Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400929.1

Sequence Length

1985 nt

GC Content

0.3521

GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-468.41 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -512.08

Frequency: 0.0000

Diversity: 465.56

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((.((((((.(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((((((..(((.((((.......)))).))).....((((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....)))))))..(((((.....)))))(((.......)))((((.((..((........))..)).)))).......((..(((((((((((((((.((((((.((((((....((((((((.((((((.(((((((((((((...((((((..(((((.((........))))))).........(((((((((.........))))))))).((((.......))))((((....)))).....((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))..))))))....)))))...))).)))))...))))))(((((((.........(((......))).(((....)))................(((....)))))))))).(((.((((...)))).)))((((...))))..............(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))....))).)))))....((((......))))))))))...)))))).)))).))))))).)).))..))..)))))))(((.....))).)))))))(((((((((((.((((((.....(((((((.(((.(.((.(((.(((((.((((((((.(((....((((((((..........((((((..((((.((((..((...((((....((((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))...))))..))..)))).....))))...)))))))))).))))((((....))))..((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))......((((....)))).))).)))).)))).))))).))).)).))))....(((((((((....)))))))))((((((((....))))).)))..........))))))).....)))))).)))))))).))).........((((((((.....)))).)))))))))))))))))....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

......((.(((((.,(.(((((((((((((((((((((((({.{((((....)))))))))))))...,,(((((.....)))))||{.....}},............)))))).......(((((((((,(((((((......((((((((..((,.,...,),,}}.)))))))),...))))))).,(((((.....))))){|||,,,,,{|{|{,,|||||,||{((((((((.((((({...,,.......((((((,{,,{({({(((((,...,||,}}}}}.}}}.,....,{(((({.(((((((((((((.,.((((((..{{{{{.,{.,...,|,}||||||,{{{{..,,((({{{|||,,.,,,}}}))))))))),|{((.......))},((((....)))).....((((..(((((.....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{,.......},,......,,..))))...)))).......)))))))..})))))..,.)))))...))).)))))...})))))|||||..,,)))))..,}..))))))...,,,.....||,,.......,,..(,{(((....)))))..}}..{((.((((...)))).))}((({...)))).....,,......})),}))))),))}.}}}}})}}}))))((((((...{{{.(((((((({....((((.{{,....}}})))).{((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..{(((((({.((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))){((((((.,.(((.((....}).))}.)))))))))))))))...)))}.))).......(((((((((({...}))))))..)))).....))))))))}...{((((((.((..(((((((({.(((((.......{{,(((((({...............(((((((.(((....{((((........}}}}}.{((((((.,,.((((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)},}))).)))))...)}..)))))))),.)))))),}.))))))}....,,}.,,....,..........,{{{{{{...........,}}}}}}))).))))))),(((((((((,,.,,,{{{{(,{{{{.,,,.|,}}}}|,||.,,,,........,,,)))..(((((((((,{(,{(.((((......)))).))}}.,))))))))),.........,,.))))))))))))))))))))))).}))))))))))))))))},,,||{..,({,......,,}))}}}},...((((......)))).....})))))))).{((((((((({{{.,.{{(((({.{((.(((({{,(((((....))))}.((((((((.{(.((.((.((((({((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,}}})),,,..))))).)).)),,.))))))))..{{{.(({{....)))}.|||....,,|{{{..,,.))}}.|,...,},}},,{((((((({....})))))))){{{||{{|,,..))))).))),|}|,.|||||,|,,}}}.,})))),},))}..)))))}})})))}}.)))))).........,,..)).)))))))))}...,.....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..