Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400534.1
Sequence Length
2376 nt
GC Content
0.5602
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACGUUUGAGAGUACCGUACAGGUGAGCAAGUUGCAAGACCUCAUCCACCGCAGCAAGAUGGCCCGGUGCAGAGGACGGUUUGUCUGCCCAGUAAUCCUGUUCAAGGGCAAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGGACUACGUUGAUGCCCCAUUGAGCAUCCCCGACUUCCUGACUCACUCUCUGAACAUUGACUGGAGCCAGUAUCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGAGGAAGAGCCACUCAUCCUCUCCACAGAGUGUCCUCUGGAACCGGCCACAACCCUCAGAGGACCGCUUGCCUUCCCAGCAGGGGCUGGCGGAAGCCAGGUCUUCCAGCUCCUCUUCCUCAAACCAUUCUGAUAACUUUUUCAGGAUGGGUAGCAGUCCCCUGGAGGUCCCCAAACCCAGAUCAGUGGACCAUCCCCUGCCCGGAUCCUCUCUCUCCACAGACUAUGGCAGCUGGCAGAUGGUAACGGGCUGUGGCAGUAUUCAGGAGCGGGCUGUCCUGCACACAGACUCCUCUCUCCCUUUCAGCUUCCCGGAUGAGCUCCCUAACAGUUGUCUGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-913.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -957.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 693.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...(((((.((((.((((.(((((....))).)).))))))))..)))))....(((((.((.((((((((....(((((...(((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((.......).))))).))))))))))..))).))))).)))..((((........)))))))...)).))))))))...))))))))).(((((((((((((((....(((....)))((((((((((((..(((((....)))))..(((.(((((((((((((.((((((((..((....)).)))))))).....)))))))..))))))))).(((..((((((.(((((.((....(((((...((((((....(((.(....(((((...............)))))....).)))))))))..((((((((((((((((((((....((((((...((((.((((((((..(((((.(((((((.(((((.(((((..((((((((....(((((.((...((((((((((......(((.((((((((...))))))))..))).......)))))))))).....))))))).......)))))))).....((((((((....((.(((((((((.(((((...(((..((.(((......))).))))).(((.....))))))))))))))))).)).))))))))(((..(((((.(((.((.....(((.(((......((.(((((.....(((.(((..(((((((.......(((....)))........))).))))..)))..))).)))))))))))))..((((.(((.(((((((((((....)))..)))))))).)))...))))............(((((...(((((....)))))...))))).((((((.......((((.....))))...)))))).)).))).)))))..))).....))))).))))))))......((((........))))....)))))))))..))).)))))...)))).(((((....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))....)))))....((((((((((......))))))(((((((....))))))).....((((((.(((.(..((((((((((......)))).(((((((((...((((((((((((.((.((((....(((((..(((.(((.(((((((......((((...((((.....))))...))))..))))((((.......))))))).))))))..))))))))).(((((((((((((..........)))))))...))))))...(((((((......))).))))((((((.(((...))).)))))).....(((((((((((((....((......)).)))))))).))))).)).)))).....))))))))(((((......))))).....)))))))))...(((((((((........))))))))))))).))..))))))))))))))....(((......)))((((((...((((.(...((....(((....)))....))...).))))))))))))))))))).))))).........)))))))))))).....)))))..)).))))).)))))).))))))))).))))))....(((....)))(((((((((..((((.........))))))))))))).))))))))))))))).((((((((.....))))).)))(((((((...(((((..((((((.((((....)).))....)))))))))))((((((.......(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).........))))))..((((.(((((....))))).))))......((((((..(((((((((.....))))..)))))(((((........)))))..((........)).))))))))))))).....))))..)))))......(((((....))))))))))))).))..((((....)))))))))(((((((((((((((((..((.(((((...(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))).))..)).....((......))...))))))))..)))).))).............(((((.....)))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...(((((.(((,,((((.(((((....))).)).))))))))..)))))...((((((.{{.((((((((,...(((((...(((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((,.{....}}.))))).))))))))))..)))}})))).)))..((((,,...,,.)))))))...)).))))))))...))))))))).(((((((((((((({.,,.{{(..,,|}}(((((((((((({.(((((....))))).}|{{.(((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..)))))),}|.(((..((((((.(((({.{(,,.,{{{{{.,,((((({....{({.{,{..((({{..,.,,,,...,.,,|}}||....}.))})))))}.|||||||||||{((((((({(,.,{(((,,{,..,||{||{|||||({{,..,,,|||||||}||||{.((((({.(((({((((,.{({{,(,{{,,.((((((((((.....,(((.{(((((((...)))))))}..))).......))))))))))...|,||||}}}.....}.}}}})}}}..,,,((((((((....((.(((((((({{((((({..{({.,(({(({....,.))),}}}},.,((.....)}))))))))))))))),)}.))))))}|(((.,{{{{{,((,{((,...,||}.||,.......|}|||||}},,,.||}|||..(((((((.......(((....)))........))).))))...,}.)))),,))},)))))))},}|,||}|((.(((((((((((....))),.}))))))).))},{{{(({{,.....{,{..(((((...(((((....)))))...))))).,,,|||.....{{((((..{{{,|||{{{|,||,|{||{|,|{||||,..|||,,,..|||||{||||||||{||||}|||,..,,,,{((((((...((({.,........).)))...))))))|{(((....((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))),)}.))))))..}}))))),..}||||{|||||....,,}}}}}{(((((((....)))))))}.....,{{{,{{({{(....||,|||{|,.,...}})))|||||,|{|}}}|||||||,}}}}}},})(((.({.{(((,.,,.({(((((..(((({{(.({.((({{{(,(({{{..,,,|,,,||,|{{{{{{(,,,,{{{{..}|,,.,||}||((({(((((......))))))))}}..{|,.{{{{{..{{({{((((({.{{{{,,{(((((((......))).))),((((((.(((...))).)))))).,,,.,,|||{|||||||.,,,||,..,..,)})))})))},}))}}}}}.,,||.,,.|}}}|||||||,,|},}}|,}},))))}}})})},))}}...(((((((((........)))))))))..,},}},,},}}||||||||,|....,,,.....},)))}}.}}}.)))))))).})}}.}}}}}|,..,.....,}}})))..))))))),,..)))),)).))),)}},,}}}.})),,)))))),)))}).))))})))),))))).)))))),))})))))).))))))....||{...,))}(((((((((..((((.........))))))))))))).})))))))))))))).{(((((((.....))))).))}(((((((...(((((..((((((.({((....)).,,..,.)))))))))))((((((,..{{..(((((.(((((.{(,{...(((...(((....)))..)))...),}))))))))))).}}..,...)))))),,((({.(((((....))))),))))......((((((,{(((((((((.....))))..)))))|((((........))))}..,,........),.)))))))))))))...,,))))..)))))......(((({....})))))))))))).,}..((((....)))))))))}|,{(((((((((((.,..,,.,,,,,{{.,(({,(((,.,|||,,|,.{{{{{(((((((.(((((((((...(((((..((((((...))))),)))))...)))))))))....))))))}......})))),})})))},,.)),})}..})}...)))))))}.})))).)),.............(((((,...,)))))..}))).
Back