Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400857.1
Sequence Length
2734 nt
GC Content
0.3588
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGCAUUGCAGGGGGUCAAAUACUGUCAGUGAUAAAGAUGCAACUGAUUAAAGGCCAAAACAGCAGGGAUCCUUUUUGCAAAGCAAUAGAGGAAGUUGCUCAGGAUUUGGAUUUGAGGAUUAAAAAUAUUAUCAAUUCUCAAGAAGGUGUUGUAGCUCUUAGCACCACUGACAUCAGUCCUGCUCGGCCAAAAUCUCAUGCCAUAAACCAUGGUACUGCAUACUGUGGCAGAGAUACUGUGAAAGCCUUAUUAGUUCUUUUGGACGAAGAAGCAGCUAAUGCUCCUACCAAAAACAAAGCAGAGCUUUUAUAUGAUGAGGAAAACACAAUCCAUCAUCAUGGAACGUCUAUUCUUACACUUUUUAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAUGAAGCAAACUUUAAUUAGAUCCCAAUUUGCUUGUACUUAUAAAGAUGACUACAUGAUAAGCAAGGAUAAUUGGAAUAAUGUUAAUUUAGCAUCAAAGCCUUUGUGUGUUCUUUACAUGGAAAAUGACCUUUCUGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-666.81 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -723.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 751.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((.((.((((((((((((((((((((((((..(((((....))))))))))))).....(((((.....)))))(((.....)))............)))))).((((((((...(((((...))))).)))))))).............((((((.(((((((((....(((((((((((((......((((((((..(((((.(((((.(((..((((.((.....((........))......)).)))))))(((((((..(((((.....)))))...........)))))))((((....((((((....(((....)))..))))))....))))(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))......))))).)))))..........))))))))........((((((((...(.((.((((...(((.(((.....(((((..(((((((((.........)))))))))..)))))......))).)))..))))))))))))))).......((((((............))))))....((((.....(((((((((((.(((((...((((((.......)))))))))))...)))))((((((((............))))))))....(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))...(((((.(((((((....(((......)))..))))))))))))................)))))))))))))))))).)))))))))).((((((.((((((((..((((((.......((((((((((........))).)))))))(((...((((.............))))..)))((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((...((((((.(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).)))))).....(((((.((((((......(((...((.((((((.....((((..((....(((((..(((((((((((((((((((.......(((...)))....(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))........))))))))))))).((.((((....((((.(((((....)))))))))...))))))..(((....))).....)))))).)))))....))..)))).)))))).)).....)))......)))))).)))))...((((((((..(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))((......))(((....(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))....))).....(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......)))))))......))))))))..............(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))..)))))).)))))))...))))).....))))))))))))))(((((....))))).((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))..(((.((((....)))).)))......((((.....)))).....))))))..)))))))).................(((((....)))))))))))...(((((((((.......)))))))))((((((.(((.....))))))))).............)).)))))))))).........((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((.(((((.{(.(((((((((((((((((((((((({.{((((....)))))))))))))...,,(((((.....)))))||{.....}},............)))))).((((((((...(((((...))))).)))))))},{{{,,,......((((((.(((((((((,...{((((((((((((......((((((((..(((((.((((({((({{((((,((,,...,|...,,,,.}..,,...||,|}}}}.}||||{,{,{((,{....,,})},}...,,,,,,{{,|||||,..{({{...)}}).,,)))}},|,{{{{{...{{{{,..,{.{{((,,,,,||||,|||||||..}}}}),}}.||},,.,}},....((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...}|||},,}}}))..,...))))).)))))..........))))))))........{,(((({{.,|,,,...,,|.}}|||||{(((((((((..{((((...}}))}.}))))))))}}}}}},|{((.......))},.(((..((...))..))),,........((((((............))))))....((((.....((((((,,((({({((((..,||||,,}}}},.}}}}}},|}}}...}}}|{((((((((............))))))))}...(((((((.......))))))){(((....)))))))))).))))...(((((.(((((((....(((......)))..)))))))))))).,}}},...},,,...)))))))))))))))))),}))))))))),{{{{{{.((((((((..((((((,..,..,((((((((((........))).)))))))|{{,..,,{,.,,..........}}}},.,,,((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((...{(({((.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).,.})))))....,(((({.,,||||}|....,{{{{({(((({,,,.}}}}}}}}...,.,((({{{{{||||{,{...((((..(((((.....,)))))..))))..{{{(((({....(((({..,{||||.....}..,..|{|.......}}}......,,.,))}},,}))})},.....}}}}}}}....|||,,,,|{{||||||||(({((((,...,{{{.(((((....)))))}}||,..}}}}||,..,,....,||{|{{,,...,,..{{{{((....))))}.,||..{{{.{{{{..|||,,.,,,||||{{,||||{,..,,{{,,....{{{((((,{{((({.{((((((({.||,,...,))})))))))}.,||||}|.,,{({(({,,{{{(((({{{{{{(({,,,.((((((((....))))))))........,,|||,|,(({{{...|}}}}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{{|||||||||{{.{(({(,(((((|.,|||}}}},,}},,|||||,||,.....,.(((({((((({...}))))))..)))}..|,{||||,,||,.,.,||,{{{,,|},||,,,|||},||,||}}.,}}}},.,,,,||,...,,.}}}}))}},|||||||||.||}}}||(((.....,,,||},}.{((((((.,,.{(((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)},}))).)))))...))..)))))))),.))))))}}.)))))))....}}},,,,.|||{{{{.......{{{{{{.,,,,........,|,,,,||{|,,.})),,||)}||||}}}......||}||||.}}},.}},)))}))}}}..........||||}|||{,{,,,,|{|||...|(((({{.|{,||,,||},,,|,,||||||||....{{{{|,,.|,,|||,,,,))),}},},))))},,)))))))),,}},})},,}}}},,}}}}}},}))))))),))},,..{{{{,,,...}))).}))))).,)))))).)))))))...))))).....)))))))))))))){((((....))))}.((((((((.{(.((.((.((((((((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,})})).,...))))).)).)),,.))))))))..{{{.((((....)))}.|||....,.|{{{.....)))},,...))))))..))))))))..............,,,(((((....)))))}))))}...{((((((((,......))))))))}((((((.(((.....))))))))),..,..,,,,,..)).)))))))))}...,.....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..
Back