Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399906.1
Sequence Length
3034 nt
GC Content
0.5630
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGAGGCCCAGUGCUCUGGCCUGAGUUGGGUUGUGGCCUUACCCCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGGAUUUAUUAUAGGGAUCUGACCGCAUGCCAUUGUGGGAGCUGGUUAAACAGUCUCUGUAAGGCUGUUGUCUUUGCAUCUAAUGCUGGAGCUUGAAGUCUGCAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1205.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1252.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 568.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((((((...((.(((....))).))((((((.(((((((((((..((.(((((((..(((((.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...((.(((((........((((((....))))))..((((((((((.(((((.((((((((((...(.((((..(((((....)))))......(((((((....(((((((..(.(((((((((.((...(((((.......).))))..((((((((..(((........))).)))))).))(((...))).((((.((((.((.((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).)..)))).)))...)))))))((((((((.......(((((.......)))))..)))))))).))))).))))))).))).))))))))))))..)))........))))).)).)).)))).)).)))))).)))))))))))((((((....)))).))..((((.(((((........)))))..))))(((((..(((.(((..((....))..)))))).)))))...((((((((.((((((((((..((((..(((...))).))))..........(((((((((.....(((..(((.((.((((...((.(((.((((......)))).((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))..((((....))))))))))))).))))).....)))....))))))))).(((((((.((((((.(((.....((((........)))).)))..)))))))))....)))).....))))))...)))))))....)))))...(((((((.((((..(((((((.((......(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...)))))))....((((((((((..(((...((.(((((.((.((....((((((((((((((.(((...((..(((.......))).))...(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))).(((((.(((((((((.((((((((....)))))..))).))))..))))).))))).))).))).)))))))))))....)).)).)))))..))..)))..)).))....)))))).)).)))))))..))))))))))))))..))))))).((.(((.(((((.((((...)))).))))).))))))).)))).))))))).)))))).....((.(((.......))).))....(((((((((((....)).)))).)))))..((((((((((((.((....((((((((((((((....(((((....)))).)....))))))(((((((.....((..((.((((......))))))..))....((((((((..(((((....(((.(((.(((.(((..(((((((......))).)))).))))))))).)))(((((.......(((((((..((((((..((((.(((.(((((..((((((..(((((.((((.((.(.((.(((...((((.((((((((((((((((..(((((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).)).))))))).)))..........))).))).)))).))).)).).))..)))).)))))..(((((((.(((...............))))))))))....((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).......(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..)))))).)))))........))).)))).))))))........)))))))......))))).(((((((((.(((........((((((.....))))))........)))....))))).)))).............)))))..))))))))(((.(..((((((((..((((....((((.....)))).............((.......))...((((((.((((((.....))))))..)).)))).))))..))))))))..).))))))))))..........((((.((((.((.(((((((((((.........(((((((((.((...(((((...)))))...)).)))))))))..)))))))))))))...........((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))))))))))))))))))).....)).)))))))).)))).(((..(((((((......)))))))..)))..)))))))...(((((((....)))))))......))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(({.(((((((,{{{{.{||....}}|.}}((((((.((((((((((({{((.((((({,{,(((((,{({((((((((((((.((,{(((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).)))).,,{{|||{,,,.,)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((({{{{(((........)))...))))).))))(((((((.(((({.((((((((((..,{.((({..{{{{({{,,}}}))}},...(((((((....(((((((..{.(((((((((.{(...(((((.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).))((,...,)).((((.((((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).,..)))).)))...))))))),(((((((.......(((((.......)))))..)))))))),)}}),.))))))).))).)))))))))))){{|{..,({....)).}).))))}.)))),)).)))})))))}})))))))|}|||({{{{|((((((((((((,...{{(((({{{..{,({{(,,.,{(((({....,|}|}|{{}|||||..|||||||}}.{((((((((((({{((((((((((..((((..(((...))).))))...........((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}})))))}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))|.{{(((((.((((((.(((.....,(((......,})})}.)))..))))))))).,,.}))}.....))))))...))))))))...{{,.....||((((,{((,({{(,,,||}}.|}}}}}}(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).})))))))|.,,|.|{{{,.,|||{,|||,||,,.....((((((((((((((.(((...((..((({....}.})).))...(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))).(((((.(((((((((.((((((((....)))))..})).)))),.))))).))))).))).))).))))))))))){{.{||{|}.})))),.))..}.,,,)),||...,}|||||||,,||}}}}}..|}}})},,))))))}.}}}}))),,,}}})))))}}}((((((......,)))))))}})),.)))).))))))).))))))...,|((.(((.......))).))....(((((((((((....)).)))).)))))..{(((((((((((.((.,..(((((((((((((,....,((((....}))).|....|||||((((((((.....((..((.((((......))))))..))....((((((((..(((((...,{{({(({.,{{..||}}|{||{((,,,..,|||{||},.,,}))))))|||}(((((.......(((((((..{(((((..((((,(((.(((((..((((((..(((((.((((.,,.((((((,(,..{(((.((((((((((((((((..({(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......))))))}})).)}.))))))).)))..........))))))).)))))))))))...},..)))).)))))..(((((({,(((...............))))))))))...{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))})}),}}....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..)))))).)))))........}}),))}).))}}}),,,,.,..)))))))......))))}.(((((((((.(((........((((((.....))))))........)))..,.})))).))))........,,...)))))..))))))))(((.,..((((((((..((((....((((.....)))).,,......,}},((.......))...(((({{.((((((,...,))))))..}),}))).))))..))))))))..).))))))))))).........|||}|||||,((.(((((((((((.......,.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).})))))))))))))....,,,.,,.((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))),}},))))))))))))...,,)).)))))))).)))},(((,,(((({{{...,,,)))))))..)))..)))))))...(((((((....)))))))......})))))).....
Back