Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400527.1

Sequence Length

2050 nt

GC Content

0.5576

AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGGACUACGUUGAUGCCCCAUUGAGCAUCCCCGACUUCCUGACUCACUCUCUGAACAUUGACUGGAGCCAGUAUCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGAGGAAGAGCCACUCAUCCUCUCCACAGAGUGUCCUCUGGAACCGGCCACAACCCUCAGAGGACCGCUUGCCUUCCCAGCAGGGGCUGGCGGAAGCCAGGUCUUCCAGCUCCUCUUCCUCAAACCAUUCUGAUAACUUUUUCAGGAUGGGUAGCAGUCCCCUGGAGGUCCCCAAACCCAGGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-796.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -831.37

Frequency: 0.0000

Diversity: 553.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........(((((.((((.((((.(((((....))).)).))))))))..)))))(((..(((((((((((((((((...(((((.(((((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((.......).))))).))))))))))..))).))))).)))..((((........)))))))...)).))))))))...))))))))).......)))))).......(.((((((((....(((((((((.(((((....))))).)).......)))))).).....)))))))).)))))).....)))))).).))))))))))..)))........(((((.....(((((((.....(((....)))...))))))).......)))))((((((....((((((((((((((..(((.((.((((........(((((((((((((((((((....((.(((((((((.(((((...(((..((.(((......))).))))).(((.....))))))))))))))))).)).))))))))((.......))((.((((...)))).)).........)))))).))))))))).)))))..))...........((..(((((...((..(((((........)))))..))...)))))..))....(((.(((((((((((....)))..)))))))).)))(((((((((..........(((((...(((((....)))))...))))).((((((((((.((.((.(((.((.((((.((((((.....((((((((...(((.(((..((((...........((.(((((..((((((((((...((((..........).)))...))))))).)))....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))...(((((((...((((((((((......))))))(((((((....))))))).......(((....)))(((.((.(((((......))))).)))))....((((((...((.((((((((......((((((((..........((((.((.....(((((.((((....((.(((((((((((((((...(((((........)))))((((((.((......))))))))....(((.(((((...((..((((((.((((.(((((((((......))).))).((((((.(((...))).)))))).(((...))).))))))).))))))..))..))))).)))..))).)))).........)))))))).))..))))))))))))))).(((((((......(((((((((........)))))))))..(((((.(((((((.(((.((..........(((((((((..((((.........)))))))))))))..((((((((((((.....))))).....))).)))).(.((((((..((((....))))..)))))).).)).))).))))))).)))))((((((.......(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).........))))))..((((.(((((....))))).))))......((((....)))).)))))))..))))))))...(((((........)))))..)))))))).))....))))))))))...))))))))))))))))))..)))...)))....))))))))....)).)))))))).))))))))))))))))))).((((.((..(((((...(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))).)).)))).....)))))).)))..))))))))))))...................(((((.....))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((...(((((.(((,{((((.(((((....))).)).))))))))..)))))...{(((((.{{.((((((((,...(((((...(((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((,.{....}}.))))).))))))))))..))),})))).)))..((((,,...,,.)))))))...)).))))))))...))))))))).{((((((((((((((((((((((..(,(({({(({,,,,}}},.}}}}...{((((((((((((((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..))))))..,{{{{{(((.,..|||{((((((.....(((....)))...))))))|,....,{{||({(({..,,,,.,||.{{{|||||...||||{{{{((({....,.,,..}}},,}))))||{{{|,....{{,||||{{||,{|{|{||..|||..{{,|||,,.}|,||}|||,||.{((.....)))})))))))))))))})).|((((((((((......(((((((((((((((.((((,.....{{.(((((,....,{{{({{..(((((((.......(((....|||,,....,.}||,||}}..,}}.})))}}}))}}}))))|{{|{.{{{(((.(((((((((((....))),.}))))))).)))...{(((,......,,,..(((((...(((((....)))))...))))).,{{||{{,{{{{{,((,{{{.||}||{|,|||||,,||,|{{{,|||{|,,||{,,,}},,||}},},,|||,,|||,|||,,,|||{(((((((...((({.,........).)))...))))))){{{|....((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))).)}.))))))..}})}))}...|||((((((({...,}})))))|(((((((....))))))),......,,,.}}})))}}..((.(((((......))))).))))))))))))}}))))))))))))))|{{{{..,.,.}})).......)))))))))))}..,(((((.((((....((.(((((({{(((((((...{((((........))))|((({(((((......))))))))}...(({.(((((..{((,.((((((.((((.(((((((((......))).))}.((((((.(((...))).)))))).{{{...}}}|))))))).))))))..),..))))).)))..)))}})))...,.....)))))))).))..))))))))))))))}..)))))},))}..(((((((((........)))))))))..........(((((.(,........})))))(((((((((..((((.........)))))))))))))..}))))))))))))}.{(((((((.....))))).))}{((((((...(((((..((((((.{{{(....)).,,..,.)))))))))))((((((,..{{..(((((.(((((.{(,{...(((...(((....)))..)))...),}))))))))))).}}..,...)))))),,((({.(((((....))))),))))......((((((,{(((((((((,....)))),.))))}|((((........))))}..,,........),.))))))))))))}...,,))))..)))))..,...(((({....})))))))))))).,}..{(({....))))))))))|{{{{{{{{({(((,,..,,.,,,{,,,.,((,{(((,.,|||,,|,,,,{,{(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))})))))...)))))))))....))))))}......})))),))})))),,.)),))},,})},..)))))))}.})))).}},.............(((((,...,)))))..}))).