Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400044.1
Sequence Length
2477 nt
GC Content
0.6096
AUCCUCUCCACCCGCUCCCAGGGGCUGGAGUCUGGAAAACCACGCGGGAGGAGGUUGUGGGGAUAUGGACGAGCAUCCGAGGCCCCCGGUUACAGACGUUCCACGUUCCGUCUCCCUGUGCCAGCCCUCAGGACCUGAGCAGCGGCCUUGCCGUAGCCUAUGUGCUGAACCAGAUAGACCCCUCCUGGUUCAACGAGGCAUGGCUCCAGGGCAUCUCGGAAGAUCCAGGUCCCAACUGGAAGCUGAAGGUCAGCAAUCUGAAGAUGGUCUUACGGAGCCUAGUAGAGUACUCCCAGGAUGUCCUGGCGCAUCCUGUGUCAGAAGAGCAUCUCCCAGAUGUGAGCCUCAUUGGAGAGUUCUCAGACCCGGCAGAGCUCGGCAAGCUGCUUCAGCUGGUGCUGGGCUGUGCCAUCAGUUGCGAGAAAAAGCAGGACCACAUCCAGAGAAUCAUGACGCUGGAAGAAUCGGUUCAGCAUGUGGUGAUGGAAGCCAUCCAAGAGCUCAUGACCAAAGACACUCCUGACUCCCUGUCACCAGAGACGUAUGGCAACUUUGACAGCCAGUCCCGCAGGUACUAUUUCCUAAGUGAGGAGGCUGAGGAGGGGGACGAAUUACAGCAGCGCUGUCUGGAUCUGGAGCGGCAGCUGAUGCUCCUGUCAGAGGAGAAGCAGAGCCUGGCGCAAGAGAAUGCAGGGCUGCGGGAGCGGAUGGGCCGGCCUGAAGGCGAGGGUACCCCAGGUCUCACUGCCAAGAAGCUGCUGCUGCUGCAAUCCCAGCUGGAGCAGUUGCAGGAGGAGAACUUCAGGCUGGAGAGUGGCAGGGAGGAUGAGCGCCUGCGCUGUGCCGAGCUGGAGAGGGAGGUUGCGGAGCUGCAGCACCGGAACCAGGCGCUGACUAGCCUGGCCCAGGAGGCACAGGCCCUGAAGGAUGAGAUGGAUGAACUACGGCAGUCUUCGGAGCGUGCUGGGCAGCUGGAGGCCACGCUGACCAGUUGCCGGCGCCGCUUGGGCGAGCUGAGGGAGCUGCGGCGGCAGGUGCGGCAGCUGGAGGAACGCAACGCCGGCCACGCCGAGCGCACGCGACAACUGGAGGAUGAGCUACGCCGAGCGGGCUCCCUGCGCGCCCAGCUGGAGGCGCAGCGGCGGCAGGUGCAGGAACUGCAGGGCCAGCGGCAGGAGGAGGCCAUGAAGGCCGAGAAAUGGCUAUUUGAAUGCCGCAACCUGGAGGAAAAGUAUGAGUCGGUGACAAAGGAGAAGGAGCGGCUGUUGGCGGAGCGGGACUCCUUGCGGGAGGCCAAUGAGGAGCUGCGCUGCGCCCAGCUGCAGCCGCGGGGGUUGACCCAGGCCGAUCCCUCACUGGAUCCCACCUCCACACCCGUGGAUAACUUAGCCGCAGAGAUCCUGCCUGCGGAGCUCAGGGAGACGCUCCUGCGGCUUCAGCUGGAGAACAAGCGGCUGUGCAGGCAGGAGGCGGCCGACCGGGAGCGGCAGGAGGAGCUGCAGCGCCACCUGGAGGAUGCCAACCGCGCGCGCCACGGGUUGGAGACGCAGCACCGGCUGAACCAGCAGCAGCUAUCCGAGCUGCGGGCCCAGGUGGAGGACCUGCAGAAAGCCCUGCAGGAGCAGGGGGGCAAGACUGAAGAUUCCAUUUUGCUGAAAAGGAAGCUGGAGGAACAUUUGCAGAAGCUUCAUGAGGCAGAUCUGGAGUUGCAGAGGAAGCGGGAGUACAUUGAGGAGCUGGAGCCACCCACUGACAGCAGCACAGCCCGGCGGAUCGAGGAGCUGCAGCAUAACUUGCAGAAGAAGGACGCGGACUUGCGGGCCAUGGAGGAGCGAUACCGCCGCUACGUGGACAAGGCCCGCAUGGUCAUGCAGACCAUGGAACCCAAGCAGCGGCCAGCUGCGGGGGCACCUCCAGAACUCCAUUCCCUGAGGACACAGCUCCGAGAACGGGAUGUCCGCAUCCGACACCUGGAGAUGGACUUUGAGAAAAGCCGAAGUCAGCGGGAGCAGGAAGAAAAGCUGCUCAUCAGUGCCUGGUAUAAUAUGGGCAUGGCCUUGCAGCAGCGAGCUGGGGAGGAGCGGGCGCCUGCCCAUGCCCAGUCAUUCCUGGCACAGCAGCGGCUGGCAACCAAUUCUCGCCGUGGACCCUUGGGACGCCUGGCAUCUCUGAACCUUCGCCCCACUGACAAGCACUGACAGACCUCACAAUCAAGCCAGCCUGGGCUCCACCCACCCUGGCUUCCUCCAGCUCACAUGGCGCCCAGCACUGGGCUUCAGCCAGGUGCUCGAGAGCUUUGAGGCCAUGAUCUCUGCUCUUCCCUCUCCCAGAUUGGUGGGGAGGGAGGGCGGGAGGUAGAUAUAGGCCUGUUCUUUUUAGCAAUGUGAUUCUUGUUGUUGAUUCUCUCUCUGGAGUUCAUGUGCUGCCUCAGGAGACUCUGAUUUUAUAUUUGAGAAAAAUAAAGGCGUUCAAUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1073.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1112.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 695.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((.((((((((....(((....)))(((((((((.(((((.((((...((((......))))...))))))).....(((((...))))))).)))))).)))))))))))((((((.(((((.(((((...)))))...((((((((((((((.(((.(((...((((((....((...((..(((((((((.(((((((((...(((((.......))))).(((((...)))))..)))).))))).)))...))))))..))...))....)))))).)))((((((((...)))))))).(((((.(((((..((((.......)))))))))))))).......((((.((((((((((((((...)))))..))))))))).)))).....((((........)))).......(((((.(........).)))))...))))))))))))))))).(((((...))))).....))))).)...........)))))..(((((.((..(((((..((...))..))))).(((((..(((((((((........)))..))).))))))))..)).))))).........(((((.((((.....(((...(((.((((((...(((((.....)))))...)))...))).))).)))....)))).))))))))))))).....(((((((((((((..(((...)))..))(((.((((.....(((((((.(.((((......)))).).)))))))))))))).....)))))))))))...))))...)))))))((((((((((((((((..(((((((((..(((((((.(((((.(((.((.(((..((((((((((((...((((((((.....))).))))).((..(((.((...((((((.....(((..((((((((((((((...(((((((((.(((...)))..)))))))))..((((.....))))..((.((((((((((.(((.....))).)))))(((((...(((..(((((((...)))).)))...)))....(((((((..(((((.(((...))))))))(((((.((((..((((......)))))))))))))((((((..((.(((((((.((((((...(((((((((............)))))).)))...))))))...((((..........(.((((((((..............(((((((..((((.((((.(.(((((((.((....))..))))))).).)))).))))))))))).(((..(((......))).))).(((((......)))))....(((((.((((((((........(((((.....((((((((((((((((..(((((...)))))..))))))(((((.........)))))..))))))))))((((.((..(((((.(((((((......))))..)))..))))).)).))))....))).)).)))))))))))))......)))))))).).))))..((((((.....)))))).)))))...)).))..)))))).....((((((....))))))..(((((.(((..(((((((.((((((......((((((...(.((...)).)...))))))....))))))..))))))).))).....((.(.(((...((((...(((((.((......(((....)))....)))))))...))))...))).).))....))))).......((.((((((((((((((((.((...(((((.......)))).).....)).)))))))).)))).))).).))......(((..(((((.....)))))..)))..)))))))..))))).))))).))..))).))))))).....))))..))))))))).)))))..))...(((((((........))))))).....((((((.........)))))).))))))))))))......)))))..(((.((((....)))))))((.(((((..((..(((.(((..(((((((......))))....)))..))).)))..))..))))).))(((..((...))..)))...))).))))))))))))......(((.((.....)).)))...........(((((((..((((.....))))..))))))).))))))))).))))))))..((((((.(((....))).)))))).((((((....((((((((((((((((.((((((((.((((......)))))))))))))).))))))...))).))))))))))).(((((((((.......))))))))).((((.((..(((((......))).))..))))))(((.(((.....))).)))........)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((({(({,((((((((,(((((((({{{{((,....|||((({{{,,,.{|,||}||{,...||||}.....))),.,}))))|||,..{{,,((({{{,}}||}|{||||||{,|,}||||||{(((({,.(((((.(((((...))))).{{({((((((((((((.(({.(((...((((((....((...((..(((((((((.(((((((((...(((((.......))))).(((((...)))))..)))),,)))).)))...))))))..))...))....)))))).)))((((((({...}))))))).(((((.(((((..((((.,.....)))))))))))))).......((((.((((((((((((((...)))))..))))))))).)))).....{(((........)))}.....,.(((((.(........).)))))...}))))))))))))))))}(((((...))))).....))))).}.,,........}}})}|{{{,(({((,,{({{{..{,.,})}..}}})).|||{{,.(((((((((........)))..))).)))))))).},)))))))}}.......(((((.((((.....(((...(((.((((((...(((((.....)))))...))}.,.))).))).)))....)))).))))))))))))}.}},,|||(((((((({(..(((...)))..)|(((.((((.....(((((((.(.((((......)))).).)))))))))))))),....))))))))))).,,))))..}))))))|((((((((((((((((..(((((((((.,,{{(((({(((.(({{{{||.||,..,||,||{}}},....||||{((({.,..|||.|}}||.(((((((.((.,.(((.....)}},..}}.})))))){||{{(((,(((((((((.(((...)))..)))))))))}}|}|||||{{((((,(({.({{{((((((.,(({{.,{|||{||,||{({.{...{{{..|{|||||...)))).))),..))}.|..,}}..,,.}},))}.})))).))))))))|||||.||||},{{((...,,.))))}}}}||,}||{{{||..||||||(|||.((((((...({,((((((............)))))).})}...))))))..}|||{{|{...,{{.{.,(((((((.....({.{{{({.(((((((,.((((.((((.(.(((((({.{(....))..,)))))).).)))).))))))}}})),|||}|((({{,.,.}||{|||.(,((({.....||,||{{,,(((((.((((((((........(((((.....((((((((((((((((,.(((((...})))}},)})))|{((((.........))))),}))))))))))((({.((..(((((.(((((((......))))..)))..))))).)).})))....))).)).)))))))))))))...{{{|,,,,)))}..,,.((.((((((.....)))))).,)}(((((((..((((((((((......)))))))..({({({{((,,,.{{(..{({((((.{(((((......((((((,.,(,,....||.|...})))))....}))}}}.,))))))),))}.,...||,({{((.,.,{{{{,.(((({.({...,,.{{{....)}}....|||||||,..||},,,.,||{{{{,.....})))}}.....{{.|||{{,||{(((((((.((.,{,{(((.......)))).).}...)}.)))))))|{{|||..,,.)}))}}{,..(((..(((((.....))))).,)))..}))))}}..}))).,))))}}.(((((...,{(({....}))).))))).,.)))..))))))).....(((((((........))))))).(((((((..({......{((((({,..,.(((((.((.......(((((((((||{|{(((,.,,..||||...|||,||{{,,..)))))))))))))....,.)).))))).}.)))))))..,..))..})))))),)))),,)),,))}}}))))))))))))),..))))),}).)})))})..},,))}.,.,.)))).,....{((((((..((((.....))))..))))))),))))))))).)))))))).{(((((({((({{{{|,}{||||||.((((((....((((((({(((((((({((((((((.((((......))))))))))))))))}))))...)}).))))))))))).{{||||{{{.{,.,|.,}}}}}})).}}|}},,)))})))))}.)))))),,{(((|....|)))},.,,.,||{|}}}..,,,,,.)))))))),......
Back