Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399954.1
Sequence Length
2555 nt
GC Content
0.5581
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1014.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1054.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 592.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((...((((.(((((((((((((((((......))).))))).((((.((....))))))((((.(((.((((((...((((((...((.(..(((((((.((.(((.(..(((((.((((.(.((....))..).))))....)))))..)))))).))))))))))((((((....)))).))..((((.(((((........)))))..)))).(((((....))))).)))))).)))))).))).)))).....))))).)))).))))....)))))(((((..((((......(((((.(((((..(((((.....((((((.(((((...))))).(((.((((...)))).)))....(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((.((.(((..(((((((..............((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((...........)))))))))))))...((....))...(((...))).((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))))))))...)))..))))).)))))))))))........)))))).....).))))...((((...)))).....(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).))))).)))))....)))).....)))))...)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..((((((({(((,...|||.(((((((....)))))))}}}||{{((.{((((((((({.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,,,,(....,,.,|||..{||}||.||||(((({((,(((((,((((((((((..,,.(({{..,{((({{.,|||}}|||...((((({(,,.,({{{{{{..,.||{|||||,.{{...|||||.......)}}))}..((((((((..(((........))).)))))).)){,|,,,.)),||||,|(((,((,((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).}},,.}}}|||}|||||||}}|||,|..}}}}.}}).,.)))))}|{((,(({{..,,,,,|((((.,,,.,,||||}..||||||},.}|}},.}}|||||.||},}}}}}}|||||}{{{{..,((,...}}.}),})))}.}})),)).))))))},)))))))).}{{{(((....)}}),}}..((((....{{,{{{{{{..{{{|{{,,.{{((((...,,,|||}.||,,,.})},)))|))|.||||.....|||}|{{.,}.))))}}..))))},,,,(((((({,(({.{{..(((((((.(((,(,(((((.,,..((((((((...))))).)))....)..)))))...).,.)))..)))))))..||.{{,{{({(((,((((.(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((,({.(((..(((((((.....,,...,,..((((((((...((((((((({{.........}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((.,......,..)))))))))))))}..||....||,.,((,...},,,||.||.{{,(((((((((((....)).)))).)))))...}}).)}}}...)))))..)))).)))).)))))))..((((....))))........}))))))))((({.....})))...........)))))))))))))))...)))..}}))).)))))))))))..)))).)}),))).),,}}}))}..)))))}.||||,||.}|}||,||||||..,}},(((({((((.(((...))).)))).)),)}}......,|||||{{|,.,,.||||||,..))})))...}}}))))).,})))))))}.{{{{{{.....,,)),}}}),||||||,|{{{,,,.,,}}.,.....})))))))}|,..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}...{((((({..{{((((.(((((({{..,}|||,..,,}}.}},..)))((((((....)))))).,,,,,,..{(,,....)).})))))))))),.))))))),,,)))))|{,,....||}....}}}}})}}))))),....,..((((((.....))))))........|||{{,.,,|{|{((((((......(((({...{(((((((((((,.,.....,(((((({.,(((,.,.((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..})}}},})))).}))),}}))))))}...(((((((((.......{{{{.{{.....,,...}}}}...)))))))))...}))))..,..)))))),,,(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....}|,,,,,|,.....((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))){((((((({{{.{((((..((......))..))))|.}||,..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back