Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400162.1
Sequence Length
4155 nt
GC Content
0.4563
GAAUGCUGGGAGAGUCCGACGAGCGCUGCACUAACGCAGGAUCCGGCUGCCGAAGGUCCUCGCCAGCAGGAUGAAGUUAAAGGAAGUAGAUCGUACAGCCAUGCAGGCAUGGAGCCCUGCCCAGAAUCACCCCAUUUACCUAGCAACAGGAACAUCUGCUCAGCAAUUGGAUGCAACAUUUAGUACGAAUGCUUCCCUUGAGAUAUUUGAAUUAGACCUCUCUGAUCCAUCCUUGGAUAUGAAAUCUUGUGCCACAUUCUCCUCUUCUCACAGGUACCACAAGUUGAUUUGGGGGCCUUAUAAAAUGGAUUCCAAAGGAGAUGUCUCUGGAGUUCUGAUUGCAGGUGGUGAAAAUGGAAAUAUUAUUCUCUAUGAUCCUUCUAAAAUUAUAGCUGGAGACAAGGAAGUUGUGAUUGCCCAGAAUGACAAGCAUACUGGCCCAGUGAGAGCCUUGGAUGUGAACAUUUUCCAGACUAAUCUGGUAGCUUCUGGUGCUAAUGAAUCUGAAAUCUACAUAUGGGAUCUAAAUAAUUUUGCAACCCCAAUGACACCAGGAGCCAAAACACAGCCGCCAGAAGAUAUCAGCUGCAUUGCAUGGAACAGACAAGUUCAGCAUAUUUUAGCAUCAGCCAGUCCCAGUGGCCGGGCCACUGUAUGGGAUCUUAGAAAAAAUGAGCCAAUCAUCAAAGUCAGUGACCAUAGUAACAGAAUGCAUUGUUCUGGGUUGGCAUGGCAUCCUGAUGUUGCUACUCAGAUGGUCCUUGCCUCCGAGGAUGACCGGUUACCAGUGAUCCAGAUGUGGGAUCUUCGAUUUGCUUCCUCUCCACUUCGUGUCCUGGAAAACCAUGCCAGGGGGAUUUUGGCAAUUGCUUGGAGCAUGGCAGAUCCUGAAUUGUUACUGAGCUGUGGAAAAGAUGCUAAGAUUCUCUGCUCCAAUCCAAACACAGGAGAGGUGUUAUAUGAACUUCCCACCAACACACAGUGGUGCUUCGAUAUUCAGUGGUGUCCCCGAAAUCCUGCUGUCUUAUCAGCUGCUUCGUUUGAUGGGCGUAUCAGUGUUUAUUCUAUCAUGGGAGGUAGCACAGAUGGUUUAAGACAGAAACAAGUUGACAAGCUUUCAUCAUCUUUUGGGAAUCUUGAUCCCUUUGGCACAGGACAGCCCCUUCCUCCGUUACAAAUUCCACAGCAGACUGCUCAGCAUAGUAUAGUGCUGCCUCUGAAGAAGCCGCCCAAGUGGAUUCGAAGGCCUGUUGGUGCUUCUUUUUCAUUUGGAGGCAAACUGGUUACGUUUGAGAAUGUCAGAAUGCCUUCUCAUCAGGGAGCUGAGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAUGUGUUCAUUAGUCAGGUUGUAACAGAAAAGGAGUUCCUCAGCCGAUCAGACCAACUUCAGCAGGCUGUGCAGUCACAAGGAUUUAUCAAUUAUUGCCAAAAAAAAAUUGAUGCUUCUCAGACUGAAUUUGAGAAAAAUGUGUGGUCCUUUUUGAAGGUAAACUUUGAGGAUGAUUCUCGUGGAAAAUACCUUGAACUUCUAGGAUACAGAAAAGAAGAUCUAGGAAAGAAGGCUCUUAAAGACUCUGACCAAGUAGCACAGAGUGAUGGGGAGGAGAGCCCUGCUGCUGAAGAGCAGCUCUUGGGAGAGCACAUUAAAGAGGAAAAAGAAGAAUCUGAAUUUCUACCCUCAUCUGGAGGAACAUUUAAUAUCUCUGUCAGUGGGGACAUUGAUGGUUUAAUUACUCAGGCUUUGCUGACGGGCAAUUUUGAGAGUGCUGUUGACCUUUGUUUACAUGAUAACCGCAUGGCCGAUGCCAUUAUAUUGGCCAUAGCAGGUGGACAAGAACUCUUGGCUCGAACCCAGAAAAAAUACUUCGCAAAAUCCCAAAGCAAAAUUACCAGGCUCAUCACUGCAGUGGUGAUGAAGAACUGGAAAGAGAUUGUUGAGUCUUGUGAUCUUAAAAAUUGGAGAGAGGCUUUAGCUGCAGUAUUGACUUAUGCAAAGCCGGAUGAAUUUUCAGCCCUUUGUGAUCUUUUGGGAACCAGGCUUGAAAAUGAAGGAGAUAGCCUCCUGCAGACUCAAGCAUGUCUCUGCUAUAUUUGUGCAGGGAAUGUAGAGAAAUUAGUUGCAUGUUGGACUAAAGCUCAAGAUGGAAGCCACCCUUUGUCACUUCAGGAUCUGAUUGAGAAAGUUGUCAUCCUGCGAAAAGCUGUGCAACUCACUCAAGCCAUGGACACUAGUACUGUAGGAGUUCUCUUGGCUGCGAAGAUGAGUCAGUAUGCCAAUUUGUUGGCAGCUCAGGGCAGUAUUGCUGCAGCCUUGGCUUUUCUUCCUGACAACACCAACCAGCCAAAUAUCAUGCAGCUUCGUGACAGACUUUGUAGAGCACAAGGAGAGCCUGUAGCAGGACAUGAAUCACCUAAAAUUCCGUACGAGAAACAGCAGCUCCCCAAGGGCAGGCCUGGACCAGUUGCUGGCCACCACCAGAUGCCAAGAGUUCAAACUCAACAAUAUUAUCCCCAUGUUAGAAUUGCCCCUACUGUCACUACCUGGAGUAACAAAACUCCUACUGCCCUUCCCAGCCAUCCACCUGCAGCCUCUCCCUCUGACACACAGGGAGAAAAUCCUCCACCUCCGGGUUUCAUAAUGCAUGGAAAUGUUAAUCCAAAUGCUGCUGGUCAGCUUCCCACAUCUCCAGGUCAUAUGCACACCCAGGUACCACCUUAUCCACAGCCACAGCCUUAUCAACCAGCCCAGCCGUAUCCCUUCGGAACAGGGGGGUCAGCAAUGUAUCGACCUCAGCAGCCUGUUGCUCCUCCUACUUCAAACGCUUACCCUAACACCCCUUACAUAUCUUCUGCUUCUUCCUAUACUGGGCAGUCUCAGCUGUACGCAGCACAGCACCAGGCCUCUUCACCUACCUCCAGCCCUGCUACUUCUUUCCCUCCUCCCCCUUCCUCUGGAGCAUCCUUCCAGCAUGGCGGACCAGGAGCUCCACCAUCAUCUUCAGCUUAUGCACUGCCUCCUGGAACAACAGGUCCUCAGAAUGGUUGGAAUGACCCUCCAGCUUUGAACAGAGUACCCAAAAAGAAGAAGAUGCCUGAAAACUUCAUGCCUCCUGUUCCCAUCACAUCACCAAUCAUGAACCCGUUGGGUGACCCCCAGUCACAAAUGCUGCAGCAACAGCCUUCAGCUCCAGUACCACUGUCAAGCCAGUCUUCAUUCCCACAGCCACAUCUUCCAGGUGGCCAGCCCUUCCAUGGCGUACAGCAACCUCUUGGUCAAACAGGCAUGCCACCAUCUUUUUCAAAGCCCAAUAUUGAAGGUGCCCCAGGGGCUCCUAUUGGAAAUACCUUCCAGCAUGUGCAGUCUUUGCCAACAAAAAAAAUUACCAAGAAACCUAUUCCAGAUGAGCACCUCAUUCUAAAGACCACAUUUGAGGAUCUUAUUCAGCGCUGCCUUUCUUCAGCAACAGACCCUCAAACCAAGAGGAAGCUAGAUGAUGCCAGCAAACGUUUGGAGUUUCUGUAUGAUAAACUUAGGGAACAGACACUUUCACCAACAAUCACCAGUGGUUUACACAACAUUGCAAGGAGCAUUGAAACUCGAAACUACUCAGAAGGAUUGACCAUGCAUACCCACAUAGUUAGCACCAGCAACUUCAGUGAGACCUCUGCUUUCAUGCCAGUUCUCAAAGUUGUUCUCACCCAGGCCAAUAAGCUGGGUGUCUAAAAGGACAGCUUCUCUUCCACUCAAUAUUGCCAUUUUUCCAAAGAAACAUGUUAAAAAAAAAAAUUAUAAGACAUGGACUAGUCCUCAUUAGCAUGUUUGCAUAGCAACCAGUCAAGAGCAUUUACACUAUUUCUGCUGAUAUACUCACCUUAGAACUGCUCAGAACCCUGGUGCUUUAUUUUUGUUUUAAUCUUUUGUUGCCAGUGAUGAUUUUCCUAUUCUGCAAAUAGUGUAUUUCCUGGAUUACACAUAGUAUGGUUUCCUGAAGUAUUCUGAUAAAUGUGUUUUUUAAAACCUCAAUAUACUUUUUAGAAAAGGAGCAUCUGGUUAUGCAUAAAGCAGAGCUAAAACUAAAUUUCUUUCAUGUCCUCCCUACUUCCUCAGUGUCAAUCAGAUUAAAGUGUGUAAUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1167.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1242.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 1340.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((....(((((((((..(((((.((((...(((((((...(((....)))..(((((((((((...(((((((((((((....(((.....))).(((.((...)))))......((((((((.....(((..((((.((((((...((((((.((((((....((((((.(((((((((.....))).)))))).))))))....((..(((((....)))))..)).....(((..(((((((.....(((((((((((.((.(((......))))).))))........((((((((...(((....)))))))))))........((.((.((..(((((..........)))))..)))).))..((((((((((...........))))))))))..((((.(((.....))).))))....)))))))....))))))).)))....(((((....)))))..((((((((((.....((........))..(((.((((...((((....))))....))))))).)))))))))).......((((((((((((.(...((.(((..((((((((.((.(((..(((((.....((((((.(((..(((....(((((((...)))))))..)))))).))))))....)))))...........))).))..)))).)))))))..))...).))))))..)))).))))))))....))))))...)))))).)))))))......((((.((.((...)).)).))))))))).))).....)))))))))))))....)))))..))))))........(((((((((((((((.(((...((((((((((...(((...)))...)))).))))))))).))).......((((((((((.((.((..(((.......)))..)).))....((((..((.(((((........)))))....))..))))((((((..............(((((((((((((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).)))))))).....))))..)))))))....(((((....))))).)))))).....))))))))))))))))))))))..)).)))))...)))).)))))...........)))).).))))(((((......)))))(((((((((((((..((((((..((.........))..)))).))..)))))))....))))))..((((((.(((...((......(((((........((((((((..((((((((((((((.((.((......((((((.((.(.(.((((((....((((((((......(((((.....((((((....((...(((((((.((((.((((...((((((((.((.......)).)))))))).((((((((.....))))))))...(.((((.((((..((.((((((..((.((((((...)))))).))....)))))).)).....)))))))).)............((((.(((((((.......((((((..(((.......((((.((.(((((((((.((((.((((((....))))))....(((((((((.......((((....(((((........)))))..))))....((((((.((..((((....(((((((((....)))))))))....))))..((((((..((((((((((.....(((((((.(((((.(((((((((.....)))))..((((((((((((......)))))))))).)))))).))).)).)))))))))))).................((((((..((....(((((..((.((((.(((((((((.....))))))).))..))))...))..)))))))...))))))..........((((((((((((...((((((((((((..(((((.(((.(((((.((((((((..((((.((((.((....((((.((((((((((...((.(((((.....))))).))..(((..((((.(((((((.........))))))))))).))).....((((((((..........((((......(((.(.((..((((.(((..((((...)))).))).)))).)).).))).......))))))))))))...))))))).))).........(((((((........((((((.(((..(((((.....((((((....)))))))))))((((((((..((((((...((((((......................))))))......))))))...(((((((...((((.....))))((.((((((((..(..(((..((((........)))).)).)..)..))))..)))).))..((((((((((((.((((...))))......))))..)))..((((....)))).........................)))))...))))))).....(((((......)))))))))))))))).))))))....)))))))....))))...)))))).)))).))))))..))....))))).))))))))..).((((........)))))))))))).))).)))))).....))))))((((((((((..((((((((...))))........((....))............(((..(((........)))....)))))))..)))...))).))))))))))))))).)).)))))).......................................))).))))))......)))).......((((....))))..((((...(((.................))).))))..........)))))))))..))))))(((((.(((((((.((...)))))..))))))))).............((....)).(((...((((......))))....)))...(((((((.......))))))))))..)))))).........(((.(.((.((.((((...)))).)).)).).)))...........(((((.........)))))(((((.....)))))....((((......)))).....(((.((((...))))...))).))))))).))))....(((((.........)))))....))))...)))))))))))...)).)))))).....))).))......))))))))......((((((((((((.((((...)))).)))..(((((.....)))))(((((..((((((((.............((((...((((((....((((((((.((.(((((................)))))...(((((.(((((((........)))).......((((.......))))..))).))))).....))...))))))))))))))...)))).......(((((........))).))..........((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))...))))))))..)))))..........((((.((....))))))....(((((.((..((......)).)).)))))(((((((((((((((((.........)))))))......)))))))))).........))))))))).(((.((((....)))).)))..................(((((((..(((((....)))))))))))).....)))))).).))))))))).....)).)).))))))......((......)).))))))))..))))))))......)))))......))...))).))))))...))))))))))....)))...............((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.((.((((((............)))))).)).))))))....(((.((((.((.......)).)))))))...........................))))...)))).)..))))).)))...)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.,{(((((((((({(,..,({(({((((..({,,{,{{{(,,{{((((,({,.{{,..}}},)}}},||{((((((...(((((((((((((....,{{..{{{|||..,,.||,,}))},|,.....(({((({{.....(((..{(({.((((((...((((((.((((((....{{({{{.{{{((({{{,....|||,||||||.||}}|}....((,,{((((....|}}}}.,||.,,,,({({.(((((((.....{(((((({(({.((.(((,....})))}).}}}}........((((((({.,{({{...,))})))))))),,.,,.,|||,{{,{{..{((((,..,,,,|,.,}})),,}},}})}..{{((({{(((,,.........)})))))}}}(,((((.(((.....))).)))),,,.)))))))....))))))).,,,....(((((....)))))..((((((((((.....{.........,,..{{{.((((...{(((....)))}....))))})).)))))))))).......,,{{{|{||{||,|,.,||.{{{,,,{{{||||,{|,||{..|||||}.,,,||||||,{{{.,(((,.{,(((((((...)))))))..|})}}},|,,||....,|||}}...}},,....})).)}..)))).}}},|||,,|}...}}))))))}})))).}}))))))....))))))...)))))).}))))))......((((.((.({...}).)).)))),}}}),)))...,.)))))))))))))....)))))}|,|{|{({.......,{|||||(((({,.(((((,{,({{((((((({{{{{({{{|||..,||||.,|||||{|{{{{,,,{{||||,,{,,,||||,||||..,,,.......)})|||(({,.....,.},,}}.|||{,,|,,,{{{|||||,,..{{{{,,||,{||}||,,,,|,,,.,}}}|||{{{||||,((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).))))))))...|||||...}}|}}}|....(((((....}})}},,.,{.,,|||||||..|||{||||}},}}|||,.{||{,,||,,,,|}}|,,||||,,.........||,|,{{|}}}(((((,.....|||||(((((((({(({(({{{((((||((,...,,{|{||..}}))}})}})}}}}))}},,))}))),.{(((({.{({,,.((,,,.,,|||{,.}},,,,.{{||||||.,((({{{{{||||||,,|}||}},..,|||||,..|,|}|.{|||||}}}.||.||||.}}}}}},,|||}},,,(({{...{{{{(.{{((|(((({{{(,.,{{{{|.((((((((.((.......}).)))))))).((((((((.....)))))))).....,{{,||(((|.,{.{{({,,..||,(((((({,{|,,}}|,||,...,,}}},{|.,{{{{,}},,.,,.,..,||}}.}}..((((((({(({,,......{(((({..,..,..|..}}}})}{.{(((((((((,(((.{(((((({...}|||||,..,((((,,((.{{.,,.,(((({{..((((({...,,...,}},..,{||,.,,((((({.,...{{{{....(((((((((,,..})))))}})....,,,,..{{{(({.{((({{,((({....,(((((({((((((,,(((.,(((,,,,,|,,,|{,((((((((((((......)))))))))).)),))),|||{{{.,||||}|{,,,,...,,,||........,||{{,.........,||,,..,,.{(((,(((((({{{...,,||}|||||||..||||...||,,||}}||}}}|}}||||,|,.....,,((((({((((((...((((((((((({.,({{{(.(((,((((({(,{{{(((,.{{{{.{(((,({...,((((,(,(((({(((,..{{.(((((,....|||||{{{{,(({..((((.(((((((.........))))))))))).|||...,{((((,{{{...,|}},,..,||}..{{{(({,{.,,..{{{{,|{,..{(((...)))},|||{,,||{||.|{|,,.{{.....)),))))))))..})))),}}.})),....,}}.|||||||}}.,,,,,|(((((,({,{,(({((.....((((({....}))))))))}|((((((((..((((((...((((((.........,............))))))......))))))...(((((((..,((((.....)))}((.((((((((..(..({(..((((........)))).)).)..)..))))..)))).)}..((((((({{(((.((((...)))),,....})}}..))}..((((....))))..,,............,)}}.....)))))...))))))).....(((((......))))))))))))))}}.}))))),,..}}))))),,{,||||,.,|}}})).)))),))}}}}.....,..}}})),)))}}}}}.,|.((((........)))},})))})).}}}.)))))}.....))))))|||}}|,,|,..,,,,{(({...})))........||.,,,))}}..,,,,...||||,{{{{...,{,,,})),..|}}||(({,{||..,{,...,,,,,}||||},,}},)),)}}}}}..........}},.,,,,................,}}}}}..}}}}}}.....,))}))..}}}}}))))}...)))),,}))}.{{|||}|||||.}}}}.,||.,{{..|}}}.}}}}}}}}}{((({.,.,,.....{{((({.....||||}},,.}),))}..|}}||,}}}},.}}}}}}}}},|,...})),},)}})|))))}......|||,,{(,{...(((((((.......)))))}),}},..,))}.,)),,,,,}}}.)),}}.||,||,....)))).)),),.})))}))),,..,,,.{{{{,..,,....,)))))(((((.....)))))..,,||||,|||...,))}),}}}),,,)))}}}}}))),.}}),,)))))}})),))))}))||(,{{|...}})))}|{{{,|......||||||.,(((..(((((((({,.....{({.,,............,,.,.},,.....|}}|(((.((((...)))).))).,(((((.....)))))|,((({(..(((((({...................,({{.....,}}.,((((((...))))}}.}})))))}}}}}{(((((.(((........((((........))))...))).)))))})))))))))..))).},}}),)))},,....}}}}))|||}|||||,}}.},,,,..}||,|))}}.,}))}))}..,,|||||...((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))....})))))}.})))))..........{(((.((....))))))...,|((((.||||((......)).)).))))}{((((((((((((((((.,......,)))))))......))))))))))....))),.,)),,,}})))},,,})))...,{{{(((((({{...............{{{,|{,...,|}},...))))))))))),,..{||||||{|.|..|||||,.....,,..|,|||}||,.....||,...,,)),})))))})..}})))))),,....}}}}}...,,.}},..})},))}})),..))))))))}),}}||||...,,}}}}......((((((((((((({.(((((.(((((((({{(((((.,{.{(((({............})}))),}},)))))).|{{({{{{,(((({.{((.....))).))))}................,,}},}},..}))),..)))).)..))))).}))}..}))))))))))..
Back