Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400886.1
Sequence Length
2343 nt
GC Content
0.3560
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-559.81 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -609.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 674.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((((((.(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((((((..(((.((((.......)))).))).......((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))(((.((((...(((((((((.((((((((.((((.......((.((((((((........)))..))))).))(((.......))).((.(((((((.....((....))........))))))).))............)))).)))..).)))).))))).)))))))).)))..(((((((((((((((((((...((((((((.......((((((....(((....)))..))))))......((((.....))))...(((.((((((((((((......)))).((((((((((..........(((((((.......((((((.((.(((((((.......(((......))).....))))))).))..))))))......((((((((.............))))))))(((((((((..(((((...))))).)))))))))(((((.(((((.............)))))))))).((((((((((.....(((..............)))....)))))))))).......((((((((.........((((((((..((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))...........(((((..(((((..((((....((((.(((((....)))))))))...))))..............))))).)))))....((((....)))).......(((.((((...)))).)))((((...))))....(((((((((((.......((((((.(((((((((.((......)))))))))))..)))))).((((.(((....))))))).(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))))))))..))))))..))))))))........)))))))).....)))))))((((........))))..).))))))))))))))))).))))))))))).)))))))..............))))))))))))...((((....((((.......)))).....)))))))))))(((((((((((.((((((.....(((((((.(((.(.((.(((.(((((.((((((((.(((....((((((((..........((((((..((((.((((..((...((((....((((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))...))))..))..)))).....))))...)))))))))).))))((((....))))..((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))......((((....)))).))).)))).)))).))))).))).)).))))....(((((((((....)))))))))((((((((....))))).)))..........))))))).....)))))).)))))))).))).........((((((((.....)))).)))))))))))))))))....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,,.((.(((((,.(,((({{({{{{|{{|||||(((((((.(((((....)))))))))))}).....((((({{{{{||}}}(((....,)),....,,{,....,,,)))},{{{{(((...(((({,,,||||}.}}}}}|||,{{{.,{,......,,})))})))))))||,..|||||||{.....)))}..((((((((..(((((.(((((((((((((((.((((((((.((((.......{{.(((((({{.......,}},.,))))).}}{{,....,..|}}.((.(((((((.....{{....}}........))))))).))..,,....,,..)))).)))..)})))).))))).)))))|.,,{((,,....,,)))}}...,{{,,,{{.(((((.,.((((...))))...))))).,.(((((...((((...{{.((((.....)))).}}}}}},..))))).,}.,,}}},}}},....((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...||||,..,,,)),.....))))).)))))..........))))))))........||(((({,.,}},..,,{{|.,|||}}},(((((((((..(((((...))))).)))))))))((((,{(((((.............)))))))))).((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((({........,(,((({{....((((..(((((.....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{{.......}},......,,..))))...)))).......)))))))....{({{,..{((,((((({,((((((({.....,{.(((((....}}}}},,||,..,,.||||...,.....{(({{,,,...,...({((((....))))}.,||..{{{.{{{{..,||},.}},|||,,,,||||,,..,,{{,,...,{{|{{{{,,{(({{.{{{{{{{||,||,...,})}}}|}}}|||,{||||||.,{(({{{{,,,,{{{|{|{{{{{(({,,,.((((((((....)))))))).........,|||,|{(({{{...|||}}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{{|||||||||{{,{{{||,{((({|,||||}}}}||}},,|}|||,||,.....,.{(({{((((({...}))))))..)))).,,,|||||,,}}|,,.|{{{{{{,{|,,||{{{||||.||{||}}..,},|,.{{{{||,......,,,,}}}}.|||||||||,|||,,||(((.....,,,||},}.{((((((,,,.((((((.((((((((((...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)},}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.))))))}....}}}.,,,.|||,,,,.......{{{{{{..,,.......,,}|,,,,||,|,,,})),,||||||||,}}....,,||}||||.|}},.,},)))}))}}}..........}}})))}}{{{{{{,|||||,,,,((((||.,,,||}},}},,,|,}||||||||....|{{{|,,.|}}|||}}}})))}))},}))))},,))))))))}})},})}.,|||}.,}|}},..})}))))).})))},.,|||}}}}..||||{{{{{....))))))))),})})),,..,,.,,,,,)))))))))))))){((((....))))}.(((((((({(({((.((.((((({((((((((({..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))),)))}...))))))..,}}}}),,,,.))))).)).}}..{||||||||,.{{,.{({{....)))}.|||.,,.,,||{{.....))),,}}}))}})),,.{((((((({....}))))))))((((((((....))))).))).....(((((((((,......)))))))))||||||}|||,....,,,)))|))||||........,}),)))))))))),,}}}....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),})))))),))}}.},..
Back