Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400548.1
Sequence Length
2074 nt
GC Content
0.5661
AGGUUCUAGUGUCGGAGUUGGGUGCAGGCAGGUGCCAUGGGCCCGCUUGAGGCACACUGAGGGGACGCGGGGCUGGGCCAUGGCCGGCGCUCGGGCCGCCGCCGCCGCUGCCUCGGCGGGGUCCUCGGCCUCUUCAGGCAACCAGCCGCCUCAGGAGCUGGGGCUUGGGGAGCUGCUGGAGGAGUUCUCCCGGACUCAGUACCGGGCCAAGGAUGGCAGCGGGACCGGCGGCUCUAAGGUUGAGCGCAUUGAGAAGAGAUGUCUGGAGCUGUUUGGCCGAGACUACUGUUUCAGCGUGAUUCCAAACACGAAUGGGGAUAUCUGUGGCCACUAUCCCCGGCACAUCGUGUUCCUGGAGUAUGAGAGUUCUGAGAAGGAGAAAGACACGUUUGAGAGUACCGUACAGGUGAGCAAGUUGCAAGACCUCAUCCACCGCAGCAAGAUGGCCCGGUGCAGAGGACGGUUUGUCUGCCCAGUAAUCCUGUUCAAGGGCAAGGGGGUGCAGAUGAUGCCUGGGCAGAUGUGGAGGACGUCACGGAGGAGGACUGUGCUCUUCGAAGUGGUGACACGCAUCUUUUUGAUAAGGUCAGAGGCUAUGACAUCAAGCUGCUUCGAUACCUGUCAGUCAAAUACAUCUGUGACCUGAUGGUGGAGAACAAGAAGGUGAAGUUUGGCAUGAAUGUAACCUCCUCUGAGAAGGUGGACAAAGCCCAGCGCUAUGCCGACUUCACUCUCCUCUCCAUCCCGUAUCCAGUGUUGGGAUCUGGUGCAACAAACACAAAACUACCUGAAGCUGCUGCUUUCCUUAGUUAACAGUGAUGAUGACAGCGGGCUGCUGGUACACUGUAUCUCAGGCUGGGAUCGGACCCCCCUCUUCAUCUCCCUCCUGCGCCUUUCCUUGUGGGCUGAUGGGCUCAUCCACACGUCCCUGAAGCCCACUGAGAUCCUCUACCUCACUGUGGCCUAUGACUGGUUCCUCUUCGGGCACAUGUUGGUAGAUCGGCUCAGCAAAGGGGAGGAGAUUUUCUUCUUCUGCUUCAAUUUUUUGAAGCAUAUUACCUCCGAGGAGUUCUCUGCUCUGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGUUUGCCAGCCCGGGAUGGAGGCUUCACCCUGGAAGACAUCUGCAUGCUGAGACGAAAGGACCGUGGCAGCACCACCAGCCUUGGCAGCGACUUCUCCCUGGUCAUGGAGAGUUCCCCAGGAGCCACUGGGAGCUUCACCUAUGAGGCCGUGGAGCUGGUCCCAGCAGGAGCGCCAACUCAGGCAGCUUGGAGGAAGAGCCACUCAUCCUCUCCACAGAGUGUCCUCUGGAACCGGCCACAACCCUCAGAGGACCGCUUGCCUUCCCAGCAGGGGCUGGCGGAAGCCAGGUCUUCCAGCUCCUCUUCCUCAAACCAUUCUGAUAACUUUUUCAGGAUGGGUAGCAGUCCCCUGGAGGUCCCCAAACCCAGGCUUGCAGCCCUGAGUGAUCGAGAGACUCGGCUGCAGGAGGUGCGCUCAGCCUUCUUGGCUGCGUACAGCAGCACAGUGGGGCUUCGGGCAGUAGCCCCCAGUCCUUCCGGUGCCAUCGGGGGCCUGCUGGAGCAAUUUGCCCGUGGUGUUGGACUCCGGAGCAUCAGCAGCAAUGCCUUGUGAAGAAGCCAGCCCAUGACAUUUUCCUGCUCCUCUCUCAGCUGAGCCCUUAGCAGAGAAUCAAAGCCAUGCCUGGCCGAAGGGGUACUUCCAGGUCAGGGGAAAUUUCAGUCCCCCAUCUCCAUCAUGAACAUGGCAGCCCCAAAGCUGAGCAAGGCCAAAGACAGGGUUUUCCAACCCCCAGCCUCUUGACUGGUGACCACCACCCCUUCUUGUCACUGUCUCCCACCCACCCCAUCUUUGCUGGGAUUCCCAUCAACUCUCAGAACUGUGUGGGGUUUCCCUGGGGCCUUGUGGAAGCCAUGACUUCACAAAGACCCUACCUGUCAGUUCUUGUUUCUGGGGAGGAGGGAUCACCUGCACUGAGAAUGAGGCAGUUUGACACAGAUCACAAAAUAAAAUCAAAGUCUUUUUGAAUAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-822.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -859.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 584.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...(((((.((((.((((.(((((....))).)).))))))))..)))))....(((((....(((((((((((..((((((.....(((((.((((((.........)))))))))))))))))......)))..)))))).))(((((((((((((.(((((((((((((((.(.((.....(((..(((.(((((((((((......((.((((...(((..(((((..((((((((((.((.(((.......))).)))).))))))))(((((....)))))(((((((((((((((((((.((((((((..((....)).)))))))).....)))))))..)))))).......((((.......))))...))))))..))))).)))....((((((...(((....)))))))))..)))).))....))))))))))).)))..))).....)).)))))))..((((((....(((((((((((((((..((.....(((.(((((.(((((..((((((((....(((((.((...((((((((((......(((.((((((((...))))))))..))).......)))))))))).....))))))).......)))))))).....((((((((....((.(((((((((.(((((...(((..((.(((......))).))))).(((.....))))))))))))))))).)).))))))))(((..((((((..((((((.(((((...............((((...((((((((...((.(((........))).))...)))).))))...))))))))).)))))).))))))..))).....))))).))))))))))))))))))..))))(((((((...((((..........).)))...)))))))........((((((..((((((.((...((........))...)).)))).)).))))))...(((((((...((((((((((......))))))(((((((....))))))).......(((....)))(((.((.(((((......))))).)))))....((((((...((.((((((((......((((((((..........((((.((.....(((((.((((....((.(((((((((((((((...(((((........)))))((((((.((......))))))))....(((.(((((...((..((((((.((((.(((((((((......))).))).((((((.(((...))).)))))).(((...))).))))))).))))))..))..))))).)))..))).)))).........)))))))).))..))))))))))))))).(((((((......(((((((((........)))))))))..(((((.(((((((.(((.((..........(((((((((..((((.........)))))))))))))..((((((((((((.....))))).....))).)))).(.((((((..((((....))))..)))))).).)).))).))))))).)))))((((((.......(((((.(((((.((.(...(((...(((....)))..)))...).)))))))))))).........))))))..((((.(((((....))))).))))......((((....)))).)))))))..))))))))...(((((........)))))..)))))))).))....))))))))))...)))))))...)))...))))))))))))))).)))))).))))))).((((....)))))))))(((((((((((((((((..((.(((((...(((.((((...)))).))).....(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))))))))...)))))))))....)))))))......))))).))..)).....((......))...))))))))..)))).))).............(((((.....)))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...(((((.(((,{((((.(((((....))).)).))))))))..)))))...{(((((.,,.(((((((({,,.{((((...(((((((((((((...(((((((({{{{{(((,((((({((((((((((((..(((((|.|,...||.))))).))))))))))..))}||}))).}})..((((.{...||.)))))}}...}}.))))))))...)))))))}|.{(((((((((((((((((({(({..,,{{(((((((...{(({(((((....}))}}{((((((((((((((((((.((((((((..,{....,}.)))))))).....)))))))..)))))).......((((.....},),,....)))))},,},,,{{((,....)))},{{,.,,|}}..|,||||.,,{{|||,.||....,,)),))))),.)))}.}||{{..{{{(|||{{{..{((((((..{{(((((((((((((((..,,.....(((.(((((.(((((..((((((((,...(((((.{{...((((((((((.....,(((.((((((((...))))))))..))).,.....)))))))))).....},))))).....}.)))))))).....((((((((....((.(((((((({{((((({..{({.,(({(({....,.))),}}}},.,((.....)}))))))))))))))),)}.))))))))(((.,((((((.{((((((.{((((...............((((.{.((({{(((||,{{.{||,|,...,,})}.}}.,.})))},,)),}.))))))))).)))))),)))))),,))).....))))).))))))))}}))))))),.,||||(((((((...((({.,........).)))...))))))).}}}.{{{(((,,,..,.(((({((...,,..{{{{{{,,...||{|||,{|{{||,,||{{{((((,((...(((((((((,...})))))))|(((((((....)))))))......,((({{{(|{(,...||.|||,|..{{,{|{{.|(({|{,{,{,{(((({{,{{(((,((({({{{{{..,,,|)}||....,,.,.{((((..{{{...,,..}||,,}}}},}}.}||,}}}})))})}|,}}}}}|}}}}}}}..}}))|||{,(((((......)))))}|||{{,.,,.})}}}}.}},)))}}})))}))))}.(((((((......))).)))}((((((.(((...))).)))))).......)))))),,,))})))))))))}....,,)))))}}),))))))}}...}}}})))))))))))},))),))))}}}))))}})))))}}))}..(((((((((........)))))))))..........(((((.(,,.......})))))(((((((((..((((.........)))))))))))))..}))))))))))))}.,{((((((.....))))).))}{((((((..,((({{..{{||((,{{{(....)).},..},)))))})))))((((((,..{{..(((((.(((((.{(,{...(((...(((....)))..)))...),}))))))))))).}}..,...)))))),,((({.(((((....))))),))))......((((((,{{(({{{{{(,,,..)))),,))}}}|((((........)))))..,|.,......}..))))))))))))}..,}}))))..))))}..,...{(({|....))))))))))))).}}..((((....)))))))))}|,((((((((((((.,..,,.,,,,,{{.,(({,(((,.,|||,,|,.{{{{{(((((((.(((((((((...(((((..((((((...)))))})))))...)))))))))....))))))}......,)))),})})))},,.)),})}..})}...)))))))}.})))).)),.............(((((,...,)))))..}))).
Back