Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400518.1
Sequence Length
2654 nt
GC Content
0.5584
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGUCGUCUUAUCGCCAGACCUGGAGGGCUUCCUGUCAGCUCAGGCCAUCCCCACCCUAAGCACUGGCUGGCAGUGCGGUGGGAAUCUUGCCGACCCUGCCAUCUCAUUCCCCCACGUGGUUUUGGCAGCUUUAGCACCAAGUUUUCCAGUGGAAUUCUGUUCCAUCCUGCACCACAGAACUCUGAUUUGACCUCAGAGAUUACCGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACGUUUGAGAGUACCGUACAGGUGAGCAAGUUGCAAGACCUCAUCCACCGCAGCAAGAUGGCCCGGUGCAGAGGACGGUUUGUCUGCCCAGUAAUCCUGUUCAAGGGCAAGCACAUUUGCAGGUCGGCCACACUGGCUGGAUGGGGAGAGCUGUAUGGACGCUCAGGCUACAACUAUUUUUUCUCAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGGACUACGUUGAUGCCCCAUUGAGCAUCCCCGACUUCCUGACUCACUCUCUGAACAUUGACUGGAGCCAGUAUCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGAGGAAGAGCCACUCAUCCUCUCCACAGAGUGUCCUCUGGAACCGGCCACAACCCUCAGAGGACCGCUUGCCUUCCCAGCAGGGGCUGGCGGAAGCCAGGUCUUCCAGCUCCUCUUCCUCAAACCAUUCUGAUAACUUUUUCAGGAUGGGUAGCAGUCCCCUGGAGGUCCCCAAACCCAGAUCAGUGGACCAUCCCCUGCCCGGAUCCUCUCUCUCCACAGACUAUGGCAGCUGGCAGAUGGUAACGGGCUGUGGCAGUAUUCAGGAGCGGGCUGUCCUGCACACAGACUCCUCUCUCCCUUUCAGCUUCCCGGAUGAGCUCCCUAACAGUUGUCUGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1023.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1068.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 830.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.((((((((....((.(((((((((((((.((((....)))).))))).)))(((((((((.((((((((((..((((((((..(((....))).)))))..)))..)))((((((((((((((((((((((..((((((.......).))))).))))))))))..)))))..((((((....))))))....((.((((..(((((.(((.(..(((((((((((...((((((..((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((..((((((.(((....)))(((((.((((((((...))))))).).))))).((((((.....(((((((((..(((((((((((...((..((((((((((...((((((.............))))))((((((.......)))))).....(((...)))))))).)))))..)).))))))))))).))))(((((....))))).)))))(((((((((((((.((((((((..((....)).)))))))).....)))))))..))))))))))))...(((((((((((........(((((((.((.((((((((.(..(((...)))....(((((((((.(.(((...(.(((((...((((((.....((((((((...(((.....))).....))))))))...))))))....)))))).)))).)))))))))..).)))))))))).)))))))........)))))))))))))))))..))))..)))))))).)))).)))))..((((((((....(((((.((...((((((((((......(((.((((((((...))))))))..))).......)))))))))).....))))))).......))))))))......(((((((....((.(((((((((.(((((...(((..((.(((......))).))))).(((.....))))))))))))))))).)).))))))))))...)))))))))((((...))))((((......((.(((((.....(((.(((..(((((((.......(((....)))........))).))))..)))..))).)))))))))))....((((.(((.(((((((((((....)))..)))))))).)))...))))............(((((...(((((....)))))...)))))....)))))))))))...))))))))))).).))))))))..)))).))...))))))).(((((((((((((((((..((........(((((((...((((..........).)))...)))))))((((....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))....))))))..))))).))))))..........((((((((....))))))))......(((....)))....((.(((((......))))).))))))))....)))))))((((.(((((.......(((((((((....((.(((((..(((.......)))..)))))((.(((((((((((((((...(((((........)))))((((((.((......))))))))....(((.(((((...((..((((((.((((.(((((((((......))).))).((((((.(((...))).)))))).(((...))).))))))).))))))..))..))))).)))..))).)))).........)))))))).))..))...)))))))))..)))))))))....(((((((((........)))))))))...)).)))))))((((((((.(............).))))).)))))))))).((((((.((((((((.((((...((.(((((((((..(((...((((.(((((((.....(((((((((((((.((((...(((((..((((((((.............))).))).........))..)))))(((((((((..((((.........)))))))))))))..((((((..((((.....)))))))))).)))).)))).((((((..((((....))))..))))))(((((((((......)))..))))))(((...))).(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).......))))))))).((((.(((((....))))).))))......((((....)))).((((((((.......((((((((((........))))).....((((.......))))((((......))))................(((((....)))))((((.(....).)))))))))...))))))))))))))).))))...))).(((((((.....((((((...........))))))......))))))).....((((((.(((((.(((......)))))))).).))))).))))))))))).)))).)))))))).))))))..((((.((.......))))))))))))))))).............(((((.....)))))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((,(((((((({.{{(({{((((((((((((.((((,,.,))}}.))))).}}}{(((({{{{{((((((({({.,{{|{((({,,,(({{{{(({.|,{{{{{|||,{|||((({((((((((((((((((((..(((((,.{,...}}.))))).))))))))))..)))}|}}||,|||.,((((||...,,.)))))||..{||.|||||}||.,,|||||||||..,|{||||..,(((((((.(((((({({((((({(((.((((((((((((..((((((.{((....))}(((((.{(((((((...}}})))).).))))).((((((.....(((((((((..(((((((((((.{,{{..((((((((((((((...}))))}}..{({.{,{|,|{{((((((.......)))))).,,..,||,}.),))},)).)))))..))}))))))))))).))))(((((....))))).)))))(((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..))))))))))))...(((((((((((........(((((((.((.((((((((.(..(({...}))....(((((((((.{.(((...(.(((((.{,((((((.,...((((((((,..(((.....))).....))))))))...))))))....)))))}.)))).)))))))))..).)))))))))).)))))))........)))))))))))))))))..))))..)))))))).)))}.)))))..((((((((,...(((((.{{...((((((((((.....,(((.((((((((...))))))))..))).,.....)))))))))).....}}))))).....}.)))))))).....((((((((....((.((((((({{{((((({..{{{.,(({(({....}.))),}}}},.,((.....)}))))))))))))))),)}.))))))))))...)))))))))|||,...,||,,{{{......{{.(((((,....,{{,({,..(((((((.......(((....)))........))).))))..})}.,))),)))))))))))}},}||,,,|||,{{{{{{{{{{|,,,,)}}..|}}}}}}},|||,,{}|||.......},,..(((((...(((((....)))))...))))).,,{|||||||}||},{.|||}||}||||.|,||||.,,,.{||||(({...{({,|||.,((((,..,,{{{,,|({.(({,,,,|||(((((((...((({.,........).)))...))))))).|||....((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))).)}.))))))..,|||||||..,||||{(((({....,,))))}|(((((((....))))))),.....,{({,,,||||{{{{{{.{{{{{,.,...}}}})|||||}|||,,{{|||||||({({{((({{,,,,..{((({{{{.(,{((((.,((((,{(,(,.{{{,,|||{{|||,.||.|{{{||,||||{{|{,,,,{{{{.,}},,.,)}}||((({(((((......))))))))}}..{|,.||{{{..{{({,((((({.{{{{,{{(((((((......))).))},((((((.(((...))).)))))).,,{.,,|||||||||||.,,,||,..,..,)})))})))},}))}}}}}..,|,.,,.}}}}|||||||..)}}}}}}}},))))}})),},,))},...(((((((((........)))))))))...}}.)}))}))((((((((.,............).))))).))),))))))}|{||||.|||||(({.{{{....|{,|||{{||||}}|{,..,((((.((((({{....,{(((({(((,|({.,{{....)))}}..}}}.}}}|.,,{{{{{,{{{{|{|{|||{,{{,...{{{..,,)))(((((((((..((((.........)))))))))))))}}|{|{({,|((((....,||||||}},}.))))},}}}.((((((..{(((,,..||||,,}||||}.,.}).}}}}},})))),,})))|||(((...||,.(((((.(((((.((,{...(((...(((....)))..)))...).}})))))))))).,,.....,))))))|,((({.(((((....))))).))))......(((|||,,||||{{{{{,||,.}}}),,))|||(((((........)))))..,,,,,,,...}..,})))||||}}}...))))}}},}})}},,}},..|||{,.,,,,},})||||}}}...},}}))})}))}.}))))))))}))))))}))||{{.,||,{{(((({...,,{(((({..,,,,.,,,.}}}}||,,,,|.|||||||,,...(((((.,(((((({,{,,,,,.)))))},,}),))))),}}}}))))))).},,,.)))))}))})))))).}|{||,||,}.....}|||}}|||}}}}}}}},............{(({{|...,)))))...})).
Back