Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395418.1
Sequence Length
2350 nt
GC Content
0.5306
AGAUUGACUAGACGGCCAGCCUGUUAAGGUGGCCCCAGAUAUUCCAGCCUCAGCCCAGAGUCCUCCUGUGCCCCUACUGCAGCAAGGGUGUCUCCAAGAAGGGGGACCUGGAGUCAGCCCGUCACACCUGGUUUCCUCUCUGCUAGGGUCCCUCCUCCCACAGAGCACUGGAGGGCAGCUGAGGAGGAGCUACCUUAAAAAAGGAGGUGUGUGCCAGGGAGCUGGGUAGGAGCCUGGCUAUAUAUCUGCCCAGCAGCGGUACUCUCGGGACAGAGAUGGCACUGAUGCAGGAACUGUAUAGCACACCAGCCUCCAGGCUGGACUCCUUCGUGGCUCAGUGGCUGCAGCCCCACCGGGAGUGGAAGGAAGAGGUGCUAGACGCUGUGCGGACCGUGGAGGAGUUUCUGAGGCAGGAGCAUUUCCAGGGGAAGCGUGGGCUGGACCAGGAUGUGCGGGUGCUGAAGGUAGUCAAGGUGGGCUCCUUCGGGAAUGGCACGGUUCUCAGGAGCACCAGAGAGGUGGAGCUGGUGGCGUUUCUGAGCUGUUUCCACAGCUUCCAGGAGGCAGCCAAGCAUCACAAAGAUGUUCUGAGGCUGAUAUGGAAAACCAUGUGGCAAAGCCAGGACCUGCUGGACCUCGGGCUCGAGGACCUGAGGAUGGAGCAGAGAGUCCCCGAUGCUCUCGUCUUCACCAUCCAGACCAGGGGGACUGCGGAGCCCAUCACGGUCACCAUUGUGCCUGCCUACAGAGCCCUGGGGCCUUCUCUUCCCAACUCCCAGCCACCCCCUGAGGUCUAUGUGAGCCUGAUCAAGGCCUGCGGUGGUCCUGGAAAUUUCUGCCCAUCCUUCAGCGAGCUGCAGAGAAAUUUCGUGAAACAUCGGCCAACUAAGCUGAAGAGCCUCCUGCGCCUGGUGAAACACUGGUACCAGCAGGCCCAUCAUCCUGGAUCCGGCCGACCCCACCCUCAACGUGGCAGAAGGGUACAGAUGGGACAUCGUUGCUCAGAGGGCCUCCCAGUGCCUGAAACAGGACUGUUGCUAUGACAACAGGGAGAACCCCAUCUCCAGCUGGAACGUGAAGCUCUGGAGGCUGGGAAGUCCAAGUCAAGACACUGGCAGAUUUGGUGUCUGGUGAGGACCUCUUCCUGAUUCACAGAUGGCAGCUUCUCACUAAGUCUUCACAUGGUAGAAGAGGCAAAGGUGUCUCUAGGAUCGCUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAUUGGCAUGAUCUCAGCUCCCUGCAACCUCUGCCUCCGAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCUACCACUGUGCCCAGCUAAUUUUUUUUUUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUCUUGGCCAGGCUAGUCUCGAACUCCUGACCUUGUGAUCCACCUGUCUUGGCCUCCCACAGUGCUGGGAUUACAGUUGUGAGCCACCAUGCCUGGCCUCUGGGGUCUCUUUUAUGAAGGCAUUGAUCCAGUUCAUGAGGGCUCAGGACCCAUUAUGUAAUUGAAAGAUUCUCCGUGGGGCCUGAAAGCUUAAGAGAAUGAAUGACCCCUCCCUCCCCUCCCUCCUUGGGCCCGGUCCCAAGGCGCAAGGCCACUCGCGCCAGCAGCAUGUGUCAGCAAGAUAGCAGAAGCGGGAAGAGAGCGGGCCAGAAGACACCUACCCCCUGAAGACCGAGAGAGACGUCAUCCGGGUACAAUGUAGCGGUUACAACAGACUGAGAAACUUCCUGUUUACAGGAGACUACAAAACCCCUGCCCCGUCCUCAUUUGGUGCUGACGCCAUUUUAAGCCUCAGCCCACCUGCACACACACUGCCUCAUGUUGUCUGUUGGCCACGCUCUUGGGGUUCGAACCAACACAAGACCCUUUCACUAAUUACUUCCCAGAGGUCCCACCUCCUAAUACCAUCACCUUGGGAGUAAGGACUUUUUGGAAAUUAUCAGUAUCAAAAUGGAGUCACUUAUGUCAAACCCUAACAAAUGCCUGUCACAAAAAUUAUCUCAAGAAGUUCCUAAAAUCCGCAGUAUUAUAGAUAAACCACUUGCAUAAGAAUAUUUGCCUAACAGUGGGUGUCUCCACAAUAAGCUAAAGCCAACUCCUGCAACAGGCUCCUGUGAUCAACGGUACUUGUUUUAAAGAAGCUUAUGUGGACUUUGUCUUUUCUCGUUGCCACAACCUCUUUUAAUGUGCCUAUAGUCCACUAUAGCAUGCAUAUCUCAAAUUGCAAUUCCUUGCAAUUCUGGAAUAAACGCUUUAUUUUGGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-850.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -887.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 540.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((((.(((....))))))))((((((((((((((((((((.....(((((((.((((((((.........))))..(((....((.(((((((((((((..((((.(......).))))..))))......))))))))).))....))))))).))))))).)))))))(((.....)))....((((((((((((.((..(((((((((((((((((...))).....)))))))))).((((.......(((((.(((((((...((..(((((...(((.(((.....(((((....)))))((((((....((((.((((((((...((......(((((.(((.(((.(.(((.((((.(((((((.(((.((.(((((.....((((((((((((.(((....(((((.((((.((((((((((((((((((.(.(.(((((((.((((......))))))))))).).).)))).((((....))))..(((.(((((..(((((((((((((((((((...((((..((((((.(.((((((((((.((((((.....))))))....)))))((((((....))))))((((...(((((((((((.((.(((((((((((.((((((((((((((((((..(......)..))))).)))))))...........(((((((.(((.((((........((.(((....))))).((((.(((....))))))).............)))))))...)))))))))))))...)))))))))....)))).)))..)))))))).......))))...))))).).))))))..))))...)))).)))))....))).))).)))).....)))))))).(((((.((..((....))..)).))))).....))))))).))))))).)).((((.......)))).(((((.(.......((((((((.(((((....((((.(((((((.((((...)))).((((((......))))))(((((......)))))..(((((.(.....).)))))..))))))).))))......(((((((((.....)))))))))((((((((.((((..(((.....)))..)).)).))))))))...(((((........)))))))))).))))))))......).))))).....................((((((.(.(((.(((((((((.....))).))))))....))).).)))))))))))))((((((((.......))))))...))))).)))))))))))))))))))..((((((((.(.((((..........)))))))))))))..................((.(((((((((..((((......((.((((..(((.....))))))).))..))))..).)))))))).)).))))))))))))))((((((((((.((((((..((((.((((..((....(((((......).))))...)).))))..))))..)))))).)))......))))))).....((((((....((((......))))..)))))).....)))).))).))).))))).(((((((......))))))).))..))))))).).))))..(((.((.(((((((.(((((((((.((((...(((.(((((.(((........(((((...((.(((..........))).)).)))))...((((((((((......)))))......((((((....)))))).)))))......))).))))).)))...(((.(((((.((........)).))))))))............)))).)).)))))))))))))))).)))...((((((.............))))))...(((.((...((((.((((((((...(((((((..........)))))))...)))))))).))))...)).)))........))))))..............))))))....)))))..))....))))))).....)))))......))))........(((((..(((((.(((..........))).....))))).)))))(((((.((((((...((........))((((((..((.((.....))))..)))))).......)))))))))))...........))))...))))).))))))))).((((((((((((....))))))...))))))....((((((((....))))))))))))))))..........)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.............(((({,(((....))))))))((((((((((((((((((((.....(((((((.((((((((.........))))..{((....({.(((((((((((((..((((.(......}.))))..)})),,....)))))))}),))....})})))).))))))).)))))))(((.....)))....((((((((((((.((.,(((((((((((((((((...))).....)))))))))).((((.......(((((.(((((((...({.,(((((...{({.,,|....((((((....)))))).,,.,...,{(((,(((((((({,.{{,.....(((((.(({,((,,(.(((.((((.(((((((.(((.((.(((((.....((((((((((((.{{{.,,{((({..{.((.((((((((((((((({({{(,(,(((((((.((((......)))))))}}||{|{|,,|||,||{{|{,||,,|,|(,,.,,|||||,|||{|||{||||||||((((((....}))))},.({((((((((((.((((((.....))))))....)))),((((((....))))))((((.,,(((((((((((.((.(((((((((((.((((((((((((((((((..(......)..))))).)))))))....,,,....(((((((.(((.((((........(({(.(,,..|,|{{{(....}}).}}.,})|))),............)))))))...)))))))))))))...))))))))}...,)))).)))..))))))))...,},.))))...,{|{{{{{,|{,||{.||,....|},..},....}},)},,.}}..)))))}}.)))))))).{{({({((..,}}}}})).,)),)))))})..)))))))).))))))).)),|{,||||....}}}|,{{,,(((({({{{{(((((,((,{,,(({{{{((({.{|||(((.((((...)))),||(((({,,,..}}}|||(({{{..{{{,{((((((((.........)))},})))))})))),.||||..,,{.{((((((({.....}))))))))|||,,|||},|||}}|||.....}},,,))}))}||||,|||{.{(,,,,}}.}})}}))|||||||..,})))))),,{||.}.}}}}}...................,}||||||,|.|||}||,|||||,}}}}.|||{}|||}|{,..,}},),,}))))))),,}}},((((((.......))))))...}.))}.))))))))))))))))))).,((((((((.{,((((..........)))))))))))))..................({.(((((((({..((((......((.((((..(((.....))))))).))..))))..}.)))))))).)).))))))))))))))((((((((((.((((((..((((.((((..((....(((((......)}})))...)).))))..))))..)))))).)))......))))))).....((((((....((((......))))..)))))).....))),))}),))).))))).{{(((((,.....)))))))|||.,|}}}})).),)))|{.(((.((.((((((,,(((((((((.((((...{{(.(((((.(((..,.....,,,|,.,,|,.,(({,,{.{.{,{|}}.,,.||||....((((((((((......)))))......((((((....)))))).)))))..,}}}})).}}))),)))..,|((.(((((.((........)).)))))}}},,}},.......)))).)).)))))))))))))))).))),|{((((((.({..........(((((|{,.(((.{{...((((.((((((((...(((((((..........)))))))...)))))))).))))...}}.)))....,,..)).)))......})).}))))))},,....))))},,}}....})))))).....)))))......))))........{((((..(((((.(((..........))).....))))).))))|((((,,((((((...((........}}{(((((..{({((.....))))..)))))).......)))))))))))}..........}))).,.)))))}})))))))).((((((((((((....))))))...))))))....((((((({....})))))))))))))))..........)))))...
Back