Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395365.1
Sequence Length
2138 nt
GC Content
0.5131
GCCUCGGCCGGAGGUGGCGCUCUGUGCGCCCCACGGAUCCCGACGCGGGAGGCUCAGAACCCGGGGGACCCUCACCGGUGGCUCCUUUCCCUUCCAUCCCCUCGACUUCCCGGCUCAGGGCGCGGCCCUGCCUUCGGCGCGGGAGUGGGGGACUGGGGGGCGCGGGGUCCCAGGGUGGGGACGAGGCGGGCUGCAGGCCCUUUCCCCGACUGGAGCUCGCUCCCAAGUGGAAAUGUGGGUGGAGGGUCCUCAUUCAGAUGCCCCAGGCCUCGGAUCCUGGGCGGGGGCGCGUGGCAGCCGCCAGGAAGCCGAGAUCCCCCGCGAGGUGAUCGAGAGGCUGGCCCGCAGUCAGAUCCACAGCAUCCGGGACCUCCAGCGACUCCUGGAGAUAGACUCCGUAGGGAGUGAGGAUUCUUUGGACACCAGCCUGAGAGCUCACGGGGUCCAUGCCACUAAGCAUGUGCCCGAGAAGCGGCCCCUGCCCAUUCGGAGGAAGAGAAGCAUCGAGGAAGCUGUCCCCGCUGUCUGCAAGACCAGGACGGUCAUUUACGAGAUUCCUCGGAGUCAGGUCGACCCCACGUCCGCCAACUUCCUGAUCUGGCCCCCGUGCGUGGAGGUGAAACGCUGCACCGGCUGCUGCAACACGAGCAGUGUCAAGUGCCAGCCCUCCCGCGUCCACCACCGCAGCGUCAAGGUGGCCAAGGUGGAAUACGUCAGGAAGAAGCCAAAAUUAAAAGAAGUCCAGGUGAGGUUAGAGGAGCAUUUGGAGUGCGCCUGCGCGACCACAAGCCUGAAUCCGGAUUAUCGGGAAGAGGACACGGAUGUGAGGUGAGGAUGAGCCGCAGCCCUUUCCUGGGACAUGGAUGUACAUGGCGUGUUACAUUCCUGAACCUACUAUGUACGGUGCUUUAUUGCCAGUGUGCGGUCUUUGUUCUCCUCCGUGAAAAACUGUGUCCGAGAACACUCGGGAGAACAAAGAGACAGUGCACAUUUGUUUAAUGUGACAUCAAAGCAAGUAUUGUAGCACUCGGUGAAGCAGUAAGAAGCUUCCUUGUCAAAAAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAACAAAACCACAAAUGACAAAAACAAAACGGACUCACAAAAAUAUCUAAACUCGAUGAGAUGGAGGGUCGCCCCGUGGGAUGGAAGUGCAGAGGUCUCAGCAGACUGGAUUUCUGUCCGGGUGGUCACAGGUGCUUUUUUGCCGAGGAUGCAGAGCCUGCUUUGGGAACGACUCCAGAGGGGUGCUGGUGGGCUCUGCAGGGGCCCGCAGGAAGCAGGAAUGUCUUGGAAACCGCCACGCGAACUUUAGAAACCACACCUCCUCGCUGUAGUAUUUAAGCCCAUACAGAAACCUUCCUGAGAGCCUUAAGUGGUUUUUUUUUUUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACACCAUAAAGUGAUUAUUAAGCUUUCCUUUUUACUCUUUGGCUAGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAUUAUCUCUUGGAUGACAUUUACACCGAUAACACACAGGCUGCUGUAACUGUCAGGACAGUGCGACGGUAUUUUUCCUAGCAAGAUGCAAACUAAUGAGAUGUAUUAAAAUAAACAUGGUAUACCUACCUAUGCAUCAUUUCCUAAAUGUUUCUGGCUUUGUGUUUCUCCCUUACCCUGCUUUAUUUGUUAAUUUAAGCCAUUUUGAAAGAACUAUGCGUCAACCAAUCGUACGCCGUCCCUGCGGCACCUGCCCCAGAGCCCGUUUGUGGCUGAGUGACAACUUGUUCCCCGCAGUGCACACCUAGAAUGCUGUGUUCCCACGCGGCACGUGAGAUGCAUUGCCGCUUCUGUCUGUGUUGUUGGUGUGCCCUGGUGCCGUGGUGGCGGUCACUCCCUCUGCUGCCAGUGUUUGGACAGAACCCAAAUUCUUUAUUUUUGGUAAGAUAUUGUGCUUUACCUGUAUUAACAGAAAUGUGUGUGUGUGGUUUGUUUUUUUGUAAAGGUGAAGUUUGUAUGUUUACCUAAUAUUACCUGUUUUGUAUACCUGAGAGCCUGCUAUGUUCUUUUUUUGUUGAUCCAAAAUUAAAAAAAAAAAUACCACCAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-738.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -779.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 716.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((..((.(((((.....))))))).)))...)))).))((.((((((........((((((.((..((((((..(((((((((..(((((((((..(((.(((((((((((((...)))))).....))).))))))))))))).)))(((((((((((((((.(((((((((....(((((((.(((.............))).)))))))))))..(((((..(((((((((.(.(((........))).).)).((((((.((((((..(((((((..(.((((..((....))..)))).)..)))))))..)).))))..)))))).)))))))......)))))..))))))))))).)).))).)))).((((.....))))((((((.(((((..(((((.((.(....))).)))))))))).((((.(((((......))))).))))..........))))))......)).))))).))..))))).)..))..))))))...((.((((((((..(((((((....((((((((((....))))).(((.(((.....))).)))..(((((((((.(((...))).(((.(((((......(((((((.(((.(((((.......))))))))..))).)))))))))))).((((((...((.((......)).))...))))))....)))))))))..((..(((((((..(((((...(((((((...(((((((((.(((.((((....))))..))).(((((.((((((.((...)).)))..((((....(((((.(((((((((((((((((..(((......))).((((......))))))).))).)).)))).....((((((((..(((........))).((((((..(((((((((((((..(((..................)))..)))))))))))))....))))))............(((((...((((...((((((..(((...)))..))))))....))))...)))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....((((((((((((((...(((((((........(((...)))..(((((((..(...((((((.(((.(((((((((((.(((....)))))))))))((((((((((..((((.((.(((((((........(((.((((.(((((((......))))))))))).)))(((((((((...))))))))).....))))))).))))))...)))))).)).)).............))).)))))(((..........)))))))...)..))))))).(((((((......))))))).))))))).))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))).(((......)))......(((((..((............))..))))))))))))))))).....(((((((((((((((((..((((.(((((((...........))....))))).))))((((.(((((....)))))..)))).(((...)))...)))).)))))).)))))))...))))))))....)))))..)))))...))))......))).))))).))))))))))))))))..))))).....)))))))..))....((((............))))....))))).)))))))..((((((((.(((.((((.....)))).))).((((....)))).........((.(((((((.(.(((((.(((....)))((((((.(((.....)))))))))........))))).).))))))).))))))))))((((((((.........))))))))((.((((((.......)))))).))........((((((((((...(((((((((......(((((((...................)))))))..)))))))))..)))).))))))...........)))))))).))....)))))).)).........((((((((...........................))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((..((.(((((.....))))))).)))...}}||,||((,{(((((.{,.....(((((((((({(({(,,.,,{{(((((((((((((((({,.(({{((((((({(((((...}}}})),,,,.))).))))))))))))).)))|(((.(((((,((({{(,.((((((.,,{{.(((((...}))))}})))))}.))))).)))))|))),}}.))}},.||.)})}}}))))))))..||.||{||,((({{((((.((((((..(((((((..(.((((..((....))..)))).)..)))))))..)).))))..))))))))},,)),})).}},||{(.((({(.(((,|{.((((((((,||{({((,,,,,}}||{,{||||(((((..{((((.((.{....})).))))}))))).((((.(((((......))))).)))){(((((((((|{{{,||,....)}})),,,,|{,(({{||(((({{{({{||.|{{{(({(,..,|||,.||||||},....,{{{({{{{,,,,)}))}.{{{.{{(,.,,,|||,|||..(((((((((,{({,,,|,{{(((,(((((,,....(((((((.{(({(((((.......)))))}}}..))),}))))}}}}))),||||||.,,((.{{,....|)}|)},..)}}}}}....}}}}||}}}..{|,.,,{,,{,..{{{{,.{{(((({((,,.(((({((((.,{{.||||.,,,})}},,)),.,{|||,|{{{((||,...})}))}.,{{|{..,,||||||((((,((({(({(((({..(((......))).{({(...{{{|||||,}.|||.|},,},),,})}|.|}}|||||{{(({......)}}|(((((({{(((((((((((({..((,....,|.,....,,,|..}}),,)))))))))))))}}}.|}))))|||.|,,.,,,,|{{{{...{(((...((((((..(((...)))..))))))....))))...))))|((((((((((((((((((((((((((((((((((((....{{{.{{.((((((((((((((...(((((({.,,,....,,,...}}),.(((((((..(...(((((.,,{{,{{(((((((((.(((....)))))))))))|||{((((((..((((.((.(((((((........(((.((((.(((((((......}))))))}))).)))(((((((((...))))))))).....))))))).))))))...)))))).}}.},...,|{{|.||.||{.,...,,},}}}.}}.}}},,,)))))...)..))))))).(((((((......))))))).})))))).)))))))))))))),}}}}))))))))))))))))))))))}|.({{......)))......{((((..((............))..))))),})))))))))))}}},{(((((((((((({(((.{({((.(({{{{{,.......,,.|}...,)))}}.)))){(((.{((((....))))}..)))}.|||.,,})),..)))}.)))))).))))))}.,,}}}}||||..,,))))}.})))))..,))))..,,,,))),)))),.}))))))))}}}}})).,))}},..,,,||}}|||,{|}....}|},...,,,...((({{.......,)})}))||}}}||||||(,,,.|||.|||({,,,.,}}).)))}|{||,,,.}}}),,,,..,{{(({(((|||(|..,,((({(((,....))||||||.|||,}.})))))))})}.}}},,,,,})))))))).),,))).))))).))||{(((((.........,)))))))|(.((((((.......)))))).)}..,.....((((({((({...(((((((((.,,,.,{{({({{,,.......,,..,.,,|||||||}},.)))))))))..||}}.)))))).}},.,.,,,,},,,,},,...,,||}}))}}.}}..||,.||,(((({{((,,.....}}}},.})))}},..,,...,,,},...
Back