Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400888.1
Sequence Length
2421 nt
GC Content
0.3507
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACCACAGUGGAGAAUUUACAGUCUCUCUCAGUGAUGUUUUAUUGACAUGGAAAUACUUGCUCCAUGAGAAAUUGAACUUACCAGUUGAAAACAUGGACGUGACUGACCAUUAUGAGGACGUUAGGAAGAUUUAUGAUGAUUUCUUGAAGAACAGUAAUAUGUUAGAUCUGAUUGAUGUUUAUCAAAAAUGUAGGGCUUUGACUUCUAAUUGUGAAAAUUAUAACACAGUAUCUCCUAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-566.91 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -619.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 709.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((........(((((...((.(((((........)))))))..)))))........)))((((...((.((((((((((...(((((.......))))).....)))))).)))).)).))))((((....((((((((.((((.((((((.(((((((.........(((((.((..((((((..(.(((((........(((((((((((((......((((((..........)))))).............((((((.((...((((.......)))).)).))))))((((((.....((....))........))))))(((((((...((((((..(((...(((((((((((....(.((....)).)....))))))))))).......(((((((.((((((........(((((..(((((((((....(((((......(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......(((..(((((((...((.......)).)).......((((((((.............))))))))(((((((((..(((((...))))).)))))))))(((((.(((((.............)))))))))).((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((...........(((((....((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))....((((...(((.((((((.((((((((........(((((....)))))..(((......))).........((((((((.........((((....)))).(((........)))..(((......))).(((((((((....((((....(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))((......))(((....(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))....))).....(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......))))))).))))....)))))))))..........))))))))(((........))).(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))).)))))))).))))))..)))))))..(((((((((....))))))))).)))))............))))))))))))))(((((....))))))))))..)))...))))))))))))))...................))))).........)))))).))))))).((((((((...)))))))).....(((((...((((....)))).)))))....(((((((..(((.(((....)))))))))))))...)))..))))))......)))))))......))))))...))))))).(((((((((....)))))))))((((((((....))))).))).....))))))..))))))..)).)))))(((((((.(((.....))))))))))..))))))))))))).)))).)))))))))))).((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..(((((..(....)..))))){((((((.(((((....))))))))))),,...{{(((((.....)))))||(.....}},...,({(....|}|((((........))))},{((((|(|{{,|,,||},{(((({......,,,||||||...,,((,{{{,...,)))).,,..}}})))}))})})},}}},..,}.,}.((((((((.((((.((((({{(((((((,.{((((.,{((.,|,,..,,|,,|}}|.||||}.}||,...((((((((((((({{{..,((({,{....,,,.,{|||{{...((((..{{{..{(((((.((...((((.,.....)))).}).)))))|((((((.....{,....}}........))))))|.,,..,....,,{....}|||,.(((((((((((....{.({....}).,....))))))))))).......(((((((.(((((({......,,,.(((((((((((({...,(((({....,.(((((((((((({((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......(((..((((({{...((,,.....,,.,,..,....{{((((({,.,......,.},}}))}}}}(((((((((..(((((...})))).)))))))))(((({{(((((.,...........)))))))))).((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((({........,(,((({{....((((..(((((.....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{{.......}},......,,..))))...)))).......)))))))....{({{,..{((,((((({,((((((({.....,{.(((((....}}}}},,||,..,,.||||...,.....{(({{,,,...,...({((((....))))}.,||..{{{.{{{{..,||},.}},|||,,,,||||,,..,,{{,,...,{{|{{{{,,{(({{.{{{{{{{||,||,...,})}}}|}}}|||,{||||||.,{{({{{{,,,,{{{|||{{{{{(({,,,.((((((((....)))))))).........,|||,|{(({{{...|||}}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{{{||||||||{{,{{{||,{(({{|,||||}}}}||}},,|}|||,||,.....,.{(({{((((({...}))))))..)))).,,,|||||,,}}|,,.|{{{{{{,{|,,||{{{||||.||{||}}..,},|,.{{{{||,......,,,,}}}}.|{|||||||,|||,,||(((.....,,,||},}.{((((((,{,.((((((.((((((((((...((((((((((({......||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)),}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.))))))}....}}}.,,,.|||,,,,.......{{{{{{..,,.......,,}|,,,,||,|,,,})),,||||||||,}}....,,||}||||.|}},.,},)))}))}}}..........}}})))}}{{{{{{,|||||,,,,((((||.,,,||}},}},,,|,}||||||||....|{{{|,,.|}}|||}}}})))}))},}))))},,))))))))}})},})}.,|||}.,}|}},..})}))))).})))},.,|||}}}}..||||{{{{{....))))))))),})})),,..,,.,,,,,)))))))))))))){((((....))))})))))..)))...}))))}))))})}||,||||,|..,....,,,}})}|},,,,})))))))))).))))))).((((((({...})))))))...)))),))}))}{((....,})}|}|||{{{,,{{{{{{|,,|{{.{((....)))))}|})))}}..||{|..,,)))}.|||,,}}}}}}},.,},,))))))},.))))))).{((((((({....})))))))}((((((((....))))).))).....{((((({{{|......))))))))|((((((.(((.....))))))))),..})))))))))))).)))).)))))))),....((((((({((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},...........,,||,...}}},.....})}.}))))))})))).)}..
Back