Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400868.1
Sequence Length
2753 nt
GC Content
0.3589
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGCACAGUGGAGAAUUUACAGUCUCUCUCAGUGAUGUUUUAUUGACAUGGAAAUACUUGCUCCAUGAGAAAUUGAACUUACCAGUUGAAAACAUGGACGUGACUGACCAUUAUGAGGACGUUAGGAAGAUUUAUGAUGAUUUCUUGAAGAACAGUAAUAUGUUAGAUCUGAUUGAUGUUUAUCAAAAAUGUAGGGCUUUGACUUCUAAUUGUGAAAAUUAUAACACAGUAUCUCCUGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGCAUUGCAGGGGGUCAAAUACUGUCAGUGAUAAAGAUGCAACUGAUUAAAGGCCAAAACAGCAGGGAUCCUUUUUGCAAAGCAAUAGAGGAAGUUGCUCAGGAUUUGGAUUUGAGGAUUAAAAAUAUUAUCAAUUCUCAAGAAGGUGUUGUAGCUCUUAGCACCACUGACAUCAGUCCUGCUCGGCCAAAAUCUCAUGCCAUAAACCAUGGUACUGCAUACUGUGGCAGAGAUACUGUGAAAGCCUUAUUAGUUCUUUUGGACGAAGAAGCAGCUAAUGCUCCUACCAAAAACAAAGCAGAGCUUUUAUAUGAUGAGGAAAACACAAUCCAUCAUCAUGGAACGUCUAUUCUUACACUUUUUAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-679.71 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -739.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....)))))))))))..((.(((((((.....))))))))).....(((.....(((((((((((((((......(.(((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))).).((.((((.((..((........))..)).)))).))......))))))).(((((........))))).(((((.((((((......((((((.........)))))).....((.((((....)))).)).....)))))).)))))))))))))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.........(((((.((..((((((..(.(((((........(((((((((((((......((((((..........))))))..((((.((((....(((((.(((..(((((((((((((.........(((((((.((((((........(((((..(((((((((....(((((......(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......(((..(((((..(((((((.((............)).)))))))...((((((.(.((((((((((((((((((..(((((...))))).)))))))))))(((.(((((.............))))).)))...((((((........((((((............))))))....((((.....(((((((((((.(((((...((((((.......)))))))))))...)))))((((((((............))))))))....(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))...(((((.(((((((....(((......)))..))))))))))))..................((((....))))(((((((((((((((((((((((((......((((((((((((..(((((((((((........))).))))))))............(((((((((....))))))))).((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))...........((((((((((((((((((....((((.(((((....)))))))))...)))).............((....(((.....((((((((((((..(.((.....((((((((.........((((...)))).................((((((((((..(((((((((.((......))))))))))).(((((...)))))........(((((((...((.....((((((((....))))))))...))...))))))).(((((...)))))((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))...((((((((((((..(((((((((((...(((..........((((((.(........(((((((((((...)))))))..))))....((((........))))).))))))..))).))))))).))))..))))...............)))))))).....((((((((((((((((........))))).(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))............(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......))))))).....)))))))))))...........))))))))))))))))))......)))..))))))))))))..)))....))))))))))))))))......)))))))))))).....)))))))).)))......(((((((((..((........)).))))))).))((((......))))...)))))))...)))))))))))))......))))))).).))))))..(((((....))))))))))..)))...))))))))))))))...................))))).........)))))).))))))).((((((((...))))))))...(((((....))))).....))))))).))))))..))))))))....))))..)))).((((.(((.((((....)))).)))))))...........))))))...))))))).(((((((((....)))))))))((((((((....))))).))).....))))))..))))))..)).)))))(((((((.(((.....))))))))))..))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..(((((..(....)..))))){((((((.(((((....))))))))))),,,,.{{(((((.....)))))|||,....,||,...,.(((((((((((((({......{.(((((((((((((......((((((((..((,.,...,).,}}.)))))))),...)))))),..(((((.....)))))})))))),|,((,({{{,|{,,{{..,.,...}}.,)).)))}.,,......|}}}}}}.(((((........))))).{((((,({{{{|..||,.((((((.........))))))...,,((,{{{{...,)))).},..},,)))})).))))})))))))),}}.((((((((.((((.((((({{((((((,..........{((((((((...,,,{{{{|....)))),....((((((((((.,,.....{(({{{....,,,...||||||{{{(((((.(((((((((((((,{({{{{..,,.,,,,,..,......,,)))))))..,,((...,,,),.(((,((((((((((...,{(((.....,.(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))...,...|,,{{((({(({...,({,.,,..,,.,},..}}}...||||||}}}..,...,,}.,|||||{{(((((((((..(((((...})))).)))))))))}}}}}}}||{|,......}}},.(((..((...))..))),,........((((((............))))))...))))),..}))))})),.((((((((((...)))).)))))))))))).))))},{{{{.,(((((((((............))))))))),..(((((((.......)))))))((((....)))),,,,.,.}}))}},{{{{{.(((((({....|||,,....}}}..})))))))))))}}}))})))))))))){{(((({,,.|||.(((((,.((((((((((((((((((......((((((((((((..{((((((((((........))).)))))))}{{.......,,,(((((((({....})))))))).((((..(((((,....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{,.......},,......,,..))))...)))).......))))))).....,,....(((((((((((((((,,(,.....,|,{{,((,{{{|||||(((((((((.(((({..,.....((((((({.......({((((....))))}.,{|..{{{.{{{{..,||,,.,,,|||.{{{{{{{{{..,.(({{....(({((((,{{((({.{((((((({.|{,,...,)}}}))))))}.,||||||,..{({(({{{((((((((((,,{(({....((((((((....))))))))........,,}}},},(((({...}))))((((((((((((((((((...)))))))},))))))))))...{{|||||||||{,.{(((({(((((,.,{||||,|,,},,,||{{{,,{......,.(((({((((({...}))))))..)))}..{{({{{|.,||,..,,,,.,|,|.}}},}...},}}}},.}})),,})))......,,...,,},)))))))),|||||||||.}|}}}||(((.....,,,||},,.(((((((,,,.((((((.((((((((((...((((((((((({,.....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)),}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.)))))))....}}),,,,,||{{{{{.......{{{{{{.{{{,........,,,.,.|{{|...}}}}.}))),)))}))......}}}}}}}.}}}}.,},))))))))}..........})))))))..},}..)))))...)))).))))))..,,))))))),},.,)))))))))))))))....,.}))))))))))).....)))))))).)))......({(((((((..{(........}}.))))))).},((((......))))...)))))))..}))))|||{||{{{{{...{{{{{{,.{{{.{{{{{|.(((((....))))}.((((((((,{(,((.((.((((({((((((((({..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))),)))}...))))))..,}}})),,,,.))))).)).}},,.))))))))..{{{.(({{....)))}.|||....,,|{{{..,,.))}}.,,...}}}}},,{((((((({....})))))))){{{||{{|,,..}})}}.))),,,,.,|||||{{{,,,,..,))))})}))},,))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..
Back