Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400540.1
Sequence Length
2187 nt
GC Content
0.5583
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACCACAUUUGCAGGUCGGCCACACUGGCUGGAUGGGGAGAGCUGUAUGGACGCUCAGGCUACAACUAUUUUUUCUCAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGGACUACGUUGAUGCCCCAUUGAGCAUCCCCGACUUCCUGACUCACUCUCUGAACAUUGACUGGAGCCAGUAUCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGAGGAAGAGCCACUCAUCCUCUCCACAGAGUGUCCUCUGGAACCGGCCACAACCCUCAGAGGACCGCUUGCCUUCCCAGCAGGGGCUGGCGGAAGCCAGGUCUUCCAGCUCCUCUUCCUCAAACCAUUCUGAUAACUUUUUCAGGAUGGGUAGCAGUCCCCUGGAGGUCCCCAAACCCAGGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-853.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -890.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 458.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((.(((((.((((((((((((.((((....)))).))))).))).(((((.((((((((((.(...).))))).)))(((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((.......).))))).))))))))))..))).))))).)))..((((........)))))))...)).))))))))...)))))))))...((((((((((.((.(((.......))).)))).))))))))(((((....)))))..((((........))))...(((((((..((....)).)))))))((((((.((((.((((((((((((((..(((((....(((((.....(((.........)))((((((...))))))...(((((((((.((((((.((((..((((....((((((((((..((((((((((..(.(((((...(((((((((...((((((((.(..(((((......)))))....).)))))...........(((((.(((..(((((..............)))))...)))))))))))...))))))))).((((....((.....))....)))).......))))).).))).)))))))..))))))))))....)))).)))))))))).).))...)))))))))))((((((.(((....((.((((...)))).))........))))))))).......)))))...))))))))).........))))).)))).)).)))).......)).))))).....)))))))))..))))).))....)))))))))....(((((((.(((((((.(((.......)))..(((((...(((((....)))))...))))).((((((((((.((.((.(((.((.((((.((((((.....((((((((...(((.(((..((((...........((.(((((..((((((((((...((((..........).)))...))))))).)))....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))...(((((((...((((((((((......))))))(((((((....))))))).......(((....)))(((.((.(((((......))))).)))))....((((((...((.((((((((......((((((((..........((((.((.....(((((.((((....((.(((((((((((((((...(((((........)))))((((((.((......))))))))....(((.(((((...((..((((((.((((.(((((((((......))).))).((((((.(((...))).)))))).(((...))).))))))).))))))..))..))))).)))..))).)))).........)))))))).))..))))))))))))))).(((((((......(((((((((........)))))))))..(((((.(((((((.(((.((..........(((((((((..((((.........)))))))))))))..((((((((((((.....))))).....))).)))).(.((((((..((((....))))..)))))).).)).))).))))))).)))))((((((.......(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).........))))))..((((.(((((....))))).))))......((((....)))).)))))))..))))))))...(((((........)))))..)))))))).))....))))))))))...))))))))))))))))))..)))...)))....))))))))....)).)))))))).)))))))))))))))))))((((..((((........(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))..))))))))).)).)))))))......(((.((((((...((((.................))))..)))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...(((((.(((,,((((.(((((....))).)).))))))))..)))))...{(((((.{{.((((((((,...(((((...(((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((,.{....}}.))))).))))))))))..))),})))).)))..((((,,...,,.)))))))...)).))))))))...))))))))).(((((((((((((((((((((((..(.(((({({{,,,,}}}..}}}}...{((((((((((((((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..)))))).......{(((....,||}|.......,|.....,,{{||{((((({...})))))|..(((((((((.((((((.((((..((((....((((((((((..((((((((((..{.(((((...(((((((((...(((,,,{{.({((((.,.....)))))){{.{{{||,,,.,,|,|,....((((.,(((..(((((..||..........)))))...}))))))})))...))))))))).((((..,.{(.....})....)))).......))))).}.))),}))))))..))))))))))....)))).)))))))))).).}}...))))))|((((((((((......(((((((((((((((.((((,.....{(.(((((.....,{{{({{..(((((((.......(((....)))......,.})).))))..,}}.}))),}})))})))))|{{{(.(({(((.(((((((((((....))),.}))))))).)))...{(((,......,,,..(((((...(((((....)))))...))))).,{{|||,.{{{{,,(({{,,.,}}}|||,|,|||,|||,|{|{.,||||,,|||,,,}}},}}}}}}}}||||,||}}|||.,||||,(((((((...((({.,........).)))...))))))){(((....((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))).)}.))))))..}}))))}...||||{((((({...}}})))))|(((((((....))))))),......,,,.})))))}}..((.(((((......))))).)))))))))))),}))))))))))))))|((((......)))).,.}}},)))))))))))}..,(((((.((((....((.(((((({{(((((((...{((((........))))|((({(((((......))))))))}...(({.(((((..{((,.((((((.((((.(((((((((......))).))}.((((((.(((...))).)))))).{{{...}}}|))))))).))))))..),..))))).)))..)))}}))).........)))))))).))..)))))))))))))))..)))))}})))..(((((((((........)))))))))..........(((((.(.........))))))(((((((((..((((.........)))))))))))))..)))))))))))))).{(((((((.....))))).))}(((((((...(((((..((((((.({((....)).,,..,.)))))))))))((((((,..{{..(((((.(((((.{(,{...(((...(((....)))..)))...),}))))))))))).}}..,...)))))),,((({.(((((....))))),))))......((((((,{(((((((((.....))))..)))))|((((........))))}..,,........),.)))))))))))))...,,))))..)))))......(((({....})))))))))))).,}..((((....)))))))))}|,{(((((((((((.,..,,.,,,,,{{.,(({,(((,.,|||,,|,.{{{{{(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))})))))...)))))))))....))))))}......})))),})})))},,.)),})}..})}...)))))))}.})))).)),.............(((((,...,)))))..}))).
Back