Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400890.1

Sequence Length

2569 nt

GC Content

0.3566

GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGUGGAGAAUUUACAGUCUCUCUCAGUGAUGUUUUAUUGACAUGGAAAUACUUGCUCCAUGAGAAAUUGAACUUACCAGUUGAAAACAUGGACGUGACUGACCAUUAUGAGGACGUUAGGAAGAUUUAUGAUGAUUUCUUGAAGAACAGUAAUAUGUUAGAUCUGAUUGAUGUUUAUCAAAAAUGUAGGGCUUUGACUUCUAAUUGUGAAAAUUAUAACACAGUAUCUCCUGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGCAUUGCAGGGGGUCAAAUACUGUCAGUGAUAAAGAUGCAACUGAUUAAAGGCCAAAACAGCAGGGAUCCUUUUUGCAAAGCAAUAGAGGAAGUUGCUCAGGAUUUGGAUUUGAGGAUUAAAAAUAUUAUCAAUUCUCAAGAAGGUGUUGUAGCUCUUAGCACCACUGACAUCAGUCCUGCUCGGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-622.41 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -676.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 695.94

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....)))))))))))..((.(((((((.....))))))))).....(((.....(((((((((((........))).(((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....))))))))))))..(((((...))))).((((.((((((((.(((((((((.((...((.(((((........)))))))...)).)))))).))).))))))))...))))((((((...(((((.......))))).....)))))).........))))))))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.........(((((.((..((((((..(.(((((........((((((((((((((((((.((((((..........))))))...(((((.(((((((((((((..(((((.....)))))...........)))))))..((((...))))..((((.(((((((((...(((((.......(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).(((......(((((((((....(((.((......))..)))...)))))))))......)))..((((((((((((((((..(((((...))))).)))))))))..))))))).)))))........(((..((...))..)))..........((((((............))))))...)))))...))))))))..((((((((((...)))).)))))))))))).)))))........((((((((............)))))))))))))(((((((((((((.((((..((((....))))..)))).)))).((.((((((((((((((.......(((...)))....(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))........)))))))))))))).))((((....((((.(((((....)))))))))...))))(((((((((...((((......((..(((((((((....(((......(((.((((...)))).)))((((...))))....((((.......)))).....)))....)))))))))))...))))(((..(((((((((....((((.(((....))))))).(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....)))))))))....((((((.((..(((((((((.(((((..........(((((((...............(((((((.(((....(((((........))))).(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...))))))).........................(((((((...........)))))))))).))))))).(((((((((......(((((.((((((....)))))).)))))....(((......)))..((((((((((...((.((((......)))).))...)))))))))).............))))))))))))))))..))))).)))))))))))))))))(((((((..((........)).)))))))...((((......)))).....)))))))))..)))......................)))))))))(((((....))))).((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).)))))))).))))))))).((((..(((((....)))))..))))))))))...))))))).(((((((((....)))))))))((((((((....))))).))).....))))))..))))))..)).)))))(((((((.(((.....))))))))))..))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

......{(.(((({..(((((..(....)..))))){((((((.(((((....))))))))))),,,,.{{(((((.....)))))|||,....,||,...,.((((((((({(........}}}.(((((((((((((......((((((((..((,.,...,).,}}.)))))))),...)))))),..(((((.....))))),)))))),,(((((...}))}}.((((.((((((((.(({((((((.((...((.(((((........)))))))...)).)))))).})).))))))))...))))((((((...{{(({,,,,...})))).,,..)))))).,...,.,.)))))))),}}.((((((((.((((.((((({{(((((((,.{((((.,{((.,{,,...,|,,|}}|.|}}}}.}}},...((((((((((((({{{{,.((((((..........))))))...(((((.(((((((((((({,{({{{{.,,,.|}|,,..,......||)))))))..{{((...,,,},,(((,((((((((((...,{(((.....,.(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))...,...|||,{((({({,,,,{({{.,{......,...,}}..,}|||}},,},,{..,,,,.|{{{{{{{{{{{(((({..{{({{.,,||}}|.}}}}}})))||||}}}|{((,....,.}},..(((..((...))..))),,........((((((............))))))...}))))|..|)))),))|.((((((((((...)))).))))))}))))).))))}...,,.,(((((((((..........,.)))))))))}.||(((((,(((((((.((((..((((....))))..)))).)))).((.((((((((((((((......{{{,....}}}...(((((((.....((((...((((.............{{,.......}},......,,..))))...)))).......)))))))........)))))))))))))).)}((((....((((.(((((....)))))))))...)))),{,,{{{,....,|}}}.,}}}}}}..{{{{((,...|||||.,{{,,{{{.((((..,||},.}},((({...))))....,{{,.....,{|}|||||,,|{||,,,|||||}}}}||,..||},|{{,,{((((((({....{{((,({{....|||||}|.{((((((({.((((((((....))))))))..........{{{.{{((,,{{{{{|||,((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))),{{((((,,,({{,({.,,,||.|||,|}}}}))))))}})}..,)}}}.}}}.......(((((((((({...}))))))..)))).....})})))))}...{{(((((.{{..{{{{{{{{|.{{{{{.,.....|,.{{{{{{{..........,,...{((((((,({{,,,,{{(((........}|}}}.{((((((.,,.((((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},},}..,,.)},}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.))))))}....}}},,,,.,,,..........,{{{{{{...........,,}}},}})}.}}}}))),{||||{|||,|.,..{{{{(,{{{{,{...,}}))}}.}},}}.,,.,,....}}})))}.((({{{{{(,,{||{.{(((,,....)))).))}).})))}}))|}|.....,,,,,,.}}}|})}}}})))}))}}})))),,}))))))))}}))}))}.,,{{{..{({,.,,,,.,,|)),}||,...((((......)))).,..,})))))))).,))),,.,..},,,,,.,,,,,},,,}))))))},{((((....))))}.{(((((({.,{.({.{{.{(((({((({((((({..{(({.{({{(((((({{..((((.......)))),||.((((((({...}))))))),.}))))))).}))),)))}...))))))..,})})},,,,.))))).}}.}},,.)))))))).}}}}}||||.{{{|}}|{|||,,,.}))}},.))},)))))),..})))))).{((((((({....})))))))}((((((((....))))).))).....{{(((({{{|......))))))))|((((((.(((.....))))))))),..})))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..