{{(((((((((.(((....)))))))))))|||{((((((..((((.((.(((((((........(((.((((.(((((((......}))))))}))).)))(((((((((...))))))))).....))))))).))))))...)))))).}}.},...,|{{|.||.||{.,...,,},}}}.}}.}}},,,)))))...)..))))))).(((((((......))))))).})))))).)))))))))))))),}}}}))))))))))))))))))))))}|.({{......)))......{((((..((............))..))))),})))))))))))}}},|{((((((((((({(((.{({((.(({{{{{,.......,,,|}...,)))}}.)))){(((.{((((....))))}..)))}.|||.,,})),..)))}.)))))).)))))}}.,,,}|}|||{....)))),.})))))..,))))..,}},))),)))),.,})))))))}}}}}}}..}}}},..,,,||,,||||||}...,}}},...,,,...(((({........),)))),,}}}|||,||(....|||.|||({,,,.,,,).)))}|{||},,.}}}},},,,,,{{{{{(({,,,||.,..{(({((({....}))))))),,,,,).))))))))}}},)))}}}}.,)))))))).)..))).))))).))))}}))))))....))))))..)))((.((((((.......)))))).)}........((((({((((...(((((((((.,,,.,((((({(,..............,,,,}}}}})),.)))))))))..}})).)))))).,},,...........,,...}))),))))}})))).)))){{{((((,((({{.....}}}}}.}))}}},...}}}},,,,,...
Back