Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400259.1
Sequence Length
1222 nt
GC Content
0.5769
ACACUCAGCCACUGCGGGCGAGGAGGGCACAAGGCCAGGUUCCCAAGAGCUCAGACAGCACAGGAAGGUCCUAGAGGUUCCUCAGUGCAGCUGGACUCUCCUGGAGACCUUCACACACCCUGACAUCUGGGCCCCGCGCCACGAGGGUGCUUUCACUGGUCUGCACCAUGGCCCAGGCCCUGGGAUUUUGAACAGCUCCGCAGGUGAAUGAAAGGGAACGGGCCUGGCUCUGGCCCCUGACGCAGGAACAUGGAGCUGAUCCAGGACAUCUCUCGCCCGCCACUGGAGUACGUGAAGGGGGUCCCGCUCAUCAAGUACUUUGCAGAGGCACUGGGGCCCCUGCAGAGCUUCCAGGCCCGGCCUGAUGACCUGCUCAUCAGCACCUACCCCAAGUCCGGCACCACCUGGGUGAGCCAGAUUCUGGACAUGAUCUACCAGGGCGGUGACCUGGAAAAGUGUCACCGAGCUCCCAUCUUCAUGCGGGUGCCCUUCCUUGAGUUCAAAGUCCCAGGGAUUCCCUCAGGGAUGGAGACUCUGAAAAACACACCAGCCCCACGACUCCUGAAGACACACCUGCCCCUGGCUCUGCUCCCCCAGACUCUGUUGGAUCAGAAGGUCAAGGUGGUCUAUGUUGCCCGCAACGCAAAGGAUGUGGCGGUUUCCUACUACCACUUCUACCACAUGGCCAAAGUGUACCCUCACCCUGGGACCUGGGAAAGCUUCCUGGAGAAGUUCAUGGCUGGAGAAGUGUCCUAUGGGUCCUGGUACCAGCACGUGCAAGAGUGGUGGGAGCUGAGCCGCACCCACCCUGUUCUCUACCUCUUCUAUGAAGACAUGAAGGAGAACCCCAAAAGGGAGAUUCAAAAGAUCCUGGAGUUUGUGGGGCGCUCCCUGCCAGAGGAGACUGUGGACCUCAUGGUUGAGCACACGUCGUUCAAGGAGAUGAAGAAGAACCCUAUGACCAACUACACCACCGUCCGCCGGGAGUUCAUGGACCACAGCAUCUCCCCCUUCAUGAGGAAAGGCAUGGCUGGGGACUGGAAGACCACCUUCACCGUGGCGCAGAAUGAGCGCUUCGAUGCGGACUAUGCGAAGAAGAUGGCAGGCUGCAGCCUCAGCUUCCGCUCUGAGCUGUGAGAGGGGUUCCUGGAGUCACUGCAGAGGGAGUGUGCGAAUCAAGCCUGACCAAGAGGCUCCAGAAUAAAGUAUGAUUUGUGUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-463.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -485.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 330.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((..((.(((((((((.((.((((.((.((((((((((......(((.....)))....((((((((((((((.(((...........))).))).)))).))))))).....((((..((((((((((..(((((.....)))))......((((....)))).)))))))..(((((((...........))).))))...)))..))))...)))))))))).))))))))..))).............((((((((((.(((((((....(((.((((((..((((...((((((..((((((......((((((((.(((......))).))))))))...(((((.((((((((((((.....)))))))............).)))).....)))))))))))..))))))...))))..)).)))))))((((((((.....)).)))))).((((.((((((((.((.(((((..(((((..(((((....(((((((((...))))..)))))...)))))...........((((((((....(((.(((((.((((....((.(((((...((.((((((((((((...(((((....(((((..(((((....((((....)))).....(((.((((.(((.....))).)))).)))))))).)))))...(.(((((...((((((((((((.....((((...((((....)))).)))).....)).)))))).))))...)))))).((....))...((.((((((.((......)).))))))))(((((((..((((((...)))))...)..)))))))(((....)))..........))))).)))))))).)))).)).....))))).))....))))((((....))))((((.......))))..(((((((..........((((((........((..(((.....)))..)))))))).......)))))))..))))).)))....))...)))))).....)))))..))))).)).((.(((((.......))))).))..(((.....)))...))))))))..))))(((((.((((........)))))))))..)))))))))))))).))))))))).))))))))(((((((((((((.......))))).............))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((..((.((((((((.......}}......(((((..(((...,,(((,,(((((.{{(((((((((((((((.(({.,{{{...}}}))).})),}))).))))))).....(((........)))..,.((((((((((((((,((({.{,(((((.(((((({,((.,{,((((((((((((((((.((((({({.{(({{.({..((((.{((((({(((({,|{{|({{(..{{,((,...{((,{{({{{,{{((.{{{{....({{.(((.(((((((,{.((,.((((({{{{{{||.,|{{|,,,})}},,)})}}..,))))))})).})},)},,))))))},)}}.,||||,}}}}..,)))))).,,....}||.||||||}..},,{{||},}}})}|}..,||||.,.,,.....}}})),(((((((((.....)).))))))).,,}))}.}}}))))))))).)).,......,.))))))))))))))))....||{(((((,.((,,..,|||............(((((((((((((.,.((((.(((((...(((...((((.(((..(((...)))..))).)))))))...))))))))).,((((....))))}...{((.(({((((((((,(,.{{((((({{((..{{(,{{{(....{.(((((...((((((((((((.....((((...((((....)))).)))).....)).)))))).))))...)))))}.)).,)))..)))))))))),)),.}}))))),,,)}.}}}(((((((..,(((((...)))))...)..)))))))(((....))).({{(,....))}}}.)))))}}))))))),,||}}}}({{.{(,...}},}}}.((((((({{(((((.......)))))}(((((((.........,({((((........{{..{{{.....})),,))))))))....}..)))))))....,)})))))...))))))).)).)))))))})),.)))))))..,))))))).,...{,,{{({,,..,|||..,..||||,.|,,|.,{{||{{|||,.}}}})}})))}})),))).)))))..)}})))..)))))..,,.)))))).))))))))(((((((((((((.......))))).............))))))))......
Back