Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400875.1
Sequence Length
2371 nt
GC Content
0.3526
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAUGAAGCAAACUUUAAUUAGAUCCCAAUUUGCUUGUACUUAUAAAGAUGACUACAUGAUAAGCAAGGAUAAUUGGAAUAAUGUUAAUUUAGCAUCAAAGCCUUUGUGUGUUCUUUACAUGGAAAAUGACCUUUCUGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-564.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -614.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 801.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((((((.(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((((((..(((.((((.......)))).)))...((.(((.(.(((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))).)))).))....((((((((..(((((.(((((.(((..((((.((.....((........))......)).)))))))(((((((..(((((.....)))))...........)))))))((((....((((((....(((....)))..))))))....))))(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))......))))).)))))..........))))))))((((.((((((((...((((((((((..(((((..((((((((((((.((..((((((((((.........(((((.(((((.............))))))))))..(((((((((.....(((..............)))....)))))))))))))))).)))..)).)))))).)))(((((....)))))........(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).))))))....((((((...)))))))))..))))))))))))))).....)))..........))))).))))....((((..(((((......)))))..)))).....(((((....(((((....)))))....)))))...................((((.(...(((((.(((((((((((((.............((((((....(((((.......)))))(((((....)))))......))))))...........((((((...........((((....)))).......(((.((((...)))).)))((((...))))..............(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))(((........))).)))))).......))))))))))))))))))...).))))...((((....((((.......)))).....)))))))))))(((((((((((.((((((.....(((((((.(((.(.((.(((.(((((.((((((((.(((....((((((((..........((((((..((((.((((..((...((((....((((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))...))))..))..)))).....))))...)))))))))).))))((((....))))..((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))......((((....)))).))).)))).)))).))))).))).)).))))....(((((((((....)))))))))((((((((....))))).)))..........))))))).....)))))).)))))))).))).........((((((((.....)))).)))))))))))))))))....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{{.((.((((({.({(((,,(,,,,|,,|||||{((((((.(((((....)))))))))))}}...,,(((((,,...|}}}}|((,...|}},....,{{{....,,,)))},|||,,{(,.,(((({{{{{|||,.|,,,|||{{(((.,{{......,}}}}),)))))))),...|}}}|||,,,,,.|}}}..((((((((..(((((.((((({(((({((((.((,,...,{..,,,,,.}..,,...}}.})})}.}||||||{.{({,,,...|,}}}|}...,{{,,.,,|||||||,.{{{{..,)}}},.,)))}},|,{{{{{...||||...,{.((((,....}}}|.||||||{..}}}})|||,,,},,.,}},....((((((.((((((.((....})...)))))).))))))...}|||},,}}}))..,...))))).)))))..........))))))))((((.((((((((.,.((((((((((..{((((..{{((((((((({.((..({.{{{{{{{,,,,,,,,.((((,{(((((.............)))))))))).,(((((((((.....(((..............)))....))))))))))}}}}}}.}},..},.}}}}}},,}}|(({(....}}|||,{,..,{.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).}.))))))....{(((({...})))))}},..)))))))))))))))...,.}}}........,.}}}}}.)))}....((((..(((((,....,)))))..))))..|||{((({....(((({..,,||||,....},,,..|{|.......}}}.....,||,.|},,{{{||,|{{{{{{{|||||||....,,},...{{{{||.||||{{|{|||....}|||}(((((....)))))..,|,.,))))},..,.......||{{{,.....,,..{,{(((....))))}..}}..{{{.((((...})}}.}}}((({...))))....,,,.......{|||{{{,{{{{{{.{{{{{{{{|,||,,..,,)}}})))}))}..|}}}}}.,,((((({,,{{{(({{|{{{{{(({,,,.((((((((....)))))))).........,|||,|,(({{{...|||}}((((((((((((((((((...))))))),,)))))))))).,,{{{|||||{{|{{.{{{{{,{((({|,,|||}}}},,}},,|}|||.||,.......(((((((((({...}))))))..)))}..,,{||||,,}||...,||,{{{,,}},||,,,|||},||,||}},,}}}},.,,,,||,....,,},,,}))),}}}}}||}|,|}}}}||(((........)))}}}}|||,||....}}||||}||||||||}}}..,|{||||{{{(({{....|||{,,.,{{{||||....,)}}}|||||,|{{{{{{{{{||,{|||||.....{{||||||||{{|||{||{{.|||||||{,.,{{|.,,,...,,{{{,{{,...,,,..,.{{{{,,..,{{{|{{{,,|{,||,|||}|{{|((((((.,....{{{{{,{{{{,{,..,,}})}},}},}}..........|||||||{({{{{{{{({{{.,,,(((({,.,,.||}},|},,.|}}|||||||{....,{{{{,,,|,,|||,,,,))),)},},))))}..)))))))}||}},|}|,,||||.,|||},,,}},}}})))))},...((((......)))).}}}}}},,})))),}))}}}}}},,,.,}}}},,.}}}}}}}}}|||}}{((((....)))),.((((((((.{{.((.((.((((({((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,})})),,,..))))).)).)),,.))))))))..{,{.(({{....)))}.}}}.}}}}.||||.,}}})})}},},.,}}}},..(((((((({....)))))))))(({{((((....))))).))).......,,,}}}))))....,)))))).)))))))),}}}.,..}}}))||||{{||.....}}})})}))))))))))}}})}....((((((({((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))}.))))},......,.....,{|,...})},.....,)),})))))).}},,.,...
Back