Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399918.1
Sequence Length
2724 nt
GC Content
0.5606
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUAAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGUCUGCAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1070.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1112.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 685.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((...((((.(((((((((((((((((......))).))))).((((.((....))))))((((.(((.((((((...((((((...((.(..(((((((.((.(((.(..(((((.((((.(.((....))..).))))....)))))..)))))).))))))))))((((((....)))).))..((((.(((((........)))))..)))).(((((....))))).)))))).)))))).))).)))).....))))).)))).))))....)))))(((((..((((......(((((.(((((..(((((.....((((((.((((((...((((....))))...(((((....((((..(((.........)))..)))).)))))..........)))))).(((.((((...)))).)))....(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((((.((((......)))).)).........(((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((((((.....))))..((((((.....(.(((((((((....((((.(((.(.(((...((((.((....))))))...))).)))).)))).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...((....)))))))).......((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))....((((((...))))))....))).)))))))))))........)))))).....).))))...((((...)))).....(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).))))).)))))....)))).....)))))...)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..{((((((,(((,...|||.(((((((....)))))))}}}|||{((,{((((((((({.(((((((((((((((.((.((((..((,..((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,,,,(....,,.,|||..{||}||.||||(((({((,(((((,((((((((((,.,,.{{{{..,{((({{.,|||}}|||...((((({(,,.,({{{{{{,,,,||{|||||,.||...|||||,...,..)}}))}..((((((((..(((........))).)))))).)),,|,,}.))}||||,|(((,((,((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))),||,,.}}||||}||||||||||||,|..|}}}.}}),}.)))))}|(((,((,,..,,,,,|((((.{{{.{,||||}..||||||,,.}|,|,.|||||||.||},|}}}}}|||||}{{{{..,((....}}.}),})))}.,})),)).})))))},)))))))).}{||{((....)}}},|}..((((....{{.{|||{{..{|||{|,,.{{((((,..,.,|||}.||}},,,)}}))),))|.||||.....|||}|||,,}.)))),}..))))},|,,({{((({,({{.{{..(((((((.((({({(((((.{,..(((((((((...((((....))))...{((((,,..((((..(((.........}))..)))).})})).,}.}.....)))))).)))....}..)))))...),}.)))..)))))))..||.{{,|{(|(((|(({{.(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((,({,(((..,,,,||||....,,..,}},(((((((((...((((((((({{.........}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((.{,,.....|||,..((((((..,{.{.(((((((((....{(((,(((.(,(((,..{{{{,{|...}))))))...}}},}})}.,})).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...||....}}))))))...}}}.((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....))))........}))))))))(({{.....}}})...........)))))))))....|{{{||,,,)}})))..}}))).)))))))))))..))}}.)})}))).},,,}}))}..)}))}|.||||{||.}|}||{||||||...,,,(((({((((.(((...))).)))).)),)}}......,||||||||,.,,.||||||,..})})))...}}}))))).,})))))))}.{{{{{{....,,,)),}}}),||||||,||{{,,,.,,}}.,.....})))))))}|,..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}...{((((({..{{((((.(((((({{..,}|||,..,,}}.,,,..)))((((((....)))))).,,,,,,..{(,,....)).}))))))}))),.))})))),,,)))))|{{,....||}....}}}}})}}))))),....,..((((((.....))))))........|||{{,.,,|{|{((((((......(((({...{(((((((((((,.,.....,(((((({.,(((,...((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..})}}},})))).}))),}}))))))}...(((((((((.......{{{{.{{.....,,...}}}}...)))))))))...}))))..,..)))))),,,(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....}|,,,,,|,.....((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))){((((((({{{.{((((..((......))..))))|.}||,..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back