Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399913.1
Sequence Length
2964 nt
GC Content
0.5624
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGUCCAAAGACCUUAAAAAACCUGGAGCUAGAAAGCAGUAGACUGGAGGCUUCUACAGACUGUAGGAUUCAAGUCUGCAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1169.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1215.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 804.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((((.(((((((((..((((((((.(((.(((((...((((((((((((...(((((...((((.......))))(((((((((...((......((((((((((...((((((((.(..((..(.(((.((((.(.(((....)))).))))..))).)..))..).))))))))....(((((((.((((.....(((((((..(.((((.....(((((....)))))...)))).)...)))).)))))))...)))).))).((((((........)))..))).....))))).))))))).))))))))).....((.......)))))))..))))))...))))))...)))))((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))...(((....)))((((.(((((((((((((...)))))..(((..((.((....)).)).)))))))).))).))))....)))))))))))...)))..(((((((........))))))).....((((((.(((((........((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((((.((((......)))).)).((.(.((((...(((((..((((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((((((.....))))..((((((.....(.(((((((((....((((.(((.(.(((...((((.((....))))))...))).)))).)))).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...((....)))))))).......((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........)))))))))......(((((((...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))...)))))))(((((((...))))))).....)))))..)))).)))....))).)))))))))))..))))).)))))).....)))).))..)))))))...(.(((....))).).......((((.((((.(((...))).)))).)))).......(.((((((((.....((((((...))))))...)))))))).).)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..{((((((,(((....||}.(((((((....)))))))}}}|||{((,{({((({((({.(((((((((((((((,((.((((.,((,..((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{{({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,.,,(....{{.{|||..{|||||.||||(((({(({(((((,((((((((((,.,{.{{{,..,{((({{.,|||}||||...((((({(,,.,({{{{{{,,,,||{|||||,.||...|||||,...,..)}}))}..((((((((..(((........))).)))))).)),,|,,}.))}||||,|(((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{{{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).)),,.}}|||}}||||||||}|||{|..|}}}.}}),}.)))))}}{{({{{{,..,,,..|(({{.,{{,{{|||||..||||||,,.|||||,|||||||.||},||}|},|||||}{{{{..,({....}}.}},})}),.,,))})).})))))},)))))))},}||||{(,...)}||{||,,((((,...,,{{{{{{{{.{|{{{{,,,{{((((,....}}))).||}}},|||||||||||.||||....,{(({({{,{|{||||||..||||,,|||,}.}}},))}}..........,((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}}))))}}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))}.||({(({.{{{{{||{|{,....,(((......}))))),))}..}}}}}||||{||..|||,{.||||}}},...}|||||||{{{({,.....,,((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((({..((((.(({,(,((((......)))).,..{{.{,||{(...(((((..{((((((((({{.........}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((.,,,.....|||,..((((((..,{.{.(((((((((....{(((,(((.(,(((,..{{{{,{|...}))))))...}}},}})}.,})).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...||....))))))))...}}}.((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....))))........}))))))))||.....(((((({...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........})))))))))..)).)))..,)))))))(((((({...})))))).....)))))..)))).)))..}}))).))))}))))))..}},,,.})}))}.},)}}}|)}}}}.{|||,{{(({{{.,{{{{{|||{{{......(((({((((.(((...))).)))),)),)))......))))|)|||}.},.|}})||}.}))}))},..,,,)))))})))))))))).{{{{{{...,,}})),}}}),||||||,|||,},,.,,}}.,,..,.,)))))))}|,..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}...,(((((,..{,((((.((((((,,..}}|||,..}}}).,,..,))){(((((....)))))}.}}}}}}..{(,,....)).,})))))})))}.))}))))},,)))))|{{{,.,.||}....,}}}})}}))))),....,..((((((.....))))))........|||{{,.|,|||{((((((......{((({...{(((((((({{{,,,.,...,(((((({.{(((,...((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..}}|}},})))).|))},}}))))))}...(((((((((.......{{{{.{{.....,,...||}}...)))))))))...})))).,,..}))}}},,,{((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....}}|,,,,|......((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((({{{.{((((..((......))..))))|.}||,..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back