Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400202.1
Sequence Length
4065 nt
GC Content
0.4541
GAAUGCUGGGAGAGUCCGACGAGCGCUGCACUAACGCAGGAUCCGGCUGCCGAAGGUCCUCGCCAGGAUGAAGUUAAAGGAAGUAGAUCGUACAGCCAUGCAGGCAUGGAGCCCUGCCCAGAAUCACCCCAUUUACCUAGCAACAGGAACAUCUGCUCAGCAAUUGGAUGCAACAUUUAGUACGAAUGCUUCCCUUGAGAUAUUUGAAUUAGACCUCUCUGAUCCAUCCUUGGAUAUGAAAUCUUGUGCCACAUUCUCCUCUUCUCACAGGUACCACAAGUUGAUUUGGGGGCCUUAUAAAAUGGAUUCCAAAGGAGAUGUCUCUGGAGUUCUGAUUGCAGGUGGUGAAAAUGGAAAUAUUAUUCUCUAUGAUCCUUCUAAAAUUAUAGCUGGAGACAAGGAAGUUGUGAUUGCCCAGAAUGACAAGCAUACUGGCCCAGUGAGAGCCUUGGAUGUGAACAUUUUCCAGACUAAUCUGGUAGCUUCUGGUGCUAAUGAAUCUGAAAUCUACAUAUGGGAUCUAAAUAAUUUUGCAACCCCAAUGACACCAGGAGCCAAAACACAGCCGCCAGAAGAUAUCAGCUGCAUUGCAUGGAACAGACAAGUUCAGCAUAUUUUAGCAUCAGCCAGUCCCAGUGGCCGGGCCACUGUAUGGGAUCUUAGAAAAAAUGAGCCAAUCAUCAAAGUCAGUGACCAUAGUAACAGAAUGCAUUGUUCUGGGUUGGCAUGGCAUCCUGAUGUUGCUACUCAGAUGGUCCUUGCCUCCGAGGAUGACCGGUUACCAGUGAUCCAGAUGUGGGAUCUUCGAUUUGCUUCCUCUCCACUUCGUGUCCUGGAAAACCAUGCCAGGGGGAUUUUGGCAAUUGCUUGGAGCAUGGCAGAUCCUGAAUUGUUACUGAGCUGUGGAAAAGAUGCUAAGAUUCUCUGCUCCAAUCCAAACACAGGAGAGGUGUUAUAUGAACUUCCCACCAACACACAGUGGUGCUUCGAUAUUCAGUGGUGUCCCCGAAAUCCUGCUGUCUUAUCAGCUGCUUCGUUUGAUGGGCGUAUCAGUGUUUAUUCUAUCAUGGGAGGUAGCACAGAUGGUUUAAGACAGAAACAAGUUGACAAGCUUUCAUCAUCUUUUGGGAAUCUUGAUCCCUUUGGCACAGGACAGCCCCUUCCUCCGUUACAAAUUCCACAGCAGACUGCUCAGCAUAGUAUAGUGCUGCCUCUGAAGAAGCCGCCCAAGUGGAUUCGAAGGCCUGUUGGUGCUUCUUUUUCAUUUGGAGGCAAACUGGUUACGUUUGAGAAUGUCAGAAUGCCUUCUCAUCAGGGAGCUGAGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAUGUGUUCAUUAGUCAGGUUGUAACAGAAAAGGAGUUCCUCAGCCGAUCAGACCAACUUCAGCAGGCUGUGCAGUCACAAGGAUUUAUCAAUUAUUGCCAAAAAAAAAUUGAUGCUUCUCAGACUGAAUUUGAGAAAAAUGUGUGGUCCUUUUUGAAGGUAAACUUUGAGGAUGAUUCUCGUGGAAAAUACCUUGAACUUCUAGGAUACAGAAAAGAAGAUCUAGGAAAGAAGCACAUUAAAGAGGAAAAAGAAGAAUCUGAAUUUCUACCCUCAUCUGGAGGAACAUUUAAUAUCUCUGUCAGUGGGGACAUUGAUGGUUUAAUUACUCAGGCUUUGCUGACGGGCAAUUUUGAGAGUGCUGUUGACCUUUGUUUACAUGAUAACCGCAUGGCCGAUGCCAUUAUAUUGGCCAUAGCAGGUGGACAAGAACUCUUGGCUCGAACCCAGAAAAAAUACUUCGCAAAAUCCCAAAGCAAAAUUACCAGGCUCAUCACUGCAGUGGUGAUGAAGAACUGGAAAGAGAUUGUUGAGUCUUGUGAUCUUAAAAAUUGGAGAGAGGCUUUAGCUGCAGUAUUGACUUAUGCAAAGCCGGAUGAAUUUUCAGCCCUUUGUGAUCUUUUGGGAACCAGGCUUGAAAAUGAAGGAGAUAGCCUCCUGCAGACUCAAGCAUGUCUCUGCUAUAUUUGUGCAGGGAAUGUAGAGAAAUUAGUUGCAUGUUGGACUAAAGCUCAAGAUGGAAGCCACCCUUUGUCACUUCAGGAUCUGAUUGAGAAAGUUGUCAUCCUGCGAAAAGCUGUGCAACUCACUCAAGCCAUGGACACUAGUACUGUAGGAGUUCUCUUGGCUGCGAAGAUGAGUCAGUAUGCCAAUUUGUUGGCAGCUCAGGGCAGUAUUGCUGCAGCCUUGGCUUUUCUUCCUGACAACACCAACCAGCCAAAUAUCAUGCAGCUUCGUGACAGACUUUGUAGAGCACAAGGAGAGCCUGUAGCAGGACAUGAAUCACCUAAAAUUCCGUACGAGAAACAGCAGCUCCCCAAGGGCAGGCCUGGACCAGUUGCUGGCCACCACCAGAUGCCAAGAGUUCAAACUCAACAAUAUUAUCCCCAUGGAGAAAAUCCUCCACCUCCGGGUUUCAUAAUGCAUGGAAAUGUUAAUCCAAAUGCUGCUGGUCAGCUUCCCACAUCUCCAGGUCAUAUGCACACCCAGGUACCACCUUAUCCACAGCCACAGCCUUAUCAACCAGCCCAGCCGUAUCCCUUCGGAACAGGGGGGUCAGCAAUGUAUCGACCUCAGCAGCCUGUUGCUCCUCCUACUUCAAACGCUUACCCUAACACCCCUUACAUAUCUUCUGCUUCUUCCUAUACUGGGCAGUCUCAGCUGUACGCAGCACAGCACCAGGCCUCUUCACCUACCUCCAGCCCUGCUACUUCUUUCCCUCCUCCCCCUUCCUCUGGAGCAUCCUUCCAGCAUGGCGGACCAGGAGCUCCACCAUCAUCUUCAGCUUAUGCACUGCCUCCUGGAACAACAGGUACACUGCCUGCUGCCAGUGAGCUGCCUGCGUCCCAAAGAACAGAAAACCAGUCUAUCCAAGACCAGGCACCUAUGUUGGAAGGUCCUCAGAAUGGUUGGAAUGACCCUCCAGCUUUGAACAGAGUACCCAAAAAGAAGAAGAUGCCUGAAAACUUCAUGCCUCCUGUUCCCAUCACAUCACCAAUCAUGAACCCGUUGGGUGACCCCCAGUCACAAAUGCUGCAGCAACAGCCUUCAGCUCCAGUACCACUGUCAAGCCAGUCUUCAUUCCCACAGCCACAUCUUCCAGGUGGCCAGCCCUUCCAUGGCGUACAGCAACCUCUUGGUCAAACAGGCAUGCCACCAUCUUUUUCAAAGCCCAAUAUUGAAGGUGCCCCAGGGGCUCCUAUUGGAAAUACCUUCCAGCAUGUGCAGUCUUUGCCAACAAAAAAAAUUACCAAGAAACCUAUUCCAGAUGAGCACCUCAUUCUAAAGACCACAUUUGAGGAUCUUAUUCAGCGCUGCCUUUCUUCAGCAACAGACCCUCAAACCAAGAGGAAGCUAGAUGAUGCCAGCAAACGUUUGGAGUUUCUGUAUGAUAAACUUAGGGAACAGACACUUUCACCAACAAUCACCAGUGGUUUACACAACAUUGCAAGGAGCAUUGAAACUCGAAACUACUCAGAAGGAUUGACCAUGCAUACCCACAUAGUUAGCACCAGCAACUUCAGUGAGACCUCUGCUUUCAUGCCAGUUCUCAAAGUUGUUCUCACCCAGGCCAAUAAGCUGGGUGUCUAAAAGGACAGCUUCUCUUCCACUCAAUAUUGCCAUUUUUCCAAAGAAACAUGUUAAAAAAAAAAAUUAUAAGACAUGGACUAGUCCUCAUUAGCAUGUUUGCAUAGCAACCAGUCAAGAGCAUUUACACUAUUUCUGCUGAUAUACUCACCUUAGAACUGCUCAGAACCCUGGUGCUUUAUUUUUGUUUUAAUCUUUUGUUGCCAGUGAUGAUUUUCCUAUUCUGCAAAUAGUGUAUUUCCUGGAUUACACAUAGUAUGGUUUCCUGAAGUAUUCUGAUAAAUGUGUUUUUUAAAACCUCAAUAUACUUUUUAGAAAAGGAGCAUCUGGUUAUGCAUAAAGCAGAGCUAAAACUAAAUUUCUUUCAUGUCCUCCCUACUUCCUCAGUGUCAAUCAGAUUAAAGUGUGUAAUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1141.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1214.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 1019.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((....(((((((((..(((((.((((...(((((((...(((.....((((((((((((...(((((((((((((....(((.....))).(((.((...)))))......((((((((.....(((..((((.((((((...((((((.((((((....((((((.(((((((((.....))).)))))).))))))....((..(((((....)))))..)).....(((..(((((((.....(((((((((((.((.(((......))))).))))........((((((((...(((....)))))))))))........((.((.((..(((((..........)))))..)))).))..((((((((((...........))))))))))..((((.(((.....))).))))....)))))))....))))))).)))....(((((....)))))..((((((((((.....((........))..(((.((((...((((....))))....))))))).)))))))))).......((((((((((((.(...((.(((..((((((((.((.(((..(((((.....((((((.(((..(((....(((((((...)))))))..)))))).))))))....)))))...........))).))..)))).)))))))..))...).))))))..)))).))))))))....))))))...)))))).)))))))......((((.((.((...)).)).))))))))).))).....)))))))))))))....)))))..)))))))...))).(((((((((((((((.(((...((((((((((...(((...)))...)))).))))))))).))).......((((((((((.((.((..(((.......)))..)).))....((((..((.(((((........)))))....))..))))((((((..............(((((((((((((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).)))))))).....))))..)))))))....(((((....))))).)))))).....))))))))))))))))))))))..)).)))))...)))).)))))...........)))).).))))(((((......)))))(((((((((((((..((((((..((.........))..)))).))..)))))))....))))))..((((((.(((...((......(((((........((((((((..((((((((((((((.((.((......((((((.((.(.(.((((((....((((((((......(((((.....((((((....((...(((((((.((((.((((...((((((((.((.......)).)))))))).((((((((.....)))))))).(((((((..((((.....((((((..((.((((((...)))))).))....))))))((.(((((............))))).)).)))).....)))))))....(((((..(((....)))...)))))....((((((((((((.....((((....(((((((((....)))))))))....))))....(((((((((...(((..(((((((((((.(((((.(((((((((.....)))))..((((((((((((......)))))))))).)))))).))).)).)))))(((.......)))(((.......))).)))))))))..)))))......(((........)))..((((.((((((((.((((...((.(.(((((((((....)).)))))..(((((((.((((((...(((((((((((((((........(((.((((....((((.......(((((....(((((((.((((.((((..((.(((((.....))))).))..(((..((((.(((((((.........))))))))))).)))..........(((((((((.....((((.(((.(((((......((((((((.((((...))))(((((..(((((.(((...((.....)).))))))))..)))))((((.((((.(((......)))..))))...))))(((.....(((((.....((((((....)))))))))))..))).....((((((...((((((......................))))))......))))))...))))))))..((((.....))))((((((...((((((((....((((........)))).((.(((......((.(((((((..((((.((((((((...(..((((((((.((...........((((....)))).................((((......))))(((....)))........(((((((........))))..))))).))))))))..).......))))))))............((((...))))........((....))...........))))..(((........)))....)))))))..))......)))))...((..(((((.((((...........................................((((((...........)))))).....((((....))))..)))).)))))..))...............))))))))..)))))).........)))))))).)))).....)))))))))..(((((((((((((.((.........((((....(((.((...((((......))))..)).)))..))))...))))))).)))).)))).................((((.....))))((((((.((.(.((....(((.(((.....(((((((.......))))))).......))).)))....)).)...)).)))))).....)))).))))...)))))))....)))))......))))..)))).))).......)))))...))))))))))...))))))...)))))))..)).).))...)))))))))))).))))))))...)))))))))))).....))))...)))))))))))...)).)))))).....))).))......))))))))......((((((((((((.((((...)))).)))..(((((.....)))))(((((..((((((((.............((((...((((((....((((((((.((.(((((................)))))...(((((.(((((((........)))).......((((.......))))..))).))))).....))...))))))))))))))...)))).......(((((........))).))..........((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))...))))))))..)))))..........((((.((....))))))....(((((.((..((......)).)).)))))(((((((((((((((((.........)))))))......)))))))))).........))))))))).(((.((((....)))).)))..................(((((((..(((((....)))))))))))).....)))))).).))))))))).....)).)).))))))......((......)).))))))))..))))))))......)))))......))...))).))))))...))))))))))....)))...............((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.((.((((((............)))))).)).))))))....(((.((((.((.......)).)))))))...........................))))...)))).)..))))).)))...)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,{{{((((((((((....(((((((((..(((((.((((...(((((((...(((.....((((((((((((...(((((((((((((....,{{..{{{|||..,,.||,,}))},,,.....(({((({{.....(((..((((.((((((...((((((.((((((....{(({{{.{((((({({,....|||,|||}|}.}}}}|}....((,,{((((....||}}}.,||.,,,,({({.(((((((.....{(((((({(({.((.(((,....})))}).}))}........((((((({..{({{...,))})))))))),,.,,.,|||,{{.{{..{((((,..,,,,|,.,}})),,}},}})}..{(((((((((...........)))))))))}(,((((.(((.....))).)))),,,.)))))))....))))))).,,,....(((((....)))))..((((((((((.....{.........,,..{{{.((((...{(((....)))}....))))})).)))))))))).......,,{{{|{||{||,|,.,||.{{{,,,{|{||||,{|,||{..|||||}.,,,||||||,{{{.,((({.{{(((((((...)))))))..|})}}},|,,||....,|||}}...}},,....})).)}..)))).}}},|||,,|}...}}))))))}})))).}}))))))....))))))...)))))).}))))))......((((.((.({...}).)).)))),)))).))).....)))))))))))))....))))),.}))))))...))).(((((((((((((,,{((,...||((((((((.,,(({...|}}...}}}}.}}}})),}},}}.....,}}}|{{,,||||}}}}}},.|||.......|||{{(((.........}}}}}.{((({,{.....,)))))....{{{{{|},..})))}}{{{{{{,...,,(((((((((({((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).))))))))...,,))}..,)))))))....{((((....)))))........,}})))),,,},.)))))))))))))..)).)))))...)))).)))))...........)))).,,)))){((((......))))|(((((((((((((,.((((((..((.......,,))..)))).)),,))))))),...))))))..((((((.(((...((,,....(((((........((((((((..((((((((((((((.{{.{{......((((((.{{.(.(.((((((........(((....}}}(((((.....({......,,.,..))))),,(((((....(((..((((((((.((.......}).)))))))).,}||,.}})}}..||||,||{{((((,((,(((((,.{{,((({{{..||,||||||...}}}}}|,||,...}}|||}{|.{((((.,..........}}}}}.)).}|}|,{{{{{|,,......{((({,..(((,...}}}...}))))..{{((....,|||}.......,,....,((((((((({{{.|,|||||||,...,,,},}}}||}}}||||}}}|||......(((((((((((((..(((..(((((((({...{((((((((((((((......)))))))))).)).))).|,(({(.,,,}}}|{,,.....,|{{{,.......|||{{..........,}}..........((((((((...|,.((((.(((((((,,((((...(({({(,,,{||||,,..||.}}},...(((((((.((((((.,.(((((((((((((((...,....(({,((((....{{{{....||,(((((....(((((((.((((.((((..{{.(((((.....}||||,||,.(((..((((.(((((((.........))))))))))).}}}....,,,{,.(((((((({.....({({.{((.(((((......{{({(({{.{{((...|||}{((((..(((((.(({...((.....)).))))))))..))))},,,,.|||,.|||,,.|||)))||)})},,{{(((((.{..,.{{.(((((..{(((({....}))))|((.((((((.(({....))).))))))))}.......)))))..,,.....))))))}...||,,|||}|||,}}}}}}}|,,{{{{.{{(.....((((((...((((((((.,..({{{........}}}}.,,..{,|........(({(.....)))}((((((((....((,{((((,.....,,,}..}},..((((....))))............,...{((((......))))}.,...|||{..,{{|.,{{.((((.,,,,...,}},..,((((,.|..||||,....}},,.}}}|{||,.}}}|...}}}}{(({...}))}........||....}},,.........(((((((((........)))...{(((((({,(((..{{,.........{{{{,..,}}))}),,,,.,.........}},.,},,......,,,,............,............)))))).}....,||||,.,})))),,,)}.))))))))...............,.))))))))..)))))).,.,,,...}}}}}}}|.)))}..,,,|||||||||{|(((((((((((({.,,.........{{((....||,.||...((((,..,,.||||,,,,.)))}}),)),,}),))))).)))).)))).................((({.....})))||||||.||,|||||||,||{,|{{||...{{{{(({.....,.)))))))}}...,,))),,,,.......,.,,)).)))})).....)))).))))...)))))))....))))},||...})}}..)))).))).......)))))..,)))))))))).,.))))))...)))))))...,.,,))...)))))))))))).)))).||{{(.,|,...,})))||,,{,{......}))),,..(((..(((((((({,.....{({.|,............,,...},,.....|}}|(((.((((...)))).))).,(((((.....)))))|,((({(..(((((({...................,({{.....,}}.,((((((...))))}}.}})))))}}}}}{(((((.(((........((((........))))...))).)))))})))))))))..))).))))).))).|,....}))})))))))})))))).)))))..))).})))).)))))))}....,,,{{...((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))..,,.|)}))),,,||||.......,..,|||,||...,||||||{...(((((.{,,,((......)).)).)))))||||||||{{{((((((.,......,))))))|,,,...,))))}))))}}.}})},,......,}),}}))))}}}}},,{((((((((({...............{{{,,{,....|}),...))))))))))).,...)))))).).)}})))))).....}}.,,.))))))......{{......}}.))))))))..))))))))......)))))......)),,.))).))))))...)))))))))).,,.|||.....,}},......((((((((((((((.(((((.((((((((({(((((.{{.{(((({............}}}))).}}.)))))).,(((({,{.(((({.(((.....))).))))}................,,}},}},,.))))...}))).)..))))).})),..}))))))))))..
Back