Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400546.1
Sequence Length
2040 nt
GC Content
0.5569
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACGUUUGAGAGUACCGUACAGGUGAGCAAGUUGCAAGACCUCAUCCACCGCAGCAAGAUGGCCCGGUGCAGAGGACGGUUUGUCUGCCCAGUAAUCCUGUUCAAGGGCAAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGGCUGUGAAUUUUUCAAGGAAUAUAAAGAUCGGGAUUACAUGGCAGAAGGGCUCAUAUUUAACUGGAAGCAGGACUACGUUGAUGCCCCAUUGAGCAUCCCCGACUUCCUGACUCACUCUCUGAACAUUGACUGGAGCCAGUAUCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-780.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -818.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 628.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...(((((.((((.((((.(((((....))).)).))))))))..)))))....(((((....(((((((((((..((((((.....(((((.((((((.........)))))))))))))))))......)))..)))))).))(((((((((((((.(((((((((((((((.(.((.....(((..(((.(((((((((((......((.((((...(((..(((((..((((((((((.((.(((.......))).)))).))))))))(((((....)))))(((((((((((((((((((.((((((((..((....)).)))))))).....)))))))..)))))).......((((.......))))...))))))..))))).)))....((((((...(((....)))))))))..)))).))....))))))))))).)))..))).....)).)))))))..((((((....(((..((((.(((..(((.......((.(((((.((.((((((((((((....(((((.((...((((((((((......(((.((((((((...))))))))..))).......)))))))))).....))))))).......))))))))......(((((((....((.(((((((((.(((((...(((..((.(((......))).))))).(((.....))))))))))))))))).)).)))))))((((.(((....((.((((...)))).))........)))))))....((((((..(((((((((.........(((.((((((.......((.(((((((((.((....((((((.(((((.......(((.(((((((((((....)))..)))))))).)))..((((((...........(((((...(((((....)))))...))))).((((((.......((((.....))))...))))))...((..(((((((((((..((..((((((((.(((((.(((.(((....((((((((((...((((..........).)))...))))))).)))....((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))..))).)))...)))))((((((......))))))(((((((....)))))))........((.(((.((....)).))).)).((((.((.((((...(((((.((..(((.(((.(((.((((((......)))).........(((((..(((.......)))..))))))).))).))).))).)))))))))))))))))))))))))...(((((......))))).((((((....))))))...))..)))))))))))..))))))))..))))).)).))))(((((((((..((((.........)))))))))))))..((((((..((((.....))))))))))....)).))))))))).))((((....))))(((((.((((((((...))))))))...))))).(((...))).(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).))))))))))))......))))))))).........)))))))))..............))))))(((((((((((.....))))..)))))))..........)))))))))))))........))).))).))))...((...))...)))...))))))))))))))).)))))).))))))).((((....)))))))))(((((((((((((((((..((.(((((...(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))).))..)).....((......))...))))))))..)))).))).............(((((.....)))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...(((((.(((,{((((.(((((....))).)).))))))))..)))))...{(((((....(((((((((((..((((((.....(((((.((((((,,,......)))))))))))}})))),..,,,)))..)))))).}}(((((((((((((.(((((((((((((((.(.((.....(((..(((.(((((((((((......((.((((....,((,{(((.......))))}}..{,.((.{{(..(((({,{((({{{{,|({.,,((,,{,.||||(((((((((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..)))))).......((((....,}})},....)))))),})}))),,,)}...)))|}|}.,}}).)..)))))).))}.)))).))....))))))))))).)))..))).....)).))))))}..((((((....(((,{(((({((({{..{,,,...(((.(((((.(({((,,((((((((,...(((((.{{...((((((((((.....,(((.{(((((((...))))))))..))).,.....)))))))))).....}}))))).....}.)))))))).....((((((((....((.(((((((({{((((({..{({.,(({(({....,.))),}}}},.,((.....)}))))))))))))))),)}.))))))}|(((.{(({({.(({,((.....||}.||,......,|,|||||,,..{{(({(,,,,(((((((.......{{(,..,|||,,....,.}||.||||,,|||.||},.}||||||}|||||..{,,,.(((.(((((((((((....))),.}))))))).)))..,||||,...........(((((...(((((....)))))...))))).((((((....,..((((,...})))),},)))))).,},|}},||||||||||..,,.}||||,|||}}||||,|||}|||}.,}|||(((((((...((({.,........).)))...))))))).|}|....((((((..({((((.((...((........)).,.)).)))).)}.))))))..,||{|||{...|||{((((((......)))))|(((((((....))))))),......{((.,,{|||,,,.||.|||,|,.||,||||,||||||,,.,.{(((((,..{({({((((({,,,,..{{{{||||.,..,{,,.{((((..{({...,,..}||..}}}}}}},|,,,}}}}|||}}}{{||}||||,|||||||||,|||{{,(((((......)))))}||||{..},}))}}))}).))}}}}))))|||||,{|||||||,..||,))||}|)}||(((((((((..((((.........))))))))))))).,{{{|{{,,(((({,.,,||||||,,,,.}}})).))),)))))|,,{((({{..||||(({({{({,{{{|{...}}})))))}}}))))).||,...})),{((((.(((((.{(,{...(((...(((....)))..)))...).,})))))))))).,....}}}})))}}..{{{,.,,|||},,,))}}}.}}}}......}}))}),|||||{{{||},,,.))))}}))},,|((((........))))),.})))))}).},..,.)))))}))))...))))}))..,)))...))))))))))))))).))))))}})))))).{(((....)))))))))}|{((((((((((((.,..,,.,,,,,{{.,(({,(((,.,|||,,|,.{{{{{(((((((.(((((((((...(((((..((((((...))))),)))))...)))))))))....))))))}......})))),})})))},,.)),})}..})}...)))))))}.})))).)),.............(((((,...,)))))..}))).
Back