Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400183.1
Sequence Length
3979 nt
GC Content
0.4413
AGUCGCCUAGAUUGGCUACAACUAAGUGGUUGGGAGCGGGGAGGUCGCGGCGGCUGCGUGGGGUUCGCCCGUGACACAAUUACAACUUUGUGCUGGUGCUGGCAAAGUUUGUGAUUUUAAGAAAUUCUGCUGUGCUCUCCAGCACUGCGAGCUUCUGCCUUCCCUGUAGUUUCCCAGAUGUGAUCCAGGUAGCCGAGUUCCGCUGCCCGUGCUUCGGUAGCUUAAGUCUUUGCCUCAGCUUUUUUCCUUGCAGCCGCUGAGGAGGCGAUAAAAUUGGCGUCACAGUCUCAAGCAGCGAUUGAAGGCGUCUUUUCAACUACUCGAUUAAGGUUGGGUAUCGUCGUGGGACUUGGAAAUUUGUUGUUUCCAUGAAAUCCUGCGCAGUGUCGCUCACUACCGCCGCUGUUGCCUUCGGUGAUGAGGCAAAGAAAAUGGCGGAAGGAAAAGCGAGCCGCGAGAGUGAAGAGGAGUCUGUUAGCCUGACAGUCGAGGAAAGGGAGGCGCUUGGUGGCAUGGACAGCCGUCUCUUCGGGUUCGUGAGGCUUCAUGAAGAUGGCGCCAGAACGAAGACCCUACUAGGCAAGGCUGUUCGCUGCUACGAAUCUUUAAUCUUAAAAGCUGAAGGAAAAGUGGAGUCUGACUUCUUUUGCCAAUUAGGUCACUUCAACCUCUUGUUGGAAGAUUAUUCAAAAGCAUUAUCUGCAUAUCAGAGAUAUUACAGUUUACAGGCUGACUACUGGAAGAAUGCUGCGUUUUUAUAUGGCCUUGGUUUGGUCUACUUCUACUACAAUGCAUUUCAUUGGGCAAUUAAAGCAUUUCAAGAUGUCCUUUAUGUUGACCCCAGCUUUUGUCGAGCCAAGGAAAUUCAUUUACGACUUGGGCUCAUGUUCAAAGUGAACACAGACUACAAGUCUAGUUUAAAGCAUUUUCAGUUAGCCUUGAUUGACUGUAAUCCAUGUACUUUGUCCAAUGCUGAAAUUCAAUUUCAUAUUGCCCAUUUGUAUGAAACCCAGAGGAAGUAUCAUUCUGCAAAGGAGGCAUAUGAACAACUUUUGCAGACAGAAAACCUUCCUGCACAAGUAAAAGCAACUGUAUUGCAACAGUUAGGUUGGAUGCAUCAUAAUAUGGAUCUAGUAGGAGACAAAGCCACAAAGGAAAGCUAUGCUAUUCAGUAUCUCCAAAAGUCUUUGGAGGCAGAUCCUAAUUCUGGCCAAUCGUGGUAUUUUCUUGGAAGGUGUUAUUCAAGUAUUGGGAAAGUUCAGGAUGCCUUUAUAUCUUACAGGCAAUCUAUUGAUAAAUCAGAAGCAAGUGCAGAUACAUGGUGUUCAAUAGGUGUGUUGUAUCAGCAGCAAAAUCAGCCUAUGGAUGCUUUACAGGCAUAUAUUUGUGCUGUACAAUUGGACCAUGGGCAUGCCGCAGCCUGGAUGGACCUAGGUACUCUCUAUGAAUCCUGCAAUCAACCUCAAGAUGCCAUUAAAUGCUACCUAAAUGCAGCUAGAAGCAAACGUUGUAGUAAUACCUCUACGCUUGCUGCAAGAAUUAAAUUUCUACAGGCUCAGUUGUGUAACCUUCCACAAAGUAGUCUACAGAAUAAAACUAAAUUACUUCCUAGUAUUGAGGAGGCAUGGAGCCUACCAAUCCCCGCAGAGCUUACCUCCAGGCAGGGUGCCAUGAACACAGCACAGCAGGCUUAUAGAGCUCAUGAUCCAAAUACUGAACAUGUAUUAAACCACAGUCAAACACCAAUUUUACAGCAAUCCUUGUCACUACACAUGAUUACUUCUAGCCAAGUAGAAGGCCUGUCCAGUCCUGCCAAGAAGAAAAGAACAUCUAGUCCAACAAAGAAUGGUUCUGAUAACUGGAAUGGUGGCCAGAGUCUUUCACAUCAUCCAGUACAGCAAGUUUAUUCGUUGUGUUUGACACCACAGAAAUUACAGCACUUGGAACAACUGCGAGCAAAUAGAGAUAAUUUAAAUCCAGCACAGAAGCAUCAGCUGGAACAGUUAGAAAGUCAGUUUGUCUUAAUGCAGCAAAUGAGACACAAAGAAGUUGCUCAGGUACGAACUACUGGAAUUCAUAACGGGGCCAUAACUGAUUCAUCACUGCCUACAAACUCUGUCUCUAAUCGACAACCACAUGGUGCUCUGACCAGAGUAUCUAGCGUCUCUCAGCCUGGAGUUCGCCCUGCUUGUGUUGAAAAACUUUUGUCCAGUGGAGCUUUUUCUGCAGGCUGUAUUCCUUGUGGCACAUCAAAAAUUCUAGGAAGUACAGACACUAUCUUGCUAGGCAGUAAUUGUAUAGCAGGAAGUGAAAGUAAUGGAAAUGUGCCUUACCUGCAGCAAAAUACACACACUCUACCUCAUAAUCAUACAGACCUGAACAGCAGCACAGAAGAGCCAUGGAGAAAACAGCUAUCUAACUCCGCUCAGGGGCUUCAUAAAAGUCAGAGUUCAUGUUUGUCAGGACCUAAUGAAGAACAACCUCUGUUUUCCACUGGGUCAGCCCAGUAUCACCAGGCAACUAGCACUGGUAUUAAGAAGGCGAAUGAACAUCUCACUCUGCCUAGUAAUUCAGUACCACAGGGGGAUGCUGACAGUCACCUCUCCUGUCAUACUGCUACCUCAGGUGGACAACAAGGCAUUAUGUUUACCAAAGAGAGCAAGCCUUCAAAAAAUAGAUCCUUGGUGCCUGAAACAAGCAGGCAUACUGGAGACACAUCUAAUGGCUGUGCUGAUGUCAAGGGACUUUCUAAUCAUGUUCAUCAGUUGAUAGCAGAUGCUGUUUCCAGUCCUAACCAUGGAGAUUCACCAAAUUUAUUAAUUGCAGACAAUCCUCAGCUCUCUGCUUUGUUGAUUGGAAAAGCCAAUGGCAAUGUGGGUACUGGAACCUGUGACAAAGUGAAUAAUAUUCACCCAGCUGUUCAUACAAAGACUGAUCAUUCUGUUGCCUCUUCACCCUCUUCAGCCAUUUCCACAGCAACACCUUCUCCUAAAUCCACUGAGCAGAGAAGCAUAAACAGUGUUACCAGCCUUAACAGUCCUCACAGUGGAUUACACACAGUCAAUGGAGAGGGGCUGGGGAAGUCACAGAGCUCUACAAAAGUAGACCUGCCUUUAGCUAGCCACAGAUCUACUUCUCAGAUCUUACCAUCAAUGUCAGUGUCUAUAUGCCCCAGUUCAACAGAAGUUCUGAAAGCAUGCAGGAAUCCAGGUAAAAAUGGCUUGUCUAAUAGCUGCAUUUUGUUAGAUAAAUGUCCACCUCCAAGACCACCAACUUCACCAUACCCACCCUUGCCAAAGGACAAGUUGAAUCCACCCACACCUAGUAUUUACUUGGAAAAUAAACGUGAUGCUUUCUUUCCUCCAUUACAUCAAUUUUGUACAAAUCCAAAAAACCCUGUUACAGUAAUACGUGGCCUUGCUGGAGCUCUUAAAUUAGAUCUUGGACUUUUCUCUACCAAAACUUUGGUAGAAGCUAACAAUGAACAUAUGGUAGAAGUGAGGACACAGUUGCUGCAACCAGCAGAUGAAAACUGGGAUCCCACUGGAACAAAGAAAAUCUGGCGUUGUGAAAGCAAUAGAUCUCAUACUACAAUUGCCAAAUACGCACAAUACCAGGCUUCCUCCUUCCAGGAAUCAUUGAGAGCUGGAAUGCAAUGGUGUGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCCACCUCAGCCUCCCGAAUAGCUGGAAUUACAGGCACCUGCCAUCAUGCCCAACUAAUUUUUGUAUUUUUGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUUGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGGUCUGCUUGCCUCAGCAUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCAUGCCCGGUAAACUUUUAAAAAUGUAAGCAAAAUUACAGUAUGUAAAACACACAUUGCUAAUGGAGAAAUAAAGUUCCUACUUUACAUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1141.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1216.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 1051.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((......))).))......((((((((..(.(((.((((((((((.(((((((((((((..((((((((..((((((((((((((((....))..)))))).))))))))...((((.(((.((.(((((....))))).))))).))))((((((..(((.((((...(((((((((((((...(((((.((..((((((........))))))..)).))....(((((((................))))))).))).......)))).)))))).))).)))).)))...))))))...........((((((((....))))))))..))))))))...(((((((.....)))))))...))))))))))))).(((((..((.((((((...((((((.((....))))))))......)))))).))....))))))))))(((.(((((((((.(.((((((...)))))).).((((..(((((((..((.(((((((((((((((((((....((((((((..(((.((((....)))).)))...))))..))))....))))..))))))))).)))))).))...............((((...((((..(((.((.(((((.(((((((((((.((((.......))))...))))).........))))))...((((((((((((((((((..(((((((...(((((((((....(((((.((((.(((......((..((((((((((((........))).(((((.....)))))(((((...((((...((((.(((.....))).)))).....))))))))))))))))))..))......)))..((((((....))))))..(((((..(((((...))))).))))).)))))))))))))))))).....)))))))((((.((.(((((.((((((((((((...((.((((((((.........)))))))).(((.((((((((((((((((((((((..(........)..)))))))))).........(((((((............((((((......))))))....(((((.(((......))).)))))))))))).....((((.((((((..((.(((((....)))))(((((((....)))))))))...))))..)).)))).....)))))))))))))))....))...))).)))))))))))))).))))))((((.((.....)).)))).)))).))))).............)))))))))(((((.((((.((((((.((((((....((.(((......((((((((.(.(..(((((.((((....))))))))).....).))))))))).))).)).(((((((.((.....((((..(((((((..(((((((.((........))))).....(((((((......((((((...((((.......((((........))))))))))))))((((......))))..(((((...(((((........)))))...)))))........................))))))).))))..)))))))..)))).......((...))...)))))))))...(((.......)))...)))))).)))))).))))))))).....(((((.......))))).......))))).)).))).)))).))))((((..(((......))).)))).((((((......)))))))))).)))..))))........((..(((...)))..))(((((..((((((((.......((((........))))(((((((((((...((((((((.....((((((((((((((((((......))))...)))))).((((.(.....).))))....((((((((...........(((..((.(.(((((.(((..(.((((((((((.((((((((((...(((((.................)))))..))).))))))))))....))).)))).)..)))...))))).).))..)))..........))))))))...(((((..((((((.((((((((.....(((..(((.(((...(((..((((((.(....(((.(((((....))).(((.((((.(((..(((((.((((..((((((........(((((((......(((((.....(((...((((.((((((((.(((.....))).))))))))))))...))).)))))))))))).....)))))).........................(((........)))...))))...)))))..))))))).))))))))...).))))))))).))).)))..)))...)))))))))))))))))))..((((((.((.((((((.....)))))).)).)))))).(((...((..(((((((.....)).)))))..))....)))))))))))...((((..((((........(((((..((((((((.((((...)).)).).)))))))..)))))(((((...))))).((((((((((..............((((((....((.(((..(((((((..((((((((((.......)))))...((((((((((((((....((((((((((((.((.((..........)).))..)))))))..)))))))))).)))))))))(((.......))).....))))))))))))..))).))..........))))))))))))))))(((((.....)))))))))..))))))))))))...)))))....((((((...)))))).....(((....))))))))))))))))))))))))))))))).)))...((((((((((.((((....((((((((..(((((((((.((......))......(.(((((.......))))).).....))))))))).............)))))))))))).))))))....).))).(((....)))))))).))).)..))))))))((((((.......))))))..((((((((((..((((.(((((((...(((((((((((...)))).......((..(((((((((.......((((((((((((((.......))))))))))..(((((.....((((........................)))).....))))).................((.(((....))).)).........((((((............)))))).....(((((........)))))......(((.(((((((..(((.(((((((...(((......(((....((((.((....((((((((....))))))))))))))...)))......)))...))))))).))).))))))).)))..((((.(((...((((((((.((((..............((((.((((((...(((((((........)))...))))........)))))).))))((((((..(((.(((......))).)))..)))).))...)))).)))))))).))))))))))).......)))))))))..))............(((((..........)))))....((((((.(..((((.((((...((((....(((.(((....))).)))...))))....)))).))))..))))))).)))))))...((((......))))(((((((((((((((......)))))))).((((.((((((......))))))..))))............)))))))........)))))))..))))))))))...))))(((..((((((....))))))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((.(((......))).}}......{,(((((((,(,{((((((({((((,((((((((((((({{.{{{{{{,,..((((((((((((((((....))..))))))}}})))))}...,,,,.,(({((,((({{...,|||||,||,,|{||||((((((..((({(((({{.((((,((((,,,({,,({|({,{{,,((|(({,{.{.,.{||||||.....{({{{{((((({{..........{{{{{.||,|||}.|||{{{,....,||{{||.|{{||,{..,,.),)}}}),,)))}}}..,.....((((((((....))))))))..|,|{{{(({,.(((((((.....))))))).}...)))))))),})}|||||..||.|{||,|}}}|,{{{..,,....))))))))))}.,{|||,||{||{{,,||||,||,||((((((...(((({((((((,..{{{,,,,,.|,|||,..{(((((({,((.(((((((((((((((((((....((((((((..(((.((((....)))).)))...))))..))))....))))..))))))))).)))))).},.,,,,..........{((({{,,{..,{((((((.,((.(((.(({{((.((((((((.{,..{((({((((((((({((,..,||.....{{,((((((((((((({((((.{(((((((..{(((((((({..,,(({(((((((.{((......{{..(((((((((({.............{((((.....}}}}|(((((,,((((({{,,,,,,|||..,,})),,))),,},..}},,}}))))))))))))..}}......}}|{(((({({{..{|||||...}||||}.{|{||.,,))))}.},,,..)))))))))))))))))).}...)))))))|{((.((.(((((.((((((((((((...,..{(((((((.........)))))))},((,{{(((((((((({((((((((((..(........)..))))))))))........,{((((((..........,|((((((......)))))).,.}(((((.(((......))).)))))))))))|.....((({...,(({..{{.,{|||....}}}}}(((((((....)))))))||{{{,,,,...)}))}).....)))))))))))))))..,,},...))),}))))))))))))).))))}|((((.((.....)).))))})))).})))),............})))))))).,||((((((.{((((({((((((....))))))....,,|)))))|||||||..((((((.......,,|((((({.{{((((,.(((((((,,{(({{.(((((((.((.....((((..(((((((..(((((({{((........)))))......,{|{........((((((...{(((.......((((........)))))))))))))){{,,......||||..(((((...(((((........)))))...)))))..}}}}...........{{{{...,)))),}.))))..)))))))..)))).......{{...}}...}}))))))).,,||||,.||....,.}}}}.)).||},,...,,))))})).}},.{{{{{.,....,)}}}}.......,}}...,,.)))))).))))))|{{{..(((......}}}.))),.((((((......))))))))))))..,}},||....,,.......}}}.}))}..))))))}}})}..)))},{|...(((((,,(((((...,,.........))))))))))).|,|,,.{{{,.{{{(({(((({{,......},}},..}))))),|{{|,|..,,,)})}}}....((((((((...........(((..((.(.(((((.(((..(.((((((((((.((((((((({...(((((...,.............)))))..})).))))))))))....))).)))).)..)))...))))).).))..)))..........))))))))...(((((..((((((.((((((((.....(((..(((.{(({{.(((..((((((.{....(({,({(((....}}}.(((.((({,(((..(((((.(((({((((((({...,,{.(((((((......(((({.....{{{...((((.((((((((.(((,...,))).))))))))))))...}}}.}))))))))))).....}}}}},.........................,,|,,,}}.,})},...))))...)))))..))))))).))))})))...,.))))))))).)))})))..}}}...))))))))})))))))))),})))))))){,{(((({.....)))))),}((((((....))))))...(((((((.....)).)))))........)))))},))}..}},,)}))}))},..,..,,||||{..((((((((.,({(,..|},}}.}})})))))..}}}||{{,,({,.((((((((..,,,,,....}}}}}}}}..|}||}}|,.}}}}}}....,,,,{{{,||{{(((((((.......))))),,{((((((((((((((....((((((((((((.{{.,{{{........}).}}..)))))))..)))))))))).)))))))))},{.......))}......,},|}}},,,,..,|}}})}}..}}))}.)))))),}}((((((((((((.....,,...((({,((((((((((({...(((((((...((((((...))))))...((((........,{{{,,{{.,,.,,,},},..,},}.........)))}..,((((.((((....((((((((..(((((((((.(,.{.{.,||,,.....}||||,.......,,,,,.},}}}.))))))))).............))))))))))))}))))))))))){{.(((((....))))).}}({,,...,}.,}...,((((((.......))))))...........})))))))))))))))}))}|}))))})}..{{(((........))))}.((((((((((..{((,(((((((((((.......))))))))))).,{{{{.....{{{|.....,,,,,,.............||}}.....)),}),|}||............,}..,,.))))))))))........)),,)))))))))))).)))}},,,....,{{||,.......}}},,......|||||.,.,.,}}),))}.,,))}))}))||,...}}}),)})),))}......((((((((....))))))))})}},,))..))).....))))))))),.},...||}||}||},,.,})))))},,....}|}}}}}})}}{(((({....({{..(((((.((((((...((((({(........}},..}))))........)))))).))))).))}.,..})))))........,.((((((({.{(({....)))).)).)))))),,,)))))).))||||}}}})}}.,.,)))},}}}))).)))),}}},}|||..,,||,{{{.,{.{(((({(((((((.((((...((((..,,(((,(({....))),)))...))))....)))).)))}}))).,))))),,}},))}.((((......))))(((((((((((((((......)))))))).{(((.((((((......))))))..)))}............)))))))...{{{{{{{.|||}....,,},},,)})},}))(((..((((((....))))))..))).
Back