Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400161.1
Sequence Length
4161 nt
GC Content
0.4561
GAAUGCUGGGAGAGUCCGACGAGCGCUGCACUAACGCAGGAUCCGGCUGCCGAAGGUCCUCGCCAGCAGGAUGAAGUUAAAGGAAGUAGAUCGUACAGCCAUGCAGGCAUGGAGCCCUGCCCAGAAUCACCCCAUUUACCUAGCAACAGGAACAUCUGCUCAGCAAUUGGAUGCAACAUUUAGUACGAAUGCUUCCCUUGAGAUAUUUGAAUUAGACCUCUCUGAUCCAUCCUUGGAUAUGAAAUCUUGUGCCACAUUCUCCUCUUCUCACAGGUACCACAAGUUGAUUUGGGGGCCUUAUAAAAUGGAUUCCAAAGGAGAUGUCUCUGGAGUUCUGAUUGCAGGUGGUGAAAAUGGAAAUAUUAUUCUCUAUGAUCCUUCUAAAAUUAUAGCUGGAGACAAGGAAGUUGUGAUUGCCCAGAAUGACAAGCAUACUGGCCCAGUGAGAGCCUUGGAUGUGAACAUUUUCCAGACUAAUCUGGUAGCUUCUGGUGCUAAUGAAUCUGAAAUCUACAUAUGGGAUCUAAAUAAUUUUGCAACCCCAAUGACACCAGGAGCCAAAACACAGCCGCCAGAAGAUAUCAGCUGCAUUGCAUGGAACAGACAAGUUCAGCAUAUUUUAGCAUCAGCCAGUCCCAGUGGCCGGGCCACUGUAUGGGAUCUUAGAAAAAAUGAGCCAAUCAUCAAAGUCAGUGACCAUAGUAACAGAAUGCAUUGUUCUGGGUUGGCAUGGCAUCCUGAUGUUGCUACUCAGAUGGUCCUUGCCUCCGAGGAUGACCGGUUACCAGUGAUCCAGAUGUGGGAUCUUCGAUUUGCUUCCUCUCCACUUCGUGUCCUGGAAAACCAUGCCAGGGGGAUUUUGGCAAUUGCUUGGAGCAUGGCAGAUCCUGAAUUGUUACUGAGCUGUGGAAAAGAUGCUAAGAUUCUCUGCUCCAAUCCAAACACAGGAGAGGUGUUAUAUGAACUUCCCACCAACACACAGUGGUGCUUCGAUAUUCAGUGGUGUCCCCGAAAUCCUGCUGUCUUAUCAGCUGCUUCGUUUGAUGGGCGUAUCAGUGUUUAUUCUAUCAUGGGAGGUAGCACAGAUGGUUUAAGACAGAAACAAGUUGACAAGCUUUCAUCAUCUUUUGGGAAUCUUGAUCCCUUUGGCACAGGACAGCCCCUUCCUCCGUUACAAAUUCCACAGCAGACUGCUCAGCAUAGUAUAGUGCUGCCUCUGAAGAAGCCGCCCAAGUGGAUUCGAAGGCCUGUUGGUGCUUCUUUUUCAUUUGGAGGCAAACUGGUUACGUUUGAGAAUGUCAGAAUGCCUUCUCAUCAGGGAGCUGAGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAUGUGUUCAUUAGUCAGGUUGUAACAGAAAAGGAGUUCCUCAGCCGAUCAGACCAACUUCAGCAGGCUGUGCAGUCACAAGGAUUUAUCAAUUAUUGCCAAAAAAAAAUUGAUGCUUCUCAGACUGAAUUUGAGAAAAAUGUGUGGUCCUUUUUGAAGGUAAACUUUGAGGAUGAUUCUCGUGGAAAAUACCUUGAACUUCUAGGAUACAGAAAAGAAGAUCUAGGAAAGAAGCACAUUAAAGAGGAAAAAGAAGAAUCUGAAUUUCUACCCUCAUCUGGAGGAACAUUUAAUAUCUCUGUCAGUGGGGACAUUGAUGGUUUAAUUACUCAGGCUUUGCUGACGGGCAAUUUUGAGAGUGCUGUUGACCUUUGUUUACAUGAUAACCGCAUGGCCGAUGCCAUUAUAUUGGCCAUAGCAGGUGGACAAGAACUCUUGGCUCGAACCCAGAAAAAAUACUUCGCAAAAUCCCAAAGCAAAAUUACCAGGCUCAUCACUGCAGUGGUGAUGAAGAACUGGAAAGAGAUUGUUGAGUCUUGUGAUCUUAAAAAUUGGAGAGAGGCUUUAGCUGCAGUAUUGACUUAUGCAAAGCCGGAUGAAUUUUCAGCCCUUUGUGAUCUUUUGGGAACCAGGCUUGAAAAUGAAGGAGAUAGCCUCCUGCAGACUCAAGCAUGUCUCUGCUAUAUUUGUGCAGGGAAUGUAGAGAAAUUAGUUGCAUGUUGGACUAAAGCUCAAGAUGGAAGCCACCCUUUGUCACUUCAGGAUCUGAUUGAGAAAGUUGUCAUCCUGCGAAAAGCUGUGCAACUCACUCAAGCCAUGGACACUAGUACUGUAGGAGUUCUCUUGGCUGCGAAGAUGAGUCAGUAUGCCAAUUUGUUGGCAGCUCAGGGCAGUAUUGCUGCAGCCUUGGCUUUUCUUCCUGACAACACCAACCAGCCAAAUAUCAUGCAGCUUCGUGACAGACUUUGUAGAGCACAAGGAGAGCCUGUAGCAGGACAUGAAUCACCUAAAAUUCCGUACGAGAAACAGCAGCUCCCCAAGGGCAGGCCUGGACCAGUUGCUGGCCACCACCAGAUGCCAAGAGUUCAAACUCAACAAUAUUAUCCCCAUGUUAGAAUUGCCCCUACUGUCACUACCUGGAGUAACAAAACUCCUACUGCCCUUCCCAGCCAUCCACCUGCAGCCUCUCCCUCUGACACACAGGGAGAAAAUCCUCCACCUCCGGGUUUCAUAAUGCAUGGAAAUGUUAAUCCAAAUGCUGCUGGUCAGCUUCCCACAUCUCCAGGUCAUAUGCACACCCAGGUACCACCUUAUCCACAGCCACAGCCUUAUCAACCAGCCCAGCCGUAUCCCUUCGGAACAGGGGGGUCAGCAAUGUAUCGACCUCAGCAGCCUGUUGCUCCUCCUACUUCAAACGCUUACCCUAACACCCCUUACAUAUCUUCUGCUUCUUCCUAUACUGGGCAGUCUCAGCUGUACGCAGCACAGCACCAGGCCUCUUCACCUACCUCCAGCCCUGCUACUUCUUUCCCUCCUCCCCCUUCCUCUGGAGCAUCCUUCCAGCAUGGCGGACCAGGAGCUCCACCAUCAUCUUCAGCUUAUGCACUGCCUCCUGGAACAACAGGUACACUGCCUGCUGCCAGUGAGCUGCCUGCGUCCCAAAGAACAGAAAACCAGUCUAUCCAAGACCAGGCACCUAUGUUGGAAGGUCCUCAGAAUGGUUGGAAUGACCCUCCAGCUUUGAACAGAGUACCCAAAAAGAAGAAGAUGCCUGAAAACUUCAUGCCUCCUGUUCCCAUCACAUCACCAAUCAUGAACCCGUUGGGUGACCCCCAGUCACAAAUGCUGCAGCAACAGCCUUCAGCUCCAGUACCACUGUCAAGCCAGUCUUCAUUCCCACAGCCACAUCUUCCAGGUGGCCAGCCCUUCCAUGGCGUACAGCAACCUCUUGGUCAAACAGGCAUGCCACCAUCUUUUUCAAAGCCCAAUAUUGAAGGUGCCCCAGGGGCUCCUAUUGGAAAUACCUUCCAGCAUGUGCAGUCUUUGCCAACAAAAAAAAUUACCAAGAAACCUAUUCCAGAUGAGCACCUCAUUCUAAAGACCACAUUUGAGGAUCUUAUUCAGCGCUGCCUUUCUUCAGCAACAGACCCUCAAACCAAGAGGAAGCUAGAUGAUGCCAGCAAACGUUUGGAGUUUCUGUAUGAUAAACUUAGGGAACAGACACUUUCACCAACAAUCACCAGUGGUUUACACAACAUUGCAAGGAGCAUUGAAACUCGAAACUACUCAGAAGGAUUGACCAUGCAUACCCACAUAGUUAGCACCAGCAACUUCAGUGAGACCUCUGCUUUCAUGCCAGUUCUCAAAGUUGUUCUCACCCAGGCCAAUAAGCUGGGUGUCUAAAAGGACAGCUUCUCUUCCACUCAAUAUUGCCAUUUUUCCAAAGAAACAUGUUAAAAAAAAAAAUUAUAAGACAUGGACUAGUCCUCAUUAGCAUGUUUGCAUAGCAACCAGUCAAGAGCAUUUACACUAUUUCUGCUGAUAUACUCACCUUAGAACUGCUCAGAACCCUGGUGCUUUAUUUUUGUUUUAAUCUUUUGUUGCCAGUGAUGAUUUUCCUAUUCUGCAAAUAGUGUAUUUCCUGGAUUACACAUAGUAUGGUUUCCUGAAGUAUUCUGAUAAAUGUGUUUUUUAAAACCUCAAUAUACUUUUUAGAAAAGGAGCAUCUGGUUAUGCAUAAAGCAGAGCUAAAACUAAAUUUCUUUCAUGUCCUCCCUACUUCCUCAGUGUCAAUCAGAUUAAAGUGUGUAAUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1163.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1239.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 1328.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((....(((((((((..(((((.((((...(((((((...(((....)))..(((((((((((...(((((((((((((....(((.....))).(((.((...)))))......((((((((.....(((..((((.((((((...((((((.((((((....((((((.(((((((((.....))).)))))).))))))....((..(((((....)))))..)).....(((..(((((((.....(((((((((((.((.(((......))))).))))........((((((((...(((....)))))))))))........((.((.((..(((((..........)))))..)))).))..((((((((((...........))))))))))..((((.(((.....))).))))....)))))))....))))))).)))....(((((....)))))..((((((((((.....((........))..(((.((((...((((....))))....))))))).)))))))))).......((((((((((((.(...((.(((..((((((((.((.(((..(((((.....((((((.(((..(((....(((((((...)))))))..)))))).))))))....)))))...........))).))..)))).)))))))..))...).))))))..)))).))))))))....))))))...)))))).)))))))......((((.((.((...)).)).))))))))).))).....)))))))))))))....)))))..))))))........(((((((((((((((.(((...((((((((((...(((...)))...)))).))))))))).))).......((((((((((.((.((..(((.......)))..)).))....((((..((.(((((........)))))....))..))))((((((..............(((((((((((((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).)))))))).....))))..)))))))....(((((....))))).)))))).....))))))))))))))))))))))..)).)))))...)))).)))))...........)))).).))))(((((......)))))(((((((((((((..((((((..((.........))..)))).))..)))))))....))))))..((((((.(((...((......(((((........((((((((..((((((((((((((.((.((......((((((.((.(.(.((((((....((((((((......(((((.....((((((....((...(((((((.((((.((((...((((((((.((.......)).)))))))).((((((((.....)))))))).(((((((..((((.....((((((..((.((((((...)))))).))....))))))((.(((((............))))).)).)))).....)))))))....(((((..(((....)))...)))))....((((((((((((.....((((....(((((((((....)))))))))....))))....(((((((((...(((..(((((((((((.(((((.(((((((((.....)))))..((((((((((((......)))))))))).)))))).))).)).)))))(((.......)))(((.......))).)))))))))..)))))......(((........)))..((((.((((((((.((((...((.(.(((((((((....)).)))))..(((((((.((((((...(((((((((((((((........(((.((((....((((.......(((((....(((((((.((((.((((.....((((((....((((((((((((...((((.(((((((.........))))))))))).(((...((((((........))))))..)))......((((..((.....))..))))((..(((..(((((..(((((.(((...((.....)).))))))))..))))).....)))..))))).))))))))).))))))(((((((..((((.((.(((.((((((....))))))))).(((((((((..((((((...((((((......................))))))......))))))...(((((((...((((.....))))((.((((((((..(..(((..((((........)))).)).)..)..))))..)))).))..((((((((((((.((((...))))......))))..)))..((((....)))).........................)))))...))))))).....(((((......)))))))))))))).....))))))....)))))))(((((((.((...)).)))))))((((((.........)))))).........((((........))))..((((((.(..(((((............((((.....((......((((...))))........))....)))).........(((((((((........)))...(((((((.(((((.(((..........)))...))))).))))))).........((............................))...........))))))......)))))..)))))))......(((((.(((((..((.......((.(((............((((.............))))...(((((((((((((.(((((((((((((.((.........((((....(((.((...((((......))))..)).)))..))))...))))))).)))).))))..............((.((((.....))))..))...)))))))))))))...((((...(((((((.......))))))))))).))).))........))..))))).))))).....)))).))))...)))))))....)))))......))))..)))).))).......)))))...))))))))))...))))))...)))))))..)).).))...)))))))))))).))))))))...)))))))))))).....))))...)))))))))))...)).)))))).....))).))......))))))))......((((((((((((.((((...)))).)))..(((((.....)))))(((((..((((((((.............((((...((((((....((((((((.((.(((((................)))))...(((((.(((((((........)))).......((((.......))))..))).))))).....))...))))))))))))))...)))).......(((((........))).))..........((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))...))))))))..)))))..........((((.((....))))))....(((((.((..((......)).)).)))))(((((((((((((((((.........)))))))......)))))))))).........))))))))).(((.((((....)))).)))..................(((((((..(((((....)))))))))))).....)))))).).))))))))).....)).)).))))))......((......)).))))))))..))))))))......)))))......))...))).))))))...))))))))))....)))...............((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.((.((((((............)))))).)).))))))....(((.((((.((.......)).)))))))...........................))))...)))).)..))))).)))...)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((((({(,(,{|..|{|{{{((((,,(,..{|||{{{,|,((((,{|,.|,..,))},)))),||||{{,,{...{(((((((((((({{.,{{,..(({(({..,,.||}})))||{...,,,{{,,,,,..,,,.(((,.{(({.({{(((...{(({{{,((((({....{{{{||.|||{||||{|,...|||,||||||.||||||....{(,,{((((....}|}}}.,||.,.{{({({,{{{{{{{.,...,{{{{{{{(({.((.(({|....||||||.}||}........||{{||||.,|{||,.,}))}})))))))|,.||}}||||||}||..,|{|{...,,,.,..,,}))}}}}}}})},.{{{{{{{((({{.,{{,,{{{||}||||}}|(,((((.(((.....))).)))),.|{|||||||{,..|||||||.,,,....(((((....}))))..((((((((((.....{..........,..{{{.((((...{(((....)))}....))))})).)))))))))).......,{{{{|{||{||||,.,||,{{{,,,{({|{{{|{{.|||..|||}|}|,,.||||||},{{,{(({{,{{(((((((...))))))}..}))))},,,,|,....,|||||,..|||,,,..|||.||,,||}}.|||,|||.,|}...}})))))}|,}}||,,|}}|}}},,,,}))))),,,)))))),}))}))},.,,.|{{{{.{{.{|.||}|.||.|||||||||,|||,,,{{||||,||||||||.{{{,}|||{{{{{{((({......,(({{(((((((({(((({,,.({((((((((,,,(((.,,|}}...}}}}.}}}}}}.||,,,...,.}}}}}|||}}}}}}}},|,..|||,..,,}.)}}||||{||....,|,}}}}}}|||{,.{,,...,))}}}..,,,,,,{|||.,|}}}|,{|||{,|,}||,((((((((((,((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).))))))))...,,)}},.,)))))))....{((((....)))))...,,,..},,}||||.,,,,}}))))}|||||,.{(({,,{{.{{{{.,{{.((({{{,........||.(((((.,.((((({.....{((((((((((({,(({{((,,((((||((,...{{{|{{(..,,))|,)}}),,,}}}}}}}))|))),..{{({{.,{{{{,{{.,,,|}}}},.,))}}}},||}|}))).|{{{||||.}}})}},.)))}}}}..)))))}...})))).||))))))).}}.}})).}}}))),,|||}}..,||......}}.},,)))))|||,{{|...,{||,.((((((((.((.......}}.)))))))).{(((((({.....}))))))}..,,{.((,{(((({.,{{((({{{..|||||||||,.,},}})}.|},...}}))}}||,,{|||||||},|.....,}},}.}}}}))},,}}}||}|}}}..,|{(({{..(((,,..,,,...})))).,||||,,,,}))}}.,,...,||,.,,|((((((((({{{.|}||||}||,....,,},}}})})))))})))}})}}.,,,,{(((((({(((((.,(((..((({{{{{|...{{{((((((((((((......)))))))))).)).))).|}|{{{.,}|)))}||}.,...,,,{{,.......|}}{|...........}}........,,|||||{||,,,|,.((((.(((((((,,((((...(({({(,,,{||||,,..||.}}},,..(((((((.((((((.,.(((((((((((((((...,....(({.((((....{{|{....||,(((((....(((((((.((((.((((.....((((((..,.{(((((((({((,..((((.(((((((.........))))))))))).|||...{(((((.,,,...,|}}}},..}}).,{{{{({{{..,..,},|}||.,.||((..,||},(((((..(((((.(({...((.....)).))))))))..)))))..,.,}}}..},))).))))))))),)}))}}(((((((..((((,({.,{,.((((({....})))))))).(((((((((..((((((...((((((.........,............))))))......))))))...(((((((..,((((.....)))}((.((((((((..(..({(..((((........)))).)).)..)..))))..)))).)}..((((((({{(((.((((...)))),,....})}}..))}..((((....))))..,,............,)}}.....)))))...))))))).....(((((......))))))))))))))....,))))}}....}))))))(((((((.((...)).)))))))..,,,,...,,,...||||,,,,,...{{.((((.,,,,...}}},..,(((({.{,.|||||....,,,,.,,,|{||..}}}|,..,}},{(({...}})}........||....)),,.........(((((((((........)))...{(((((({,(((,.{({.........{|{{,..,,)))}),,,,,,.........}}}.}}},......,,,,............,............)))))).},...,||||,.,,}})}},,}}..(((((.(((((..,,......(((...}}}..,,,,,...,,,{...........,,||||...((((((((((((({((,,((,(((((..............|||,,.,},.}||}},(((({..,,.||||{,...)))}}).))}))),))},|{||||.|||,....,,...,....,,.||||.....,)))}}))}}.)})))))))))))..,||||,..(((((((.......))))))),},,..,)}).........)),.))))).))))).....)))).))))...)))))))....))))},||...})}}..)))).))).......)))))..,)))))))))).,.))))))...)))))))...,.,,))...)))))))))))).)))).||||||.|},,,.|))}||,,{{{......,|||,,..{((..(((((((({......|{|.,|,,..,.........,,.},,,,.,.||||(((.((((...)))).)))..(((((.....)))))|,((({(,,(((((({...................,({{.....,||.,((((((...})))}}.}}}}}}}}}}}}{(((((.(((........((((........))))...))).)))))}}))))))))..))).))))).))),},....}}}}))}))))})}}})).)}}}}..}||,|}}}}.}}))))),,,.....,,...((((((((......((.(((.....))).}).......))))))))..,}}}))))}.|}|||}..........{(({.((....)))))}....(((((.{,,,((......)).)).)))))(((((((((((((((((.,......,)))))))......))))))))))....,,,..,}},,,}}},|||,||||,,,,}|||{|||{({{...............{{{||{,.,,{||},..,})))))))))),,..{((||((((,{..(((((..........{{{{{.{|{.....}}}...}}))}.))))).},...)))))))}....}}}}},,,}},},,.,)))}})}))),,}))))))}}},,}}}}},..,}}}}}},,....((({{(((((({{{.(({((.{{{{||{|{{{|{{{.,{,|||||{,,,,........))})))})},)))))).||||{|||,(((({.{((.....))).})))}................,,}},}}...}))),,.)})).)..))))}.}}},..,))))))))))..
Back