Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400525.1
Sequence Length
2303 nt
GC Content
0.5627
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGGUUUGAGAGUACCGUACAGGUGAGCAAGUUGCAAGACCUCAUCCACCGCAGCAAGAUGGCCCGGUGCAGAGGACGGUUUGUCUGCCCAGUAAUCCUGUUCAAGGGCAAGCACAUUUGCAGGUCGGCCACACUGGCUGGAUGGGGAGAGCUGUAUGGACGCUCAGGCUACAACUAUUUUUUCUCAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGGACUACGUUGAUGCCCCAUUGAGCAUCCCCGACUUCCUGACUCACUCUCUGAACAUUGACUGGAGCCAGUAUCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGAGGAAGAGCCACUCAUCCUCUCCACAGAGUGUCCUCUGGAACCGGCCACAACCCUCAGAGGACCGCUUGCCUUCCCAGCAGGGGCUGGCGGAAGCCAGGUCUUCCAGCUCCUCUUCCUCAAACCAUUCUGAUAACUUUUUCAGGAUGGGUAGCAGUCCCCUGGAGGUCCCCAAACCCAGAUCAGUGGACCAUCCCCUGCCCGGAUCCUCUCUCUCCACAGACUAUGGCAGCUGGCAGAUGGUAACGGGCUGUGGCAGUAUUCAGGAGCGGGCUGUCCUGCACACAGACUCCUCUCUCCCUUUCAGCUUCCCGGAUGAGCUCCCUAACAGUUGUCUGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-898.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -936.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 542.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((.(((((.((((.(((((((..(((((((((.((((((......(.((..(((((((((.(((......))).)...)))).))))..)).)))))))))).))))))..)))((((((((((..((((((.......).))))).))))))))))....(((.(((((((..(((..(((.(((((((((((......((.((((...(((..(((((........))))).)))....((((((...(((....)))))))))..)))).))....))))))))))).)))..)))....((((((..(((((((((.((...(((..(((....)))..)))((((..((.((.((((.(((((((((.((((((.((((..((((....((((((((((..((((((((((..(.(((((...(((((((((...((((((((.(..(((((......)))))....).)))))...........(((((.(((..(((((..............)))))...)))))))))))...))))))))).((((....((.....))....)))).......))))).).))).)))))))..))))))))))....)))).)))))))))).)......)))))))))))).)).)).....)))).((((...))))...........)).)))))))))..)))))).(((((((.......(((....)))........))).))))....)))).)))))))))))))))))))..))))).))....)))))))))....(((((((.(((((((.(((.......)))..(((((...(((((....)))))...))))).((((((((((.((.((.(((.((.((((.((((((.....((((((((...(((.(((..((((...........((.(((((..((((((((((...((((..........).)))...))))))).)))....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))...(((((((...((((((((((......))))))(((((((....))))))).......(((....)))(((.((.(((((......))))).)))))....((((((...((.((((((((......((((((((.(((((((..(((((((.((.(((((((.(((((..((((..(((((((.(((((.((((((........)))))).))(((((......))))).)))...))...))))).)))).((((((.((((.(((((((((......))).))).((((((.(((...))).)))))).(((...))).))))))).))))))........((((.((((.(((.((......((.(((((((((.(((.......))).)))))))))))........(((((((((........)))))))))))))).)))).)))).(((((.(............).))))).....)))))))).)))).)))))(((.......)))))))..)))))))....(((((.(((((.......(((((((((((((.((((...(((((..((((((((.............))).))).........))..)))))(((((((((..((((.........)))))))))))))..((((((..((((.....)))))))))).)))).)))).((((((..((((....))))..))))))(((((((((......)))..))))))(((...))).(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).......))))))))).((((.(((((....))))).))))......))))))))))(((.....))).))))))))...(((((........)))))..)))))))).))....))))))))))...))))))))))))))))))..)))...)))....))))))))....)).)))))))).)))))))))))))))))))((((..((((........(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))..))))))))).)).)))))))......(((.((((((...((((.................))))..)))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((((.(((((.((((.(((((((..(((((((({{((((({.....,(.((..(((((((((((((..,.,.}}}.),,.)))).)))),.)).)))))))))))))))))..)))((((((((((..((((({.{,...}}.))))).))))))))))....{((.(((((((..(((..(((.(((((((((((......((.((((,..(((..(((((........))))).)))....((((((...(((....))))))))),.)))).))....))))))))))).)))..)))....((((((..(((((((((.((...(((..(({....)))..)))((((,...}||}|((({(((((((((.((((((.((((..((((....((((((((((..((((((((((..{.(((((...(((((((((...(((,,,{{.({((((.,.....)))))){,.{{{||,,,.,,|,|,....((((.,(((..(((((..||..........)))))...}))))))})))...))))))))).((((..,.{(.....})....)))).......))))).}.))),}))))))..))))))))))....)))).)))))))))).)......))))))))))))})).},.....}}||.{{{,...,})}.}}........)).)))))))))..)))))).(((((((.......(((....)))........))).))))....)))).)))))))))))))))))))..)))))}})}...}))))))))....(((((((.(((((((.(((.......)))..(((((...(((((....)))))...))))).((((((((((.((.((.(((.((.((((.(((({,.....((((((((...(((.(((..((((...........((.(((((..{{{(((((((...((({.,........).)))...))))))).}))....((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))).)}.))))))...(((((((...((((((((((......)))))|(((((((....))))))),.....{((({..{|||((({((.,,{{(|.,...)}|})|))}|.,,,,{((((({..({.((((((({....,.((((((((.(((((((..(((((((.((.(((((((.(((((.....{{,{,,.,((,{(,(,,,.{{{{..},,,..||,||((({(((((......))))))))}}..,|..{((((..{,({{((((({.({,{.,|(((((((......))).))}.((((((.(((...))).)))))).,,,.,,||{{|||||||.,,,||,..,..,),)))})))}}}))}}||}..,|,,|,.||||(((({{{,.}}}}|,,,,.)))))))).),.))}},..(((((((((........)))))))))...,,,|,},.}}|{{(((((.,............).))))).}},.)))))))).)))).)))))|,,.......}),))))..)))))))....|((((.{{(((,,....,|({{{|{{|}||{.,{|,...)))}),,,}}.}}}|,,||{{{{.{{{|}||,|}||,||....{{(..,.}}}(((((((((..((((.........)))))))))))))}}|{{{((,{((((.....||||||}}}}.))))},}}|.{(((({..{(((,,..||||,,}|}||}.,.}).}}}}}}})))),,,)))||{(((...||,.(((((.(((((.((,{...(((...(((....)))..)))...).}})))))))))).,,.....,))))))|.((((.(((((....))))).))))......||||||}}})(((,,,,.)},.))))))))...(((((........)))))..}))))))).,)..}.)))))}))))...)))))))}))))))))))..)))...)))....))))))))....},.)))))))).)))))))))))))))))))((((..((({.,,{,...,{{.((((...}))}.}}}.....(((((((.(((((((({...(((((..((((((...)))))})))))...)))))))))....))))))).,....))))..))))))))).)).)))))))......(((.{(((({...|{{{............,,,,,}}},.,))))},.))).
Back