Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400045.1
Sequence Length
2511 nt
GC Content
0.6081
AUCCUCUCCACCCGCUCCCAGGGGCUGGAGUCUGGAAAACCACGCGGGAGGAGGUUGUGGGGAUAUGGACGAGCAUCCGAGGCCCCCGGUUACAGACGUUCCACGUUCCGUCUCCCUGUGCCAGCCCUCAGGACCUGAGCAGCGGCCUUGCCGUAGCCUAUGUGCUGAACCAGAUAGACCCCUCCUGGUUCAACGAGGCAUGGCUCCAGGGCAUCUCGGAAGAUCCAGGUCCCAACUGGAAGCUGAAGGUGACAAGUGGACUCCUGAUUAGAGGACAGACUGGUCAGCAAUCUGAAGAUGGUCUUACGGAGCCUAGUAGAGUACUCCCAGGAUGUCCUGGCGCAUCCUGUGUCAGAAGAGCAUCUCCCAGAUGUGAGCCUCAUUGGAGAGUUCUCAGACCCGGCAGAGCUCGGCAAGCUGCUUCAGCUGGUGCUGGGCUGUGCCAUCAGUUGCGAGAAAAAGCAGGACCACAUCCAGAGAAUCAUGACGCUGGAAGAAUCGGUUCAGCAUGUGGUGAUGGAAGCCAUCCAAGAGCUCAUGACCAAAGACACUCCUGACUCCCUGUCACCAGAGACGUAUGGCAACUUUGACAGCCAGUCCCGCAGGUACUAUUUCCUAAGUGAGGAGGCUGAGGAGGGGGACGAAUUACAGCAGCGCUGUCUGGAUCUGGAGCGGCAGCUGAUGCUCCUGUCAGAGGAGAAGCAGAGCCUGGCGCAAGAGAAUGCAGGGCUGCGGGAGCGGAUGGGCCGGCCUGAAGGCGAGGGUACCCCAGGUCUCACUGCCAAGAAGCUGCUGCUGCUGCAAUCCCAGCUGGAGCAGUUGCAGGAGGAGAACUUCAGGCUGGAGAGUGGCAGGGAGGAUGAGCGCCUGCGCUGUGCCGAGCUGGAGAGGGAGGUUGCGGAGCUGCAGCACCGGAACCAGGCGCUGACUAGCCUGGCCCAGGAGGCACAGGCCCUGAAGGAUGAGAUGGAUGAACUACGGCAGUCUUCGGAGCGUGCUGGGCAGCUGGAGGCCACGCUGACCAGUUGCCGGCGCCGCUUGGGCGAGCUGAGGGAGCUGCGGCGGCAGGUGCGGCAGCUGGAGGAACGCAACGCCGGCCACGCCGAGCGCACGCGACAACUGGAGGAUGAGCUACGCCGAGCGGGCUCCCUGCGCGCCCAGCUGGAGGCGCAGCGGCGGCAGGUGCAGGAACUGCAGGGCCAGCGGCAGGAGGAGGCCAUGAAGGCCGAGAAAUGGCUAUUUGAAUGCCGCAACCUGGAGGAAAAGUAUGAGUCGGUGACAAAGGAGAAGGAGCGGCUGUUGGCGGAGCGGGACUCCUUGCGGGAGGCCAAUGAGGAGCUGCGCUGCGCCCAGCUGCAGCCGCGGGGGUUGACCCAGGCCGAUCCCUCACUGGAUCCCACCUCCACACCCGUGGAUAACUUAGCCGCAGAGAUCCUGCCUGCGGAGCUCAGGGAGACGCUCCUGCGGCUUCAGCUGGAGAACAAGCGGCUGUGCAGGCAGGAGGCGGCCGACCGGGAGCGGCAGGAGGAGCUGCAGCGCCACCUGGAGGAUGCCAACCGCGCGCGCCACGGGUUGGAGACGCAGCACCGGCUGAACCAGCAGCAGCUAUCCGAGCUGCGGGCCCAGGUGGAGGACCUGCAGAAAGCCCUGCAGGAGCAGGGGGGCAAGACUGAAGAUUCCAUUUUGCUGAAAAGGAAGCUGGAGGAACAUUUGCAGAAGCUUCAUGAGGCAGAUCUGGAGUUGCAGAGGAAGCGGGAGUACAUUGAGGAGCUGGAGCCACCCACUGACAGCAGCACAGCCCGGCGGAUCGAGGAGCUGCAGCAUAACUUGCAGAAGAAGGACGCGGACUUGCGGGCCAUGGAGGAGCGAUACCGCCGCUACGUGGACAAGGCCCGCAUGGUCAUGCAGACCAUGGAACCCAAGCAGCGGCCAGCUGCGGGGGCACCUCCAGAACUCCAUUCCCUGAGGACACAGCUCCGAGAACGGGAUGUCCGCAUCCGACACCUGGAGAUGGACUUUGAGAAAAGCCGAAGUCAGCGGGAGCAGGAAGAAAAGCUGCUCAUCAGUGCCUGGUAUAAUAUGGGCAUGGCCUUGCAGCAGCGAGCUGGGGAGGAGCGGGCGCCUGCCCAUGCCCAGUCAUUCCUGGCACAGCAGCGGCUGGCAACCAAUUCUCGCCGUGGACCCUUGGGACGCCUGGCAUCUCUGAACCUUCGCCCCACUGACAAGCACUGACAGACCUCACAAUCAAGCCAGCCUGGGCUCCACCCACCCUGGCUUCCUCCAGCUCACAUGGCGCCCAGCACUGGGCUUCAGCCAGGUGCUCGAGAGCUUUGAGGCCAUGAUCUCUGCUCUUCCCUCUCCCAGAUUGGUGGGGAGGGAGGGCGGGAGGUAGAUAUAGGCCUGUUCUUUUUAGCAAUGUGAUUCUUGUUGUUGAUUCUCUCUCUGGAGUUCAUGUGCUGCCUCAGGAGACUCUGAUUUUAUAUUUGAGAAAAAUAAAGGCGUUCAAUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1081.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1120.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((.((((((((....(((....)))(((((((((.(((((.((((...((((......))))...))))))).....(((((...))))))).)))))).)))))))))))((((((.(((((.(((((...)))))...((((((((((((((.(((.(((...((((((....((...((..(((((((((.(((((((((...(((((.......))))).......(.((((.(((....((((......))))...))).)))).)..)))).))))).)))...))))))..))...))....)))))).)))((((((((...)))))))).(((((.(((((..((((.......)))))))))))))).......((((.((((((((((((((...)))))..))))))))).)))).....((((........)))).......(((((.(........).)))))...))))))))))))))))).(((((...))))).....))))).)...........)))))..(((((.((..(((((..((...))..))))).(((((..(((((((((........)))..))).))))))))..)).))))).........(((((.((((.....(((...(((.((((((...(((((.....)))))...)))...))).))).)))....)))).))))))))))))).....(((((((((((((..(((...)))..))(((.((((.....(((((((.(.((((......)))).).)))))))))))))).....)))))))))))...))))...)))))))((((((((((((((((..(((((((((..(((((((.(((((.(((.((.(((..((((((((((((...((((((((.....))).))))).((..(((.((...((((((.....(((..((((((((((((((...(((((((((.(((...)))..)))))))))..((((.....))))..((.((((((((((.(((.....))).)))))(((((...(((..(((((((...)))).)))...)))....(((((((..(((((.(((...))))))))(((((.((((..((((......)))))))))))))((((((..((.(((((((.((((((...(((((((((............)))))).)))...))))))...((((..........(.((((((((..............(((((((..((((.((((.(.(((((((.((....))..))))))).).)))).))))))))))).(((..(((......))).))).(((((......)))))....(((((.((((((((........(((((.....((((((((((((((((..(((((...)))))..))))))(((((.........)))))..))))))))))((((.((..(((((.(((((((......))))..)))..))))).)).))))....))).)).)))))))))))))......)))))))).).))))..((((((.....)))))).)))))...)).))..)))))).....((((((....))))))..(((((.(((..(((((((.((((((......((((((...(.((...)).)...))))))....))))))..))))))).))).....((.(.(((...((((...(((((.((......(((....)))....)))))))...))))...))).).))....))))).......((.((((((((((((((((.((...(((((.......)))).).....)).)))))))).)))).))).).))......(((..(((((.....)))))..)))..)))))))..))))).))))).))..))).))))))).....))))..))))))))).)))))..))...(((((((........))))))).....((((((.........)))))).))))))))))))......)))))..(((.((((....)))))))((.(((((..((..(((.(((..(((((((......))))....)))..))).)))..))..))))).))(((..((...))..)))...))).))))))))))))......(((.((.....)).)))...........(((((((..((((.....))))..))))))).))))))))).))))))))..((((((.(((....))).)))))).((((((....((((((((((((((((.((((((((.((((......)))))))))))))).))))))...))).))))))))))).(((((((((.......))))))))).((((.((..(((((......))).))..))))))(((.(((.....))).)))........)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((({(({,((((((((,(((((((({{{{((,....|||((({{{,,,.{|,||}||{,...||||}.....))),.,}))))|||{..{{,,((({{{,}}||}|{||||||{,|,}||||||{(((({,.(((((.(((((...))))).{{({((((((((((((.(({.(((...((((((....((...((..(((((((((.(((((((((...(((((.......)))))..,,...(.((((.(((....((((......))))...))).)))).)..)))),,)))).)))...))))))..))...))....)))))).)))((((((({...}))))))).(((((.(((((..((((.,.....)))))))))))))).......((((.((((((((((((((...)))))..))))))))).)))).....{(((........)))}.....,.(((((.(........).)))))...}))))))))))))))))}(((((...))))).....))))).}.,,........}}})}|{{{,(({((,,{{{{{..,,.,})}..}}})).|||{{,.(((((((((........)))..))).)))))))).},)))))))}}.......(((((.((((.....(((...(((.((((((...(((((.....)))))...))}.,.))).))).)))....)))).))))))))))))}.}},,|||(((((((({(..(((...)))..)|(((.((((.....(((((((.(.((((......)))).).)))))))))))))),....))))))))))).,,))))..}))))))|((((((((((((((((..(((((((((.,,{{(((({(((.(({{{{||.||,..,||,||{}}},....||||{((({.,..|||.|}}||.(((((((.((.,.(((.....)}},..}}.})))))){||{{(((,(((((((((.(((...)))..)))))))))}}|}|||||{{((((,(({.({{{((((((.,(({{.,{|||{||,||{({.{...{{{..|{|||||...)))).))),..))}.|..,}}..,,.}},))}.})))).))))))))|||||.||||},{{((...,,.))))}}}}||,}||{{{||..||||||(|||.((((((...({,((((((............)))))).})}...))))))..}|||{{|{...,{{.{.,(((((((.....({.{{{({.(((((((,.((((.((((.(.(((((({.{(....))..,)))))).).)))).))))))}}})),|||}|((({{,.,.}||{|||.(,((({.....||,||{{,,(((((.((((((((........(((((.....((((((((((((((((,.(((((...})))}},)})))|{((((.........))))),}))))))))))((({.((..(((((.(((((((......))))..)))..))))).)).})))....))).)).)))))))))))))...{{{|,,,,)))}..,,.((.((((((.....)))))).,)}(((((((..((((((((((......)))))))..({({({{((,,,.{{(..{({((((.{(((((......((((((,.,(,,....||.|...})))))....}))}}}.,))))))),))}.,...||,({{((.,.,{{{{,.(((({.({...,,.{{{....)}}....|||||||,..||},,,.,||{{{{,.....})))}}.....{{.|||{{,||{(((((((.((.,{,{(((.......)))).).}...)}.)))))))|{{|||..,,.)}))}}{,..(((..(((((.....))))).,)))..}))))}}..}))).,))))}}.(((((...,{(({....}))).))))).,.)))..))))))).....(((((((........))))))).(((((((..({......{((((({,..,.(((((.((.......(((((((((||{|{(((,.,,..||||...|||,||{{,,..)))))))))))))....,.)).))))).}.)))))))..,..))..})))))),)))),,)),,))}}}))))))))))))),..))))),}).)})))})..},,))}.,.,.)))).,....{((((((..((((.....))))..))))))),))))))))).)))))))).{(((((({((({{{{|,}{||||||.((((((....((((((({(((((((({((((((((.((((......))))))))))))))))}))))...)}).))))))))))).{{||||{{{.{,.,|.,}}}}}})).}}|}},,)))})))))}.)))))),,{(((|....|)))},.,,.,||{|}}}..,,,,,.)))))))),......
Back