Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399921.1
Sequence Length
2989 nt
GC Content
0.5617
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGGAUUUAUUAUAGGGAUCUGACCGCAUGCCAUUGUGGGAGCUGGUUAAACAGUCUCUGUAAGGCUGUUGUCUUUGCAUCUAAUGCUGGAGCUUGAAGUCUGCAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1178.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1224.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 749.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).(((((.(((((.((.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...((.(((((........((((((....))))))..((((((((((.(((((.((((((((((...(.((((..(((((....)))))......(((((((....(((((((..(.(((((((((.((...(((((.......).))))..((((((((..(((........))).)))))).))(((...))).((((.((((.((.((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).)..)))).)))...)))))))((((((((.......(((((.......)))))..)))))))).))))).))))))).))).))))))))))))..)))........))))).)).)).)))).)).)))))).)))))))))))((((((..(((((((.((((((...(((((((((((..(.((((.....(((((....)))))...)))).)...)))).))).(((((((((((((.((((((((((..((((..(((...))).))))..........(((((((((.....(((..(((.((.((((...((.(((.((((......)))).((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))..((((....))))))))))))).))))).....)))....))))))))).(((((((.((((((.(((.....((((........)))).)))..)))))))))....)))).....))))))...))))))))...((......))((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).)))))))))(((((...((((.(((.....((((........))))(((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((((((.....))))..((((((.....(.(((((((((....((((.(((.(.(((...((((.((....))))))...))).)))).)))).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...((....)))))))).......((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))....))).))))...)))))....(((.(((.(((.(((..(((((((......))).)))).))))))))).)))...))))....)))))).))))).))....))))))..(((((..((((((..(((((.((((.((.(.((.(((...((((.((((((((((((((((..(((((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).)).))))))).)))..........))).))).)))).))).)).).))..)))).)))))..(((((((.(((...............))))))))))....((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).......(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..)))))).)))))...........((....))....)))))..))))).(((....)))....(((((.(((((((........((((((.....))))))........))).......(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).......)))).)))))...((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({,,{((((((.(((....))}.(((((((....)))))))}}))||.(({((,((((({((.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,,{{(....,,.,|}}..,}})}}.}|||(((((((.(((((.((((((((((..,,.((({..{{{(({{,,||}))|||...(((((((....(((((((..,.(((((((({.{{...{{{{{.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).)){{|..,,)),((((.((((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))...))))))))}}))))))))),|..)))).))).,.))))))){(({((((.......(((((.......)))))..)))))))}.)|}),,))))))).))).}))))))))))}{{|{..,({,,..}}.}},})})}.}))).)).))))))}}))))))))}}{{((((..{{||||(|(({(({{...{{{(((({{(,.{,(({(,,,{{(((({....}))))|,,}}}|,|..{||||,|}}.(((((((((((({{((((((((((..((((..(((...))).))))...........((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}})))))}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))|.{{(((((.((((((.(((.....,(((......,})})}.)))..))))))))).,,.,)}}.....))))))...))))))))...((......))((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).))))))))){{{{{...{({{,{{,.,,,,||||....,.,,}}}}{((((((((..,((((((((({{......,,.))}..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))).,(((((((.((((.((((..(((((.,.{...,.|||,..((((((...{.{.(((((((((....{(((,(((.(,(((,..{{{{,{|...}))))))...}}},}}}}.,})).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...||....))))))))...}},.((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).))))))).,((((....))))........}))))))))((({...,,}}}}...........)))))))))},..))).}}}}...}}|||.,,{{{({((,,.((,.||})){|||{|}},..,||}||})},}}}))))))}}}||{{||||{{,.,,||}}.}||||{.|{{{{|}},))}}||{{|,,||{{{|..{{{||,||||}}},{{(({(.{,,,|,{{.{|||{{(({{((((({..{{(((((((((......(((({((((.(((...))).)))),)),)))......))))))||)).},.})))))}.})).,},......)))))))})))))))),}|,,.|...}))),))))),.((((((,,(({,.....,,.......})))))))))...{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}....(((((.....((((.((((((....)))))}..)))).....))))|(((((....))))),.)))))).}}|}}....,,..,}}||},},)).,),)))))..)))))|{{{,.{,|||....,||,|}}})})))}....,..((((((.....))))))........|||{{{.{,{{((((((((......(((({...{(((((((((((,.,.....,(((((({.,(((,,,.((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..})}}),})))).}))),}))))))))...(((((((((.......{{{{.{{.....,,...}}}}...)))))))))...}))))..,..)))))),,,(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....,||,,,||,,....((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))){(({{{{{{||.||||{..||,,,...)),,)}}}|,|||{..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))...,,.))))))).....
Back