Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399942.1
Sequence Length
2938 nt
GC Content
0.5555
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUAAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGAGGCCCAGUGCUCUGGCCUGAGUUGGGUUGUGGCCUUACCCCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGUCCAAAGACCUUAAAAAACCUGGAGCUAGAAAGCAGUAGACUGGAGGCUUCUACAGACUGUAGGAUUCAAGGGAUUUAUUAUAGGGAUCUGACCGCAUGCCAUUGUGGGAGCUGGUUAAACAGUCUCUGUAAGGCUGUUGUCUUUGCAUCUAAUGCUGGAGCUUGAAGUCUGCAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1161.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1207.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 517.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((((((...((.(((....))).))((((((.(((((((((((..((.(((((((..(((..(((..(((((((.((((((.((((.((((((((.......)))))).((((((..(.(((........))))))))))..((((...))))..)).))))..)))(((((.((..((((((.((((((((((((((((((((...((((((..((((((((((.....((((((..(((((.((..((((((.(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.(((((........)))...))))).)))))))))))).))))).............))))))..(((((....)))))))).))))))).....))))))..))).))))))..)))))..(((((.......).))))..((((((((..(((........))).)))))).)).....((((((((((..((..((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((...((((.(((((((((((((((((......))).))))).((((.((....))))))((((.(((.((((((...((((((...((.(..(((((((.((.(((.(..(((((.((((.(.((....))..).))))....)))))..)))))).))))))))))((((((....)))).))..((((.(((((........)))))..)))).(((((....))))).)))))).)))))).))).)))).....))))).)))).))))....)))))))..))...)))).))))))........)))))).)))...)))..)))))))...((((....)))))))))))))).)))((((..(((.(((((......))))).)))..)).))....(((((((.((((..(((((((.((......(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...)))))))....((((((((((..(((...((.(((((.((.((....((((((((((((((.(((...((..(((.......))).))...(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))).(((((.(((((((((.((((((((....)))))..))).))))..))))).))))).))).))).)))))))))))....)).)).)))))..))..)))..)).))....)))))).)).)))))))..))))))))))))))..))))))).((.(((.(((((.((((...)))).))))).))))))).)))).))))))).)))))).....((.(((.......))).))....(((((((((((....)).)))).)))))..((((((((((((.((....((((((((((((((....(((((....)))).)....))))))(((((((.....(((((((...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))...)))))))(((((((...)))))))......((((((((..(((((....(((.(((.(((.(((..(((((((......))).)))).))))))))).)))(((((.......(((((((..((((((..((((.(((.(((((..((((((..(((((.((((.((.(.((.(((...((((.((((((((((((((((..(((((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).)).))))))).)))..........))).))).)))).))).)).).))..)))).)))))..(((((((.(((...............))))))))))....((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).......(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..)))))).)))))........))).)))).))))))........)))))))......))))).(((((((((.(((........((((((.....))))))........)))....))))).)))).............)))))..))))))))(((.(..((((((((..((((....((((.....)))).............((.......))...((((((.((((((.....))))))..)).)))).))))..))))))))..).))))))))))..........((((.((((.((.(((((((((((.........(((((((((.((...(((((...)))))...)).)))))))))..)))))))))))))...........((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))))))))))))))))))).....)).)))))))).)))).(((..(((((((......)))))))..)))..)))))))...(((((((....)))))))......))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(({.(((((((,,{{{.{||,...}||.}}((((((.(((((((((((,,((,(((({((,.{((,{(((.,((({(((,{((.(((((.{(,((({{(({{((((((((.(((((((....(((((((((.,,..,{{{{,,,|||{{||..,))))}.)))))))))))))))).},))))))),|,||{((((({{((((((((((...((((((..(((((((((({,.,.(({(((,|||||(,({(.((((((.(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((({,(((((........)))...))))).))))))))))},,||||,...}}}.......))))),..,{|||,,.,)}}))))).))))))).....))))))..))).)))))),,))))}..(((((.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).))...{.(((((((((,{{((..((((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).))))))))(((((...((((.((((((((((((((,,(,{{...)))}))))).((((.{{....}}))))((((.(((.((((((...((((((...{(,({,(((((((.((,({{.{..(((((.(({{.,,((....}}.,},}))}....)))))..}))))).)))}))),.}}}}||||.,.}|||{||,.{((({......}}}}.,..})}}}})},|,(((({....})))).)))))).)))))).))).)))).....)))))}}))).))))....)))))))..)).,}))))}})))))........}})))),},,.||},...}.))))))))||{{.,.,))}))))))))})).}}}((((..(((.(((((......))))).)))..)).))....(((((((.((((..(((((((.((...,..(((((..(((((......)))))..))))}..(((((((..((((......))))...)))))))....{((((({({(.{(((,..{{.(((((.((.,,....((((((((((((((.(((...((..((({....}.})).))...(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))).(((((.(((((((((.((((((((....)))))..})).)))),.))))).))))).))).))).)))))))))))....,,.)).)))))..}),,}.,,})).))....)))))).)).)))))))..))))))))))))))..))))))),||.,((.(((((.((((...}))).})))).))},})}.)))).))))))).))))))...,|((.(((.......))).))....(((((((((((....)).)))).)))))..{(((((((((((.((.,..(((((((((((((,....,((((....}}}}.|....|||||((((((((.....(((((({...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))..,)))))))(((((({...}))))))......((((((((..(((((...,((({(((.,((..||}}|{{{{((,,...,|||,|}},.,,})))))),||}(((((.......(((((((..{(((((..((((,(((.(((((..((((((..(((((.((((.,,.((((((,(,..{(((.((((((((((((((((..({(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......))))))}})).)}.))))))).)))..........))))))).)))))))))))...},..)))).)))))..(((((({,(((...............))))))))))...{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))})}),}}....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..)))))).)))))........}}),))}).))}}}),,,,.,..)))))))......))))}.(((((((((.(((........((((((.....))))))........)))..,.})))).))))........,,...)))))..))))))))(((.,..((((((((..((((....((((.....)))).,,......,}},((.......))...((((({.((((((,...,))))))..)),}))).))))..))))))))..).))))))))))).........|||}||||{.((.(((((((((((.......,.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).})))))))))))))....,,,.,,.((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))),)},))))))))))))...,,)).)))))))).)))},(((,,(((({{{...,,,)))))))..)))..)))))))...(((((((....)))))))......})))))).....
Back