Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395413.1
Sequence Length
2446 nt
GC Content
0.6104
GCAGAGAGCAGCCGGGCUGCCAGCGUUUCAUGAUCAACAUGGGAGACUCCCACGUGGACACCAGCUCCACCGUGUCCGAGGCGGUGGCCGAAGAAGUAUCUCUUUUCAGCAUGACGGACAUGAUUCUGUUUUCGCUCAUCGUGGGUCUCCUAACCUACUGGUUCCUCUUCAGAAAGAAAAAAGAAGAAGUCCCCGAGUUCACCAAAAUUCAGACAUUGACCUCCUCUGUCAGAGAGAGCAGCUUUGUGGAAAAGAUGAAGAAAACGGGGAGGAACAUCAUCGUGUUCUACGGCUCCCAGACGGGGACUGCAGAGGAGUUUGCCAACCGCCUGUCCAAGGACGCCCACCGCUACGGGAUGCGAGGCAUGUCAGCGGACCCUGAGGAGUAUGACCUGGCCGACCUGAGCAGCCUGCCAGAGAUCGACAACGCCCUGGUGGUUUUCUGCAUGGCCACCUACGGUGAGGGAGACCCCACCGACAAUGCCCAGGACUUCUACGACUGGCUGCAGGAGACAGACGUGGAUCUCUCUGGGGUCAAGUUCGCGGUGUUUGGUCUUGGGAACAAGACCUACGAGCACUUCAAUGCCAUGGGCAAGUACGUGGACAAGCGGCUGGAGCAGCUCGGCGCCCAGCGCAUCUUUGAGCUGGGGUUGGGCGACGACGAUGGGAACUUGGAGGAGGACUUCAUCACCUGGCGAGAGCAGUUCUGGCCGGCCGUGUGUGAACACUUUGGGGUGGAAGCCACUGGCGAGGAGUCCAGCAUUCGCCAGUACGAGCUUGUGGUCCACACCGACAUAGAUGCGGCCAAGGUGUACAUGGGGGAGAUGGGCCGGCUGAAGAGCUACGAGAACCAGAAGCCCCCCUUUGAUGCCAAGAAUCCGUUCCUGGCUGCAGUCACCACCAACCGGAAGCUGAACCAGGGAACCGAGCGCCACCUCAUGCACCUGGAAUUGGACAUCUCGGACUCCAAAAUCAGGUAUGAAUCUGGGGACCACGUGGCUGUGUACCCAGCCAACGACUCUGCUCUCGUCAACCAGCUGGGCAAAAUCCUGGGUGCCGACCUGGACGUCGUCAUGUCCCUGAACAACCUGGAUGAGGAGUCCAACAAGAAGCACCCAUUCCCGUGCCCUACGUCCUACCGCACGGCCCUCACCUACUACCUGGACAUCACCAACCCGCCGCGUACCAACGUGCUGUACGAGCUGGCGCAGUACGCCUCGGAGCCCUCGGAGCAGGAGCUGCUGCGCAAGAUGGCCUCCUCCUCCGGCGAGGGCAAGGAGCUGUACCUGAGCUGGGUGGUGGAGGCCCGGAGGCACAUCCUGGCCAUCCUGCAGGACUGCCCGUCCCUGCGGCCCCCCAUCGACCACCUGUGUGAGCUGCUGCCGCGCCUGCAGGCCCGCUACUACUCCAUCGCCUCAUCCUCCAAGGUCCACCCCAACUCUGUGCACAUCUGUGCGGUGGUUGUGGAGUACGAGACCAAGGCUGGCCGCAUCAACAAGGGCGUGGCCACCAACUGGCUGCGGGCCAAGGAGCCUGCCGGGGAGAACGGCGGCCGUGCGCUGGUGCCCAUGUUCGUGCGCAAGUCCCAGUUCCGCCUGCCCUUCAAGGCCACCACGCCUGUCAUCAUGGUGGGCCCCGGCACCGGGGUGGCACCCUUCAUAGGCUUCAUCCAGGAGCGGGCCUGGCUGCGACAGCAGGGCAAGGAGGUGGGGGAGACGCUGCUGUACUACGGCUGCCGCCGCUCGGAUGAGGACUACCUGUACCGGGAGGAGCUGGCGCAGUUCCACAGGGACGGUGCGCUCACCCAGCUCAACGUGGCCUUCUCCCGGGAGCAGUCCCACAAGGUCUACGUCCAGCACCUGCUAAAGCAAGACCGAGAGCACCUGUGGAAGUUGAUCGAAGGCGGUGCCCACAUCUACGUCUGUGGGGAUGCACGGAACAUGGCCAGGGAUGUGCAGAACACCUUCUACGACAUCGUGGCUGAGCUCGGGGCCAUGGAGCACGCGCAGGCGGUGGACUACAUCAAGAAACUGAUGACCAAGGGCCGCUACUCCCUGGACGUGUGGAGCUAGGGGCCUGCCUGCCCCACCCACCCCACAGACUCCGGCCUGUAAUCAGCUCUCCUGGCUCCCUCCCGUAGUCUCCUGGGUGUGUUUGGCUUGGCCUUGGCAUGGGCGCAGGCCCAGUGACAAAGACUCCUCUGGGCCUGGGGUGCAUCCUCCUCAGCCCCCAGGCCAGGUGAGGUCCACCGGCCCCUGGCAGCACAGCCCAGGGCCUGCAUGGGGGCACCGGGCUCCAUGCCUCUGGAGGCCUCUGGCCCUCGGUGGCUGCACAGAAGGGCUCUUUCUCUCUGCUGAGCUGGGCCCAGCCCCUCCACGUGAUUUCCAGUGAGUGUAAAUAAUUUUAAAUAACCUCUGGCCCUUGGAAUAAAGUUCUGUUUUCUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1027.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1069.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 721.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((..(((((((((((....((((.....))))(((((..(((((((((((((..........))))))).(((....)))(((((......)))))..(((..((((((......))))))...)))...))))))))))).((((....))))..((..((((.(((((..........((((((..(((..((...(((..(((..(..(((((((...)))).)))...)..))).)))....))..)))..))))))(((((((....))))))).(((.((((.....)))))))((((((((((((((((..(((...(((((.(((((((..(((((((((.(.(((.((.(..(((..(((((((((.((...((.((((((.((.((((.(((((((((.(((.((...(..((((((((((........)))))))..(((((.(((...))))))))......(((((((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)).))))).((((((((.(((((((((((((((....)))))))...)))))))....((((...))))(((.(((......))))))(..(..(((((((.((((((.((....)).)))))))))))))..)..)...).)))))))))))..)...)))))..))))).)).)).)))).)).)))))).))....)).)))))))))..((((((((((((((..((...)).)))))))))..).))))((((.((((.((......(((((((((((((((..((((((((.((.((((((((.(.((((((((((((..((((..((((...((.(((((.........(((((((.(.((((..((.......))..))))).))))))).(((((..(((((..........))...)))....)))))............))))).))...))))....((((((((......))))).)))..)))).)))))).....))))(((((......(((((((.....(((((.((.(((..(((..(......).)))))).))))))).......)))))))......)))))......)).).)).))))))))..(((((((((((......))...(((..((((((....(((((((....)).))))).))))))..))).((((((((((.((((((((((.....)).))).))))).))))...))))))....((((.......))))))))))))).((((.(((......))).))))...(((((((((.....)).))))))).))))))).)..)))))(((.(((..(..((.(.(((....)))).))..)..)))))).((((....(((...(.(((((.(((...(((((((....))))))))))..))))).)..)))....))))))))))))))......)).))))))))....(((.((((((((..((((.(((((((((((...(((((((.(((((..(.((....)).)..)))))(((((.....((((((((((((((.((((.((.((((((....)).)))).((((((....))))))((((((((((...((((((...((((.((.....(((((((...((((((((..(((.((((((((((.(((((.......((((....))))(((((...(((....)))...)))))..((((((((((((((((...)))))..))))).....))))))...)))))..))))))((((....)))).......)))).))).)).))))))...)).)).)))...)).))))..))))))....))))..))))))..........((((((......))))))....(((((..((((((.((((....)))).).))))).)))))......)))))).)))))...).)))))))).))))).(((((......)))))......))))))).))))))))....((((.(...(((((......))))).)))))....))).)))))))))))).))))))..).)).)))).)))))))))....))))))).)))))...))).))))).(((((....))))).......)))))))))))(((((((((.((..........))))))))))).((((.....))))(((((((((((((.((.((.((((((.....((((((.((((((.....))))..))..)))))))))))).))))))))).)))..))))).))))).))))..)))))))...)))))).((((.(.(....((((.(.((.................))).))))).).))))........))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((,,(((((((((({,...((((.....)))|(((((..{((((({((((((.........,||}}}}}.(((....)))(((((,,....,))))}}(((,.((((((......)))))).,.)))...))))))))))).{(((....)))}..((..((((.((({{...,......((((((..(((..({...{((..(((..(..(((((((...}))).)))..,}..))).)}}....))..)))..))))))(((((((....))))))).(((.((((....})))})))((((((((((((((((..(((.,.(((((.(((((((..(((((((((.(.(((.({.,{{((,,,,,,|||{((((,.({(,,.(((((..,,(,((,{(({(((,,.(((((({..,.,{,.(((((((........)))))))..(((((.(((...))))))))......(((((((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)).))))){{{{{((((({((((((((((((((....)))))))...))))))}....((((...)))}{(({(((|{,,..{((((,({.{..(((((((.((((((.((....)).)))))))))))))..}..,{{.(((..||{|,,(|{{{{{.,,,,,..,|((({(((||{|,||{||{|||||(({({{,.,,.,.|{((|{(({((((((((((((((..{,...,}.)))))))))..}.)))},{{,}||||.||,,}},,,|||||||||.(((((.{(,(((((.,.{((,{(((({....||||,{{,|,.}||,,..}}||}..,|,|||||.....,,.((((((((.{.((((..((.......))..)))),.)))))))}}.||{,.({{..{({{,.,{{(({..{({((...,,,.}..)))),..}}})))))})...}))})....((((((((......)))))},))..,)))}))))))},...,|,,(((((......(((((((,....(((((.((.(((,.{((..{......,.)))))).)))))))....,..)))))))......)))))...}}})).)},).})}))))).,|,......{{{......}},.,|{|}}||||.}}.,}}}|||.,.|}}}}}})}|{{(|||(|(((,,.((((((((((.((((({{(((.....}).)))}})))).)))),..})))))..,|}|{||},,.|{{|||||{|{|||{{((((.(((......))).)))).}}|,{{,,{,,.{((((((({{((((({{(({||...{{,{{{.({({..((((((.((((({..,(((((((({.|,.|{{{...((((....{{{,,.{{{((((({{{,,,{{{{(((,...,))))))}))}}}}))}},..)}),}}..||,(((((((.((......)).))))))))}...|||{{,{|||||..||||,|((((((((.(((.((((({{{{({(({{(,((.,,,,,.,},)}))).|||))})).}||{|||||.|||..||{{,((,{({{{{....}},)))))|))))))),,|}||||{{.|||{{....}))|,||,,,|,)}})))))))))}},))).)))))).|}},}|,)))))))).,..((.(((((...})))).}}.))))(((((.,.(((....)))...))))).(((((((...))))))).}}))))))),)))},)}))))))))},{||||||{|.,,,,((((....))))..,}})|)}))}),}|}).))}||,...)).,,.)))}),)).})))})),.)))))))...)))))))),}}.......{(((((({{{.|{,.,||..{,{({((({{({((({.{({{....})}|.|{,},})|)))|||.,,,},})))),))}}),..}.||||||||{||..,.(((((......))))).,,...||||}||,|||||}},..,,)|||}|.,,|{|||,,,,,,)))))..})))))))))))),,))))).}...)))},})))})).)))).)))))))))....))))))).)))))...))).))))),(((((....))))).......,))))))))))(((((((((.((..........))))))))))).((((.....))))(((((((((((((.(,,((.((((((.....((((((.((((((.....)))}..))..)))))))))))).))))))))).)))..))))).})))).))))..))))))),,.)))))).{{((,,.{....{{{{,|.{{.{,{{....,,},....,,}.))))}.),)))}........))))))))))).
Back