Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399912.1
Sequence Length
2957 nt
GC Content
0.5624
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGUCCAAAGACCUUAAAAAACCUGGAGCUAGAAAGCAGUAGACUGGAGGCUUCUACAGACUGUAGGAUUCAAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1166.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1211.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 819.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).))))))))).(((.(.((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).)))))))).))))((((((.((((((.((.((((((((......))).))))).))(((((((.......(((((.......)))))..)))))))..((((((..((((((((....((...((((((((....((....))..(((((((((((((((....((..((((.......((((((....)))).))...((((......))))))))....))....)))))))...(((.....)))(((..(((((((...(((((((((((((.((((((((((..((((..(((...))).))))..........(((((((((.....(((..(((.((.((((...((.(((.((((......)))).((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))..((((....))))))))))))).))))).....)))....))))))))).(((((((.((((((.(((.....((((........)))).)))..)))))))))....)))).....))))))...))))))))...((......))((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).)))))))))...))).....))))..))))))))))).).)))))))...))..)))))))).))))))......)))))).))))))(((((((((.((((((((.((((((.(((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))))))))..))))(((((.((((((((....)))))..))).))))).......(.(((((((((....((((.(((.(.(((...((((.((....))))))...))).)))).)))).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)..))))))))))))).........((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).)))).(((((((.((((.(((((((((((....((((....))))..((((((..((((((((...((((((((((...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))...)))))))(((((((...))))))).....)))....))))))))....))))))...........(((((...((.(((.((..((((.(....(.(((....))).)..))))).....)).)))))..)))))))))))))))).......((((((((.....((((((...))))))...)))))))))))))))))))..........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..{((((((.(((....))}.(((((((....)))))))}}}}||,(({({,((({((({,(({((((((((((((,((,((((.{((,..((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....{{.{({{..{{{|||.|{{{((((,(({((((({(((((((((({.,,.{{{,..,,((({{.{|||}|{{{.,,(((((,({{.{(,,,,,,}}.}||,|||||..,|...|||||,.,,,,.)}})),..((((((((..(((........))).)))))).)),.}}}}.))}||||}|{((,((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))}},|||||}|||||||||}|||{{..||||.,,)}},))))),}|{({(({{..,,...{((((.,,,.,,|||||..||}}}}}..|{{{{{||(((((,((,,,,||,,|((((|{{{,,..{{,,..||.,}{,|||,.,,))}}),}}}}))},}}}}}}}},,{|{{((....)}}}{||,,{(((,...,,,||||{{|.||{{{{,,,|{(((({....}}))).,,}}},|||,|||||||.||||,,,,{((({({{{{{{||||||..||||..|{|,,.}}),))))..........,((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}})))))}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))|.{{({(((.((((((,{((.....,(((......}})})},))}..}}}}})))||||..|||,,.,,)))))}...}|||||||{,,((......}}((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).|||||||,,{{{{.{{,,{,,(((..{{{{||||......,,)))),...,,..||,|||||{||||||......}},))}.,|||||((,(((,,,..,,,|||,}|||||}((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))),}|||{{||,|(((,({((.,(((({.,.|,,,,.|||}.,||||{{...{.{.(((((((((....{(((,(((.(,(((,..{{{{,{|...}))))))...}}},}})}.,})).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)..,||..,,))))))}}...},,.((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).)))).,,|||||.,||}},||||,|||||}}..((((....))))...,,,,{,}||||||||,..,,,(((((({...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))..,)))))))(((((({...}))))))....,)))..}}),,))))).}}}))))))}}..,,....}|||||.,.||}|||,|||.{{((,{{{{{{,,{{,{{,|||||{..,},}{{{{,{{{|,|{|...))).))))}))})))......,|||||{{|,.,..||||||,..))})))...}}})))))})))))))))).,,|,|,...}}}}))},,,)}||||||.}||.}}}.}})).}}..,.,))))))),|{,,(((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))),},||...,{((((,..,,((((.((((((,...}}|}|}..}))).....,)))|(((((....)))))}.}}}}}}..{(,,....))..}})})),)))},)),))))),})))))|{{{,.,,||}....,||||}||)}))}}....,..((((((.....))))))........|||{|,.,,|||{||{{{{......{|||,.,,|{||{{{{{|||.,|,,..,,((((((,.{(((,...((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..,||||,|}|||,||}},,}))))))}...{{{{{{{{{...,,,.||||.{{..,,,,,.,,||}}...}}))}))))...})))).,{,,|||||},,,{((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,...,}}|,,,,|......((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((({{{.{((((..((......))..))))}.}||,..(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back