Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400168.1
Sequence Length
4119 nt
GC Content
0.4559
GAAUGCUGGGAGAGUCCGACGAGCGCUGCACUAACGCAGGAUCCGGCUGCCGAAGGUCCUCGCCAGGAUGAAGUUAAAGGAAGUAGAUCGUACAGCCAUGCAGGCAUGGAGCCCUGCCCAGAAUCACCCCAUUUACCUAGCAACAGGAACAUCUGCUCAGCAAUUGGAUGCAACAUUUAGUACGAAUGCUUCCCUUGAGAUAUUUGAAUUAGACCUCUCUGAUCCAUCCUUGGAUAUGAAAUCUUGUGCCACAUUCUCCUCUUCUCACAGGUACCACAAGUUGAUUUGGGGGCCUUAUAAAAUGGAUUCCAAAGGAGAUGUCUCUGGAGUUCUGAUUGCAGGUGGUGAAAAUGGAAAUAUUAUUCUCUAUGAUCCUUCUAAAAUUAUAGCUGGAGACAAGGAAGUUGUGAUUGCCCAGAAUGACAAGCAUACUGGCCCAGUGAGAGCCUUGGAUGUGAACAUUUUCCAGACUAAUCUGGUAGCUUCUGGUGCUAAUGAAUCUGAAAUCUACAUAUGGGAUCUAAAUAAUUUUGCAACCCCAAUGACACCAGGAGCCAAAACACAGCCGCCAGAAGAUAUCAGCUGCAUUGCAUGGAACAGACAAGUUCAGCAUAUUUUAGCAUCAGCCAGUCCCAGUGGCCGGGCCACUGUAUGGGAUCUUAGAAAAAAUGAGCCAAUCAUCAAAGUCAGUGACCAUAGUAACAGAAUGCAUUGUUCUGGGUUGGCAUGGCAUCCUGAUGUUGCUACUCAGAUGGUCCUUGCCUCCGAGGAUGACCGGUUACCAGUGAUCCAGAUGUGGGAUCUUCGAUUUGCUUCCUCUCCACUUCGUGUCCUGGAAAACCAUGCCAGGGGGAUUUUGGCAAUUGCUUGGAGCAUGGCAGAUCCUGAAUUGUUACUGAGCUGUGGAAAAGAUGCUAAGAUUCUCUGCUCCAAUCCAAACACAGGAGAGGUGUUAUAUGAACUUCCCACCAACACACAGUGGUGCUUCGAUAUUCAGUGGUGUCCCCGAAAUCCUGCUGUCUUAUCAGCUGCUUCGUUUGAUGGGCGUAUCAGUGUUUAUUCUAUCAUGGGAGGUAGCACAGAUGGUUUAAGACAGAAACAAGUUGACAAGCUUUCAUCAUCUUUUGGGAAUCUUGAUCCCUUUGGCACAGGACAGCCCCUUCCUCCGUUACAAAUUCCACAGCAGACUGCUCAGCAUAGUAUAGUGCUGCCUCUGAAGAAGCCGCCCAAGUGGAUUCGAAGGCCUGUUGGUGCUUCUUUUUCAUUUGGAGGCAAACUGGUUACGUUUGAGAAUGUCAGAAUGCCUUCUCAUCAGGGAGCUGAGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAUGUGUUCAUUAGUCAGGUUGUAACAGAAAAGGAGUUCCUCAGCCGAUCAGACCAACUUCAGCAGGCUGUGCAGUCACAAGGAUUUAUCAAUUAUUGCCAAAAAAAAAUUGAUGCUUCUCAGACUGAAUUUGAGAAAAAUGUGUGGUCCUUUUUGAAGGUAAACUUUGAGGAUGAUUCUCGUGGAAAAUACCUUGAACUUCUAGGAUACAGAAAAGAAGAUCUAGGAAAGAAGCACAUUAAAGAGGAAAAAGAAGAAUCUGAAUUUCUACCCUCAUCUGGAGGAACAUUUAAUAUCUCUGUCAGUGGGGACAUUGAUGGUUUAAUUACUCAGGCUUUGCUGACGGGCAAUUUUGAGAGUGCUGUUGACCUUUGUUUACAUGAUAACCGCAUGGCCGAUGCCAUUAUAUUGGCCAUAGCAGGUGGACAAGAACUCUUGGCUCGAACCCAGAAAAAAUACUUCGCAAAAUCCCAAAGCAAAAUUACCAGGCUCAUCACUGCAGUGGUGAUGAAGAACUGGAAAGAGAUUGUUGAGUCUUGUGAUCUUAAAAAUUGGAGAGAGGCUUUAGCUGCAGUAUUGACUUAUGCAAAGCCGGAUGAAUUUUCAGCCCUUUGUGAUCUUUUGGGAACCAGGCUUGAAAAUGAAGGAGAUAGCCUCCUGCAGACUCAAGCAUGUCUCUGCUAUAUUUGUGCAGGGAAUGUAGAGAAAUUAGUUGCAUGUUGGACUAAAGCUCAAGAUGGAAGCCACCCUUUGUCACUUCAGGAUCUGAUUGAGAAAGUUGUCAUCCUGCGAAAAGCUGUGCAACUCACUCAAGCCAUGGACACUAGUACUGUAGGAGUUCUCUUGGCUGCGAAGAUGAGUCAGUAUGCCAAUUUGUUGGCAGCUCAGGGCAGUAUUGCUGCAGCCUUGGCUUUUCUUCCUGACAACACCAACCAGCCAAAUAUCAUGCAGCUUCGUGACAGACUUUGUAGAGCACAAGGAGAGCCUGUAGCAGGACAUGAAUCACCUAAAAUUCCGUACGAGAAACAGCAGCUCCCCAAGGGCAGGCCUGGACCAGUUGCUGGCCACCACCAGAUGCCAAGAGUUCAAACUCAACAAUAUUAUCCCCAUGUUAGAAUUGCCCCUACUGUCACUACCUGGAGUAACAAAACUCCUACUGCCCUUCCCAGCCAUCCACCUGCAGCCUCUCCCUCUGACACACAGGGAGAAAAUCCUCCACCUCCGGGUUUCAUAAUGCAUGGAAAUGUUAAUCCAAAUGCUGCUGGUCAGCUUCCCACAUCUCCAGGUCAUAUGCACACCCAGGUACCACCUUAUCCACAGCCACAGCCUUAUCAACCAGCCCAGCCGUAUCCCUUCGGAACAGGGGGGUCAGCAAUGUAUCGACCUCAGCAGCCUGUUGCUCCUCCUACUUCAAACGCUUACCCUAACACCCCUUACAUAUCUUCUGCUUCUUCCUAUACUGGGCAGUCUCAGCUGUACGCAGCACAGCACCAGGCCUCUUCACCUACCUCCAGCCCUGCUACUUCUUUCCCUCCUCCCCCUUCCUCUGGAGCAUCCUUCCAGCAUGGCGGACCAGGAGCUCCACCAUCAUCUUCAGCUUAUGCACUGCCUCCUGGAACAACAGGUACACUGCCUGCUGCCAGUGAGCUGCCUGCGUCCCAAAGAACAGGUCCUCAGAAUGGUUGGAAUGACCCUCCAGCUUUGAACAGAGUACCCAAAAAGAAGAAGAUGCCUGAAAACUUCAUGCCUCCUGUUCCCAUCACAUCACCAAUCAUGAACCCGUUGGGUGACCCCCAGUCACAAAUGCUGCAGCAACAGCCUUCAGCUCCAGUACCACUGUCAAGCCAGUCUUCAUUCCCACAGCCACAUCUUCCAGGUGGCCAGCCCUUCCAUGGCGUACAGCAACCUCUUGGUCAAACAGGCAUGCCACCAUCUUUUUCAAAGCCCAAUAUUGAAGGUGCCCCAGGGGCUCCUAUUGGAAAUACCUUCCAGCAUGUGCAGUCUUUGCCAACAAAAAAAAUUACCAAGAAACCUAUUCCAGAUGAGCACCUCAUUCUAAAGACCACAUUUGAGGAUCUUAUUCAGCGCUGCCUUUCUUCAGCAACAGACCCUCAAACCAAGAGGAAGCUAGAUGAUGCCAGCAAACGUUUGGAGUUUCUGUAUGAUAAACUUAGGGAACAGACACUUUCACCAACAAUCACCAGUGGUUUACACAACAUUGCAAGGAGCAUUGAAACUCGAAACUACUCAGAAGGAUUGACCAUGCAUACCCACAUAGUUAGCACCAGCAACUUCAGUGAGACCUCUGCUUUCAUGCCAGUUCUCAAAGUUGUUCUCACCCAGGCCAAUAAGCUGGGUGUCUAAAAGGACAGCUUCUCUUCCACUCAAUAUUGCCAUUUUUCCAAAGAAACAUGUUAAAAAAAAAAAUUAUAAGACAUGGACUAGUCCUCAUUAGCAUGUUUGCAUAGCAACCAGUCAAGAGCAUUUACACUAUUUCUGCUGAUAUACUCACCUUAGAACUGCUCAGAACCCUGGUGCUUUAUUUUUGUUUUAAUCUUUUGUUGCCAGUGAUGAUUUUCCUAUUCUGCAAAUAGUGUAUUUCCUGGAUUACACAUAGUAUGGUUUCCUGAAGUAUUCUGAUAAAUGUGUUUUUUAAAACCUCAAUAUACUUUUUAGAAAAGGAGCAUCUGGUUAUGCAUAAAGCAGAGCUAAAACUAAAUUUCUUUCAUGUCCUCCCUACUUCCUCAGUGUCAAUCAGAUUAAAGUGUGUAAUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1156.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1228.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 987.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((....(((((((((..(((((.((((...(((((((...(((.....((((((((((((...(((((((((((((....(((.....))).(((.((...)))))......((((((((.....(((..((((.((((((...((((((.((((((....((((((.(((((((((.....))).)))))).))))))....((..(((((....)))))..)).....(((..(((((((.....(((((((((((.((.(((......))))).))))........((((((((...(((....)))))))))))........((.((.((..(((((..........)))))..)))).))..((((((((((...........))))))))))..((((.(((.....))).))))....)))))))....))))))).)))....(((((....)))))..((((((((((.....((........))..(((.((((...((((....))))....))))))).)))))))))).......((((((((((((.(...((.(((..((((((((.((.(((..(((((.....((((((.(((..(((....(((((((...)))))))..)))))).))))))....)))))...........))).))..)))).)))))))..))...).))))))..)))).))))))))....))))))...)))))).)))))))......((((.((.((...)).)).))))))))).))).....)))))))))))))....)))))..)))))))...))).(((((((((((((((.(((...((((((((((...(((...)))...)))).))))))))).))).......((((((((((.((.((..(((.......)))..)).))....((((..((.(((((........)))))....))..))))((((((..............(((((((((((((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).)))))))).....))))..)))))))....(((((....))))).)))))).....))))))))))))))))))))))..)).)))))...)))).)))))...........)))).).))))(((((......)))))(((((((((((((..((((((..((.........))..)))).))..)))))))....))))))..((((((.(((...((......(((((........((((((((..((((((((((((((.((.((......((((((.((.(.(.((((((....((((((((......(((((.....((((((....((...(((((((.((((.((((...((((((((.((.......)).)))))))).((((((((.....)))))))).(((((((..((((.....((((((..((.((((((...)))))).))....))))))((.(((((............))))).)).)))).....)))))))....(((((..(((....)))...)))))....((((((((((((.....((((....(((((((((....)))))))))....))))....(((((((((...(((..(((((((((((.(((((.(((((((((.....)))))..((((((((((((......)))))))))).)))))).))).)).)))))(((.......)))(((.......))).)))))))))..)))))......(((........)))..((((.((((((((.((((...((.(.(((((((((....)).)))))..(((((((.((((((...(((((((((((((((........(((.((((....((((.......(((((....(((((((.((((.((((.....((((((....((((((((((((...((((.(((((((.........))))))))))).(((...((((((........))))))..)))......((((..((.....))..))))((..(((..(((((..(((((.(((...((.....)).))))))))..))))).....)))..))))).))))))))).))))))(((((((..((((.((.(((.((((((....))))))))).(((((((((..((((((...((((((......................))))))......))))))...(((((((...((((.....))))((.((((((((..(..(((..((((........)))).)).)..)..))))..)))).))..((((((((((((.((((...))))......))))..)))..((((....)))).........................)))))...))))))).....(((((......)))))))))))))).....))))))....)))))))(((((((.((...)).)))))))((((((.........)))))).........((((........))))..((((((.(..(((((............((((.....((......((((...))))........))....)))).........(((((((((........)))...(((((((.(((((.(((..........)))...))))).))))))).........((............................))...........))))))......)))))..)))))))......(((((.(((((..((.......(((.((((..........((((.............)))).........)))).)))(((((((((((((.((.........((((....(((.((...((((......))))..)).)))..))))...))))))).)))).)))).........(((.(((.....(((((((.......))))))).......))).))).....))..))))).))))).....)))).))))...)))))))....)))))......))))..)))).))).......)))))...))))))))))...))))))...)))))))..)).).))...)))))))))))).))))))))...)))))))))))).....))))...)))))))))))...)).)))))).....))).))......))))))))......((((((((((((.((((...)))).)))..(((((.....)))))(((((..((((((((.............((((...((((((....((((((((.((.(((((................)))))...(((((.(((((((........)))).......((((.......))))..))).))))).....))...))))))))))))))...)))).......(((((........))).))..........((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))...))))))))..)))))..........((((.((....))))))....(((((.((..((......)).)).)))))(((((((((((((((((.........)))))))......)))))))))).........))))))))).(((.((((....)))).)))..................(((((((..(((((....)))))))))))).....)))))).).))))))))).....)).)).))))))......((......)).))))))))..))))))))......)))))......))...))).))))))...))))))))))....)))...............((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.((.((((((............)))))).)).))))))....(((.((((.((.......)).)))))))...........................))))...)))).)..))))).)))...)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,{{{((((((((((....(((((((((..(((((.((((...(((((((...(((.....((((((((((((...(((((((((((((....,{{..{{{|||..,,.||,,}))},,,.....(({((({{.....(((..((((.((((((...((((((.((((((....{(({{{.{((((({({,....|||,|||}|}.}}}}|}....((,,{((((....||}}}.,||.,,,,({({.(((((((.....{(((((({(({.((.(((,....})))}).}))}........((((((({..{({{...,))})))))))),,.,,.,|||,{{.{{..{((((,..,,,,|,.,}})),,}},}})}..{(((((((((...........)))))))))}(,((((.(((.....))).)))),,,.)))))))....))))))).,,,....(((((....)))))..((((((((((.....{.........,,..{{{.((((...{(((....)))}....))))})).)))))))))).......,,{{{|{||{||,|,.,||.{{{,,,{|{||||,{|,||{..|||||}.,,,||||||,{{{.,((({.{{(((((((...)))))))..|})}}},|,,||....,|||}}...}},,....})).)}..)))).}}},|||,,|}...}}))))))}})))).}}))))))....))))))...)))))).}))))))......((((.((.({...}).)).)))),)))).))).....)))))))))))))....))))),.}))))))...))).(((((((((((((,,{((,...||((((((((.,,(({...|}}...}}}}.}}}})),}},}}.....,}}}|{{,,||||}}}}}},.|||.......|||{{(((.........}}}}}.{((({,{.....,)))))....{{{{{|},..})))}}{{{{{{,...,,(((((((((({((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).))))))))...,,))}..,)))))))....{((((....)))))........,}})))),,,},.)))))))))))))..)).)))))...)))).)))))...........)))).,,)))){((((......))))|(((((((((((((,.((((((..((.......,,))..)))).)),,))))))),...))))))..((((((.(((...((,,....(((((........((((((((..((((((((((((((.{{.{{......((((((.{{.(.(.((((((........(((....}}}(((((.....({......,,.,..))))),,(((((....(((..((((((((.((.......}).)))))))).,}||,.}})}}..||||,||{{((((,((,(((((,.{{,((({{{..||,||||||...}}}}}|,||,...}}|||}{|.{((((.,..........}}}}}.)).}|}|,{{{{{|,,......{((({,..(((,...}}}...}))))..{{((....,|||}.......,,....,((((((((({{{.|,|||||||,...,,,},}}}||}}}||||}}}|||......(((((((((((((..(((..(((((((({...{((((((((((((((......)))))))))).)).))).|,(({(.,,,}}}|{,,.....,|{{{,.......|||{{..........,}}..........((((((((...|,.((((.(((((((,,((((...(({({(,,,{||||,,..||.}}},...(((((((.((((((.,.((((((((((({(((...,,,,,(({,((((....{(((.,,.|||({(((.,..(((((((.((((.((((..,,.((((({..,.|(((((((({((,..((((.(((((((.........))))))))))).{|{...,{((((.{,.,,,,|}}}},..}}}.,{{{{({{{,.,..,|,|}||...{|((..,||},{((((..(((((.(({...((.....)).))))))))..)))))..,.,}}}..},})}.))))))))),}}}}}|((((({(..({((,((.,,,.((((({....})))))))),{((((((((..((((((...((((((.........,............))))))......))))))...(((((((..,((((.....)))}((.((((((((..(..({(..((((........)))).)).)..)..))))..)))).)}..((((((({{(((.((((...)))),,....})}}..))}..((((....))))..,,............,)}}.....)))))...))))))).....(((((......))))))))))))))...,,))))}}..,,)))))}}(((((((.((...)).)))))))..,,,,...,,,...||||,,,,,...{{.((((.,,,,...}}},..,({(({.|,,|||||....,}},.},,|{|{,,}}||,..}}}}{(({...}})}........||....)),,.........(((((((((........)))...{(((((({,(((,.{{{...,.....{|{{,..,,}))}).,,,,,.........}}}.,,,,......,,,,............,............)))))).},...,||||,.,,}})}},})}..(((((.(((((..,,.......(((.((((..........((((.............)))).........)))).)))(((((((((((({,{,.........{{((....||{.{{...((((,.....||||,.,,.))),,)})),,,)}))))).)))).)))).........(((.(((.,...(((((((.......))))))).,.....))).))).....,}..))))).))))).....)))).))))...)))))))....)))}|,||...}}}}..}))),)||,,,....})))),.,)))))))))).,.))))))...)))))))...,.,,))...)))))))))))).)))).||{{(.,|,...,})))||,,{,{......}))),,..(((..(((((((({,.....{({.|,............,,...},,.....|}}|(((.((((...)))).))).,(((((.....)))))|,((({(..(((((({...................,({{.....,}}.,((((((...))))}}.}})))))}}}}}{(((((.(((........((((........))))...))).)))))})))))))))..))).))))).))).|,....}))})))))))})))))).)))))..))).})))).)))))))}....,,,{{...((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))..,,.|)}))),,,||||.......,..,|||,||...,||||||{...(((((.{,,,((......)).)).)))))||||||||{{{((((((.,......,))))))|,,,...,))))}))))}}.}})},,......,}),}}))))}}}}},,{((((((((({...............{{{,,{,....|}),...))))))))))).,...)))))).).)}})))))).....}}.,,.))))))......{{......}}.))))))))..))))))))......)))))......)),,.))).))))))...)))))))))).,,.|||.....,}},......((((((((((((((.(((((.((((((((({(((((.{{.{(((({............}}}))).}}.)))))).,(((({,{.(((({.(((.....))).))))}................,,}},}},,.))))...}))).)..))))).})),..}))))))))))..
Back