Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395506.1
Sequence Length
1314 nt
GC Content
0.5342
AAGGAGGUGCCAGCAUUCCAAAAGCAACAUCAGAUCAUAGAAGACAGAGCCUCUCCUAUCUUAAUAGCUUAGAAGACAGCACGAGAGAUUCACAUUAAACCCAAGGAAGAACUUCCUGCUGCCAGGGCUGUCCUGGAUUGGAAUGGGCAUCCAGAACUCUGCAAACCCCCACUCCUUUGCUAUUCAAAGCUGACCUCUACCCGCUGCCUAGACAUCGCUGGGGCUUCAACAUCUUUGAGAGCCAGGAUAGCAAGCAUCUGCCUCAACAACCUUCACCCUGUGUACAGAUGAAAAAACUGAAGCCCAGAGAGACAAGACUUGCCCAAGAUCACAGCCCAAGUCACCGAUACAGGUGUUAAUCUGGGGGGCCCUGGGCCCUGAGCCGGCAGCAGAAAUAUGAGGACCCAGAGCCUUCUCCUCCUGGGGGCCCUCCUGGCUGUGGGGAGUCAGCUGCCUGCUGUCUUUGGCAGGAAGAAGGGAGAGAAAUCGGGGGGCUGCCCGCCAGAUGAUGGGCCCUGCCUCCUAUCGGUGCCUGACCAGUGCGUGGAAGACAGCCAGUGUCCCUUGACCAGGAAGUGCUGCUACAGAGCUUGCUUCCGCCAGUGUGUCCCCAGGGUCUCUGUGAAGCUGGGCAGCUGCCCAGAGGACCAACUGCGCUGCCUCAGCCCCAUGAACCACCUGUGUCACAAGGACUCAGACUGCUCGGGCAAAAAGCGAUGCUGCCACAGCGCCUGCGGGCGGGAUUGCCGGGAUCCUGCCAGAGGCUAAUUCUGAUUUAGGAUCUGUGGCUCUGCACCUAAGCUGGGGACCAACGGAAAGAGUUCACGAUGGGAGGCCUGGGGCCCUGCCCGCUGGACAGCACUAUCUCUACCAGCGGUGGUUCCAGCCUUCUGAUAAUCACUGGCCUGCUGACACUUCCCUGCAACCCAUCCACCCCUGGUUUCUCCUCCUGGGAGUCAAAGUCCAUAGCCUGAGCUCGGAGGAAGGCCUCUGUAUCACCCCAGUACUCUGCACCACUGCCAUACGAGCUUCCCACCCUUCCUAACGCUUUCACACCAAUCCGUACAUGCUGCUUCCUCCACCAAAAAUGCCCAAUUCAGGCAGACCCUGACCUCUCCCUCAGGCAGCCCAACCAUCCAGAAUGAAUAUUCUUGCAGAGUUUUCCAAACAUCAGUCAUUCACCUCUUUCAUGAUUUUCACCAUACCUACAAAAUAGCACCAUGAUAGGUUGCACGCUGCCUGUACCACCAUUUACUUAAUGUUUUCUUUAAAUGGCUCACUUUUGUAUAUAAAUAAAUUCAUUUCAAAAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-419.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -443.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 402.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((....)).)))).................(((((((...(((((....((((....))))...((((((((....(((((................(((((....))))).....((((((((.((((((((((...(((....(((....)))....)))..........(((......))).((..((((.........))))..))(((.(((((.......((((((...((((((..(((......)))........(((((..(((((....((((.............((((((..(((..((((((..(.........)..))))))(((......))))))..))))))(((((...)))))..(((.((((((.......(((...((((.((((.(((((....))))).......)))).))))...))))))))).)))))))...)))))..)))))..(((((((((((((.......(((((.((((((((((((((((((((((((((.......))))((((.((((..((.(.(((....)))).))..)).)).)))).((((((..(((((....((.(((((((((((.((.(((..((((((((((.((....((......)))))))))).))))..))))))))..(((.(((.....))).)))..(((....)))...((.(.(((.(((((((.((((.(.(((((((((.....))))))))).)))))..((((((...)))))))))))))...))))))...)))))))))).))))).)))))).)))))))))))..)))))))...(((((((...............))))))).(((....)))........))))))))).(((.(........).))).........))))))))))))).))))))...)))))).....))))).)))..((((((((.....(((((.......(((....(((....)))..)))((((.................))))............))))).....))))))))...........))))))))))))).)))))..)))))...((((((((.(((((.....((((((..(((((...)))))..............)))))).......(((((...........................)))))..)))))...)))))))).................))))))))......))))).)))))))...............((((....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((.(((({..{{,...,,....,,.,.,,...,,.|,..{{|,(((((((.((((..,.{{{..{{|{{(({{{.{{{||.,||............{(({{....}))})||,|{((((({{{,|||||,,,(({.((((....(((....)))......))}}.}}}..,{{,..,,..((((((,,{{..(((((.{(((((......)))))}}{((({.....))))}{(({((((..{{...((((((...,.{({..........))),..))))))............((((((..(((..((((((..{.........}..)))))){((......))))))..))))))((((.(((((.(((.{.....{....,.....}.))).))))).)))).((((....))))))..))))))))))))))}))))))).||||||}}}}}))))),,}}}}.|||}|||..(((((((({(((.,.((((,...,,(((((((((((((((((((.(({{..{(,|{{,(((((((.(((({{({{(({...,,,..|||,{||}}|,,....|))|,,)))))||||,((.(((((((((((,((,({(..((((((((((.{{.,,|||......}})})))))).))))..)}}}}}}}..(((.(((.....))).)))..,|{|.||||}...,|||.{{(,(((((((.((((.,.(((((((((.....))))))))).|))))..{{(((|...)))))))))))))...))},,....))))))))}}.})),,,).))}).)))))))))))..}))))))...(((((((..{{......,,.,.)))))))}))}..)))))))))}}}...,,,))),.}))}).}}))}}}.,|||.........,,,}}))}},,,,..}},|||||{{{..{||,.,.(({{{{|}..(((((((({{...(((((.....,,({....,{{,....})}...,,((((.................)))}............))))).},..)))))))).........,....,}))))))})}),,))),,,}))}}.((((((((.(((((,,...((((((..{{{{{,,.}||||.,....,.......}}}}}}.......{{{{|,,.........................}}})),.)))))...)))))))).....{(((({{...,,.,..||,,.}}}}}))....,{{{||,...............,|||,}}})}},.
Back