Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400873.1
Sequence Length
2769 nt
GC Content
0.3593
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGCACAGUGGAGAAUUUACAGUCUCUCUCAGUGAUGUUUUAUUGACAUGGAAAUACUUGCUCCAUGAGAAAUUGAACUUACCAGUUGAAAACAUGGACGUGACUGACCAUUAUGAGGACGUUAGGAAGAUUUAUGAUGAUUUCUUGAAGAACAGUAAUAUGUUAGAUCUGAUUGAUGUUUAUCAAAAAUGUAGGGCUUUGACUUCUAAUUGUGAAAAUUAUAACACAGUAUCUCCUAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGCAUUGCAGGGGGUCAAAUACUGUCAGUGAUAAAGAUGCAACUGAUUAAAGGCCAAAACAGCAGGGAUCCUUUUUGCAAAGCAAUAGAGGAAGUUGCUCAGGAUUUGGAUUUGAGGAUUAAAAAUAUUAUCAAUUCUCAAGAAGGUGUUGUAGCUCUUAGCACCACUGACAUCAGUCCUGCUCGGCCAAAAUCUCAUGCCAUAAACCAUGGUACUGCAUACUGUGGCAGAGAUACUGUGAAAGCCUUAUUAGUUCUUUUGGACGAAGAAGCAGCUAAUGCUCCUACCAAAAACAAAGCAGAGCUUUUAUAUGAUGAGGAAAACACAAUCCAUCAUCAUGGAACGUCUAUUCUUACACUUUUUAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-682.81 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -741.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 750.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....)))))))))))..((.(((((((.....))))))))).....(((.....(((((((((((((((......(.(((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))).).((.((((.((..((........))..)).)))).))......))))))).(((((........))))).(((((.((((((......((((((.........)))))).....((.((((....)))).)).....)))))).)))))))))))))))).((((((((.((((.((((((.((((((...........(((((((((...((((........)))).....((((((((((......(((((.....)))))...(((((((((((...(((.....((((((.....))))))...((((((((((((.(((((((.....((....))........)))))))................(((....)))....(((((.((.(((((((.......(((......))).....))))))).))..))))).......((((((((.............))))))))(((((((((..(((((...))))).)))))))))((((((.((((.......)))).(((..((...))..)))..........((((((............))))))....((((.....(((((((((((.(((((...((((((.......)))))))))))...)))))((((((((............))))))))....(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))..))))))..(((((.....)))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))(((((((...(((.(((((((((((((((((((((((((......((((((((((((..(((((((((((........))).))))))))............(((((((((((...((((.((((((((((.....(((..............)))....)))))))))).........)))).........))))))))))).((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))...........((((((((((((((((((....((((.(((((....)))))))))...)))).............((....(((.....((((((((((((..(.((.....((((((((.........((((...)))).................((((((((((..(((((((((.((......))))))))))).(((((...)))))........(((((((...((.....((((((((....))))))))...))...))))))).(((((...)))))((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))...((((((((((((..(((((((((((...(((..........((((((.(........(((((((((((...)))))))..))))....((((........))))).))))))..))).))))))).))))..))))...............)))))))).....((((((((((((((((........))))).(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))............(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......))))))).....)))))))))))...........))))))))))))))))))......)))..))))))))))))..)))....))))))))))))))))......)))))))))))).....)))))))).)))......(((((((((..((........)).))))))).))((((......))))...)))))))...))))))).))).((((................)))).(((((....))))).(((((((.((((((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).))..((((((((((.(((.((((....)))).))))))...((((.....))))...)))))))...(((((((((....)))))))))((((((((....))))).))).....(((((((((.......))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..(((((..(....)..)))||{((((((.(((((....))))))))))),,,,.{{(((((.....)))))|||,....,||,...,.(((((((((((({({....,,{.{((((((((((((......((((((((..((..,...,),,}}.)))))))),...))))))}..(((((.....))))),)))))),|,((,(({{,{{,.{{..,.,...|}.,)).)))}.,,......|}|||}}.(((((........))))).{((((,({||||..||,.((((({.........))))))...,,((,{{{{...,)))).},..}}})))})).))))})))))))),}}.((((((((.((((.((((({{(((((({..........{({{({{{{..,,.,{||||....}))}.....((((((((((......,,,{{,,,,.,,}}}...(((((((((((,,,(({.....|||{({.....})}}}}...((((((((((((.(((((((.....{{....}}........))))))).....,,.....,...{((..,,|||,...(((((.{{.{((((({.||....{{,......})),..|.}}}))}}.}}..))})).....,,({((((((,.,......,.},)))))}))|{(((((((..(((((...})))).)))))))||((((((.((((.......)))).(((..((...))..)))..........((((((............))))))....((((.....((((((,{(((,{{{(((..{||||{.,,,,,.}}}})},,}}}...}}}}{((((((((............))))))))}...(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))..))))))}}{((((.....)))))))))))))))))))),))))))))))))))))))))){{(((({{,.|||.(((((,,(((((({{((((((((((......{(((((((((({..{((((((((((........))).)))))))|{{,.......,,{((((((((({,{,{{{{.((((((((((.....(((..............)))....)))))))))).........}}}}......,,.})))))))))}.((((..(((((,....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{,.......},,......,,..))))...)))).......))))))).....{,....{(((((((((((((({,({.....,|,{{{((,{{{|}|}|{{{{{{{{{.{{{{{..,.....((((({{{.......({((((....))))}.,{|..{{{.{{{{..,||,,.,,,|||.,{{{|||{{..,.{{{{....{{{((((,{{((({.{({{{{{{{.||,,...,)}}}}}}}}}}.,||||||,,,{({(({{{{{((((({(({{{(({....((((((((....))))))))........,,}}},},(((({...}))))((((((((((((((((((...)))))))},))))))))))...{{|||||||||{,.{(((({(((((,.,{||||}|,,},,,|||{{,,|......,.(((({((((({...}))))))..)))}..|{{{{{|,,||,...,,,.,|||,}}},},,,},}},}}.}})),,}))}..,,,,,}...,,,,)}}})))),|||||||||.||}}}||(((.....,,,||},,.(((((((,,,.((((((.((((((((((...((((((((((({,.....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)),}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.)))))))....}}},,,,,||{{{{{.......{{{{{{.,{{,........,,,.,.|{{|...}))}.}))),}))})}......}}}}}}}.}}}}.,},))))))))}..........}))))))).,|,},.})}})...)))}.))))}},,,,}))})}},}},,))))))))))))))}....,,}))))))))))).....)))))))).)))......{{{((((((..{(,....,,.}}.))))))),,,{(((......))))...}))))))..)))))}||{|||{{{,,,.{{{{{||.|||,||||||,(((((....))))}.((((((((.{(,((.((.((((({((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,}}})),,,,.))))).)).)},,.))))))))..{{{.((((....)))}.|||....,,|{{{.....)))}.,...,}}})},.||{{||||,....})))))}}}{{{{{{{{....))))).))),},..,{{{{{{{{,.,,..,))))})}))|{||||}}|}}}}}}))),))))))}}))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..
Back