Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400526.1
Sequence Length
2243 nt
GC Content
0.5564
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGUCGUCUUAUCGCCAGACCUGGAGGGCUUCCUGUCAGCUCAGGCCAUCCCCACCCUAAGCACUGGCUGGCAGUGCGGUGGGAAUCUUGCCGACCCUGCCAUCUCAUUCCCCCACGUGGUUUUGGCAGCUUUAGCACCAAGUUUUCCAGUGGAAUUCUGUUCCAUCCUGCACCACAGAACUCUGAUUUGACCUCAGAGAUUACCGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACGUUUGAGAGUACCGUACAGGUGAGCAAGUUGCAAGACCUCAUCCACCGCAGCAAGAUGGCCCGGUGCAGAGGACGGUUUGUCUGCCCAGUAAUCCUGUUCAAGGGCAAGCACAUUUGCAGGUCGGCCACACUGGCUGGAUGGGGAGAGCUGUAUGGACGCUCAGGCUACAACUAUUUUUUCUCAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-865.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -907.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 519.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...(((((.((((.((((.(((((....))).)).))))))))..)))))....(((((.((.((((((((....(((((((((((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((.......).))))).))))))))))..))).))))).)))..((((........)))))))...)).))))))))...))))))))).((((((.((....(((((..((((.((.(((((((((.((((((((((((..((((((.(((....)))(((((.((((((((...))))))).).))))).((((((.....(((((((((..(((((((((((...((..((((((((((...((((((.............))))))((((((.......)))))).....(((...)))))))).)))))..)).))))))))))).))))(((((....))))).)))))(((((((((((((.((((((((..((....)).)))))))).....)))))))..))))))))))))...(((((((((((........(((((((.((.((((((((.(..(((...)))....(((((((((.(.(((...(.(((((...((((((.....((((((((...(((.....))).....))))))))...))))))....)))))).)))).)))))))))..).)))))))))).)))))))........)))))))))))))))))..))))..)))))))).)))).)))))..((((((((....(((((.((...((((((((((......(((.((((((((...))))))))..))).......)))))))))).....))))))).......)))))))).....(((((((.....((.(((((((((.(((((...(((..((.(((......))).))))).(((.....))))))))))))))))).)).(((((((((((......(((((((((((((((................((((.......((((.((((.((((..(((((((((((((((...((..((.((((...............)))).))..)))))))))))...))))))..)))).(((((.((.(((.....(((...(((.((((((...)))))))))))).))).))))))).)))).)))).....)))).(((((((...((((..........).)))...)))))))((((....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))....))))....(((((((((.....)))))))))(((((((....))))))).......(((....)))....((.(((((......))))).)))))))))))).)))))))))))))))))))))))..(((.....)))...(((((..(((.......)))..))))))).))))..))))))))))))).(((.(((((((((.((((((((.((......))))))))))...)))))..)))).)))((((....))))..))))))).......(((.((...(((((((((..((((.........))))))))))))))).)))(((((((....((((((((.....))))).)))(((((((...(((((..((((((.((((....)).))....)))))))))))((((((.......(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).........))))))..((((.(((((....))))).))))......((((((..(((((((((.....))))..)))))(((((........)))))..((........)).)))))))))))))..)))))))..)))))......(((((....))))))))))))).))..((((....)))))))))(((((((((((((((((..((.(((((...(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))).))..)).....((......))...))))))))..)))).))).............(((((.....)))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...(((((.(((,{((((.(((((....))).)).))))))))..)))))...((((((.{,.((((((((,,..(((((((((((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((,.{....}}.))))).))))))))))..)))}})))).)))..((((,,...,,.)))))))...)).))))))))...))))))))).{(((((.{{....(((((..((((.(({((((({(((.((((((((((((..((((((.{((....))}(((((.{{((((((...}}})))).).))))).((((((.....(((((((((..(((((((((((.{,{{..((((((((((((((...}))))}}..(({.{,{|,|{{((((((.......)))))).,,..,||,}.),)}},)).)))))..})}))))))))))).))))(((((....))))).)))))(((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..))))))))))))...(((((((((((........(((((((.((.((((((((.(..(({...}))....(((((((((.{.(((...(.(((((.{,((((((.,...((((((((,..(((.....))).....))))))))...))))))....)))))}.)))).)))))))))..).)))))))))).)))))))........)))))))))))))))))..))))..)))))))).)))}.))))).,((((((((,...(((((.{{...((((((((((.....,(((.((((((((...))))))))..))).,.....)))))))))).....}}))))).....}.)))))))).....(((((((.....({.((((((({{{((((({..{{{.,(({(({....}.))),}}}},.,((.....)}))))))))))))))).)).|((((((((((......(((((((((((((((,,{{{{.........,{{{,......,((((.((((.((((..((((((((((((((({({(({....{(({.......,,,.....}}))}}}.}),)))))))))}..))))))..)))).(((((.((.(((.,,,,(((.,.(((.{{{{||,..}}||}})}},}}}))),)}))))).)))).)))).,,.|}}}}|{((((((...((({.,........).)))...))))))|((((..,.((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))).)}.))))))..}}))))}...||{(((((({,...))))))))|(((((((....))))))),......{({..,,}}|,,.,({.{((((......))))),))))))))))))}}))))))))))))))}))))))).,{|,,,...,},...(((((..(((.......)))..))))))).))))..))))))))))))),(((.(((((((((.((((({(((((......))))))))))...))))),,)))).))){(((....))))..))))))).......(((.((...(((((((((..((((.........))))))))))))))).)))(((((((,...{(((((((.....))))).))}{((((((...(((((..((((((.{{{(....)).,,.,}.)))))))))))((((((,..{{..(((((.(((((.{(,{...(((...(((....)))..)))...),}))))))))))).}}..,...)))))),,((({.(((((....))))),))))......((((((,{(((((((((.....))))..)))))|((((........))))}..,,........},.))))))))))))}..)))))))..)))))......(((({....})))))))))))).}}..{(((....)))))))))}|,{(((((((((((.,..,,.,,,{,{{.,(({,(((,.,|||,,|,.{{{{{(((((((.(((((((((...(((((..((((((...))))),)))))...)))))))))....))))))}......})))),})})))},,.)),})}..})}...)))))))}.})))).)),.............(((((,...,)))))..}))).
Back