Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400877.1

Sequence Length

2627 nt

GC Content

0.3609

GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGCAUUGCAGGGGGUCAAAUACUGUCAGUGAUAAAGAUGCAACUGAUUAAAGGCCAAAACAGCAGGGAUCCUUUUUGCAAAGCAAUAGAGGAAGUUGCUCAGGAUUUGGAUUUGAGGAUUAAAAAUAUUAUCAAUUCUCAAGAAGGUGUUGUAGCUCUUAGCACCACUGACAUCAGUCCUGCUCGGCCAAAAUCUCAUGCCAUAAACCAUGGUACUGCAUACUGUGGCAGAGAUACUGUGAAAGCCUUAUUAGUUCUUUUGGACGAAGAAGCAGCUAAUGCUCCUACCAAAAACAAAGCAGAGCUUUUAUAUGAUGAGGAAAACACAAUCCAUCAUCAUGGAACGUCUAUUCUUACACUUUUUAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-648.41 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -703.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 735.53

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....))))))).(((((.((.(((.((...(((((((.....(((((((.((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))(((.((((...(((((((((.((((((((.((((.......((.((((((((........)))..))))).))(((.......))).((.(((((((.....((....))........))))))).))............)))).)))..).)))).))))).)))))))).))).....((((((((.........(((((((.((((((........(((((..(((((((((....(((((......(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......(((..(((((..(((((((.((............)).)))))))...((((((.(.((((((((((((((((((..(((((...))))).)))))))))))(((.(((((.............))))).)))...((((((........((((((............))))))....((((.....(((((((((((.(((((...((((((.......)))))))))))...)))))((((((((............))))))))....(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))...(((((.(((((((....(((......)))..))))))))))))..................((((....))))(((((((((((((((((((((((((......((((((((((((..(((((((((((........))).))))))))............(((((((((....))))))))).((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))...........((((((((((((((((((....((((.(((((....)))))))))...)))).............((....(((.....((((((((((((..(.((.....((((((((.........((((...)))).................((((((((((..(((((((((.((......))))))))))).(((((...)))))........(((((((...((.....((((((((....))))))))...))...))))))).(((((...)))))((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))...((((((((((((..(((((((((((...(((..........((((((.(........(((((((((((...)))))))..))))....((((........))))).))))))..))).))))))).))))..))))...............)))))))).....((((((((((((((((........))))).(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))............(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......))))))).....)))))))))))...........))))))))))))))))))......)))..))))))))))))..)))....))))))))))))))))......)))))))))))).....)))))))).)))......(((((((((..((........)).))))))).))((((......))))...)))))))...)))))))))))))......))))))).).))))))..(((((....))))))))))..)))...))))))))))))))...................))))).........)))))).))))))).((((((((...))))))))...(((((....))))).....))))))))...)))))))..))))))).))))).)).)))))..(((.((((....)))).)))..(((((((.....(((((((((((..((((.(((((((((....)))))))))((((((((....))))).))).....(((((((((.......)))))))))..((((((((.........(((((((((.....)))).))))))))))))).))))....)))))).((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))))).................))))).....))))))).....))))).))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,....((.(((((,,(,(((({({{{{{{{{||(((((((({.{((((....)))))))))))))...,,(((((.....)))))(((....,}},.....,,.....}}}))),,,{{,((({,{{{(((,,{{||{|.|||,|{((((({..,,......|||||,|||||||||,...|||||||{{{{{{,,,...{{((((((,.(((((.((({{{(((((((((.((((((((.((((.......{{.(((((({{.......,}},.,))))).}}{{,....,..|}}.((.(((((((.....{{....}}........))))))).))..,,....,,..)))).)))..)})))).))))).)))))|,|.|({,{,...||}}}|}....,,,,,{(,(((({,{,((((...}}})...}}|||,{,(((({...{(((,..,{.{{((,,,,,||||,||||||{..}}}}),}}.}}},,,,}},....((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...}|||},,}}}))......}))}}.})))}..,,,,,,..}}}}}}}}......,,,|||||||..,{{{{{{.{.{||{(({{{(((((((((..(((({...})))).)))))))))}}|||,{((((.......,,,..{||,,|{,,,}}.{|||{{........((((((,...........))))))....((((.....((((((,,((({({((((..,||||,,}}}},.|||}}}||||}...}},|{((((((((............))))))))}...(((((((.......))))))){(((....)))))))))).))))...(((((.(((((((....(((......)))..)))))))))))).,|}}....}},,,..}}||||}}},)))}||||{{||{|||||{((((((((((......((((((((((((..{((((((((((........))).)))))))}{{.......,,,(((((((({....})))))))).((((..(((((,....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{,.......},,......,,..))))...)))).......))))))).....,,....(((((((((((((((,,(,.....,|,{{,((,{{{|||||(((((((((.(((({..,.....((((((({.......({((((....))))}.,{|..{{{.{{{{..,||,,.,,,|||.{{{{{{{{{..,.({{{....(({((((,{{((({.{((((((({.|{,,...,)}}}))))))}.,||||||,..{({(({{{((((((((((,,{(({....((((((((....))))))))........,,}}},},(((({...}))))((((((((((((((((((...)))))))},))))))))))...{{|||||||||{,.{(((({(((((,.,{||||,|,,},,,||{{{,,{......,.(((({((((({...}))))))..)))}..{{({{{|.,||,..,,,,.,|,|.}}},}...},}}}},.}})),,})))......,,...,,},)))))))),|||||||||.}|}}}||(((.....,,,||},,.(((((((,,,.((((((.((((((((((...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)),}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.)))))))....}}),,,,,||{{{{{.......{{{{{{.{{{,........,,,.,.|{{|...}}}}.}))),}))}))......}}}}}}}.}}}}.,},))))))))}..........})))))))..},}..)))))...)))).)))))}..,,))))))),},.,)))))))))))))))....,.}))))))))))).....)))))))).))}.,,...(,{{{{(((..{(,....,,.}}.))}}}}}.,.((((......))))...))))))),,}}})))))}}}}}},,.,,,})))))}.,,)))))),,,{{||...,)))),,|{{{{{(||{{.{{,{{,||||{|{{({(((({{..{(({.{{{{(((((({{..({((,,..,,.)))),||.((((((({...})))))))..}})))})).,)))}))}}..,))))))..}}}}}},,,,.))))).}},},..,)))))})),.{{,.((((....)))}.|||..,,,,|{{{.....)))}.,,...}}}}},,{((((((((....))))))))}((((((((....))))).))).....{((((((((,......))))))))}{{{(((,|{|.....))})})))),,,,......,.,)).)))))))))},.,},....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},......,.....,{|,...})},,....})),})))))),)))}.},..