Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399910.1
Sequence Length
2792 nt
GC Content
0.5645
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1105.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1148.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 723.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((((.(((((((((..((((((((.(((.(((((...((((((((((((...(((((...((((.......))))(((((((((...((......((((((((((...((((((((.(..((..(.(((.((((.(.(((....)))).))))..))).)..))..).))))))))....(((((((.((((.....(((((((..(.((((.....(((((....)))))...)))).)...)))).)))))))...)))).))).((((((........)))..))).....))))).))))))).))))))))).....((.......)))))))..))))))...))))))...)))))((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))...(((....)))((((.(((((((((((((...)))))..(((..((.((....)).)).)))))))).))).))))....)))))))))))...)))..(((((((........))))))).....((((((.(((((........((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((.((.(((..(((((((..............((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((...........)))))))))))))...((....))...(((...))).((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))))))))...)))..))))).)))))))))))..))))).)))))).....)))).))..)))))))...(.(((....))).).......((((.((((.(((...))).)))).)))).......(.((((((((.....((((((...))))))...)))))))).).)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..{((((((,(((,...|||.(((((((....)))))))}}}|||{((,{({((((((({.(((((((((((((((,((.((((.,((,..((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{{({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,,,,(....,,.,|||..{||}||.||||(((({((,(((({,((((((((((,.,{.{{{{..,{{(({{.,|||}}|||...((((({(.,.,({{{{{{,,,.||{|||||{.{{...{{{||.......)}}))}..((((((((..(((........))).)))))).)),,|,,,,)),|(((,|(((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{{{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,,)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).)),,.}}}})}}}}|)))|}}|||,|..|}}}.}}).,.)))))}}{{{{|||,..,,,..|((((.,{{,{{|||||..||||||,,.||,|,.|||||||.||}{||}|}}|||||}{{{{..,((....}}.}),}))),.,})),)).})))))},)))))))).}|||||(,...)}||{||{{((((,...,,{(({{{({.{{{{{{|,,{{((((,....,}))).||}}},,||||||||||.||||.....{((|({{,||,}}}}}}..)}}),,|||}}.}|}}}}}}.,........,((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}}))))}}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))}.||{{(({.{{{{{||{||,....,(((......}})))),))}..}}}}}||||{||..{{{{{.||||}}},..,|{{|{({,({{{{,,,.....((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((,({.(((..(((((((.....,,...,,..((((((((...((((((((({{.........}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((.,......,..)))))))))))))}..||....||,.,((,...},,,||.||.{{,(((((((((((....)).)))).)))))...}}).)}}}...)))))..)))).)))).)))))))..((((....))))........}))))))))((({.....})))...........)))))))))))))))...)))..}}))).)))))))))))..)}}},.)))))).},)))}})}))).||||||{(((({..{|{((((((((......(((({((((.(((...))).)))).)),)))......))))))||}}.},.|)})))}.})),))},..,..)))))}}))))))))}.{{{{{{...,,,,)),}}}),||||||,||{,},,.,,}}.,.....})))))))}|,..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}...{((((({..{{((((.(((((({{..,}|||,..,,}}.,,,.,)))((((((....)))))).,},,,,..{(,,....)).}))))))}))),.))}))))},,)))))|{{,..,.||}....}}}}})}}))))),....,..((((((.....))))))........|||{{,.,,|{|{((((((......(((({...{(((((((({((,,,.....,(((((({.,(((,...((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..})}}},})))).|))),}}))))))}...(((((((((.......{{{{.{{.....,,...}}}}...)))))))))...}))))..,..)))))),,,(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....}|,,,,,|......((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((({{{.{((((..((......))..))))|.}||,..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back