Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001401010.1

Sequence Length

2314 nt

GC Content

0.4572

AAGGCAGAGCAAAGGUUGAAACUCAGGAUGGUCUGUCUCCAGGACCGGGGCUCUCCACCACUCGGGCCUGCCUAUUCCAGGGCUGGCAGCCUCUCUACAGAGGUGAAGCGUCUACUGGAUCACUUUUGACCAACAACACAUCAGCCGGCAGAGGAAGGAGGGGUGGGCCAAGAAGGGCCCCUUCCCUCUCAGGCCGGAGAGAUUCCUCUGACUAAUUUGCUGAGUGACUUCGAUGGCAAACUGCAGCCCUGUUCCCUCCAGCUGAGACUCCUCCGUCUUGCUCAUGACUGGGUCCCCUGGGCAGAGCCAGGUCCUGGCAGAGAGCAGAUAUCCAGUAAAUACCUCUUGGCCCUAAGAAUGACUGGGAACACUCAUGUAGCGAGAACACCUUCCUGUGUGUUAUCUCAUCUCAUCCUCACAGCAGCCCAGAGAGGUUUUCCUGGCAAAGGAGCCUUUGGUGGUGGAUGUCUUCAUGGCACAUGUGAGGACCAUCAAUACCAAAUCUCCCUUCAUCUGCUUGGAGUUCCCUGCAUCAGUACAUGAUCCCAUAUAGGGCAGGAAGAUGGCUGUGCCACCCACGUAUGCCGAUCUUGGCAAAUCUGCCAGGGAUGUCUUCACCAAGGGCUAUGGAUUUGGCUUAAUAAAGCUUGAUUUGAAAACAAAAUCUGAGAAUGGAUUGGAAUUUACAAGCUCAGGCUCAGCCAACACUGAGACCACCAAAGUGACGGGCAGUCUGGAAACCAAGUACAGAUGGACUGAGUACGGCCUGACGUUUACAGAGAAAUGGAAUACCGACAAUACACUAGGCACCGAGAUUACUGUGGAAGAUCAGCUUGCACGUGGACUGAAGCUGACCUUCGAUUCAUCCUUCUCACCUAACACUGGGAAAAAAAAUGCUAAAAUCAAGACAGGGUACAAGCGGGAGCACAUUAACCUGGGCUGCGACAUGGAUUUCGACAUUGCUGGGCCUUCCAUCCGGGGUGCUCUGGUGCUAGGUUACGAGGGCUGGCUGGCCGGCUACCAGAUGAAUUUUGAGACUGCAAAAUCCCGAGUGACCCAGAGCAACUUUGCAGUUGGCUACAAGACUGAUGAAUUCCAGCUUCACACUAAUGUGAAUGACGGGACAGAGUUUGGCGGCUCCAUUUACCAGAAAGUGAACAAGAAGUUGGAGACCGCUGUCAAUCUUGCCUGGACAGCAGGAAACAGUAACACGCGCUUCGGAAUAGCAGCCAAGUAUCAGAUUGACCCUGACGCCUGCUUCUCGGCUAAAGUGAACAACUCCAGCCUGAUAGGUUUAGGAUACACUCAGACUCUAAAGCCAGGUAUUAAACUGACACUGUCAGCUCUUCUGGAUGGCAAGAACGUCAAUGCUGGUGGCCACAAGCUUGGUCUAGGACUGGAAUUUCAAGCAUAAAUGAAUACUGUACAAUUGUUUAAUUUUAAACUAUUUUGCAGCAUAGCUACCUUCAGAAUUUAGUGUAUCUUUUAAUGUUGUAUGUCUGGGAUGCAAGUAUUGCUAAAUAUGUUAGCCCUCCAGGUUAAAGUUGAUUCAGCUUUAAGAUGUUACCCUUCCAGAGGUACAGAAGAAACCUAUUUCCAAAAAAGGUCCUUUCAGUGGUAGACUCGGGGAGAACUUGGUGGCCCCUUUGAGAUGCCAGGUUUCUUUUUUAUCUAGAAAUGGCUGCAAGUGGAAGCGGAUAAUAUGUAGGCACUUUGUAAAUUCAUAUUGAGUAAAUGAAUGAAAUUGUGAUUUCCUGAGAAUCGAACCUUGGUUCCCUAACCCUAAUUGAUGAGAGGCUCGCUGCUUGAUGGUGUGUACAAACUCACCUGAAUGGGACUUUUUUAGACAGAUCUUCAUGACCUGUUCCCACCCCAGUUCAUCAUCAUCUCUUUUACACCAAAAGGUCUGCAGGGUGUGGUAACUGUUUCUUUUGUGCCAUUUUGGGGUGGAGAAGGUGGAUGUGAUGAAGCCAAUAAUUCAGGACUUAUUCCUUCUUGUGUUGUGUUUUUUUUUGGCCCUUGCACCAGAGUAUGAAAUAGCUUCCAGGAGCUCCAGCUAUAAGCUUGGAAGUGUCUGUGUGAUUGUAAUCACAUGGUGACAACACUCAGAAUCUAAAUUGGACUUCUGUUGUAUUCUCACCACUCAAUUUGUUUUUUAGCAGUUUAAUGGGUACAUUUUAGAGUCUUCCAUUUUGUUGGAAUUAGAUCCUCCCCUUCAAAUGCUGUAAUUAACAACACUUAAAAAACUUGAAUAAAAUAUUGAAACCUCAUCCUUCUUCUGUUGUCUUUAUUAAUAAAAUAUAAAUAAACAGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-687.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -733.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 713.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..(((((..((((((.....(((((.(((((((((((((((..((((((.(.(((...(((...(((((.((((((((((.(((((((....(((((((((..((.....))..)))))))))........(((.(((((.(((((((((((((((((...(((......))))))))))(((((......))))).)))))))).)).....)))))))).....)).)))....))))))))))........(((.(((((......))))))))...)).))))).))))))).)))))).)))))))).))...))))))))))..........(((((....)))))((((.((....)).)))).....(((((((((.....).))))..)))).....((((.....(((((((((((..(((((((((.....((((..(((((((...((((((((((((.....)))))))).))))..))))))).))))..((((.((((((.((....)).))..)))).)))).(((.....))))))))))))..))((((..(((.(...((((..((((((((((((((((.((((.....)).))...)))...)))))))((((....))))..(((((.......)))))((((((.((((..(((((..........(((((((......))))).))..((.((((((((...((((((...(((........))).....((.(((..(..(((((......)))))..)..)))))......)))))).)))...))))).))((((.(((((((.((.......))))))))).)))))))))))))))))))((((....))))................))))))...))))...).))).))))......))))))))).....)))))))))).)))))..)))))......(((((((((((((((..((((((..(((((((.(((....)))))))....((((((......)))))))))..))))))(((((...)))))(((((........)))))((.(..((((.((((.((((.....(((((.((((..(((...((((((((((((((((......)))))........))))).))))))....)))..)))).((((.((((((((((..(((((.((.((((..((((((...((.((((.......)))).))..(((((((((((..(((.....)))..))))...((((.(((((.....(((((........((((.((((((..((..((((..(((((.((((((((((.(((((((((......((.((((((((((((((((((..(((((((.((((........))))..(((((.(((.(((((....))))).))).))))).......(((((..(((..(((.((.(((((......(((((.(((((((..........(((((.....)))))....((..(((((((((...)))))))))..))......))))))).)))))))))).))))).))).....)))))..)))))))..))))).)))).....))).)))))))).....))))......)))))..))))))))))..)))))..))))..))....)))))).).))).........((((((.........))))))(((((....))))))))))....((((....))))))))).))))......)))))))..))))))....((((.((....)).))))((((((((.........(((((.((.....)).))))).....)))).))))........((((((.....)))))))))).)).)))))...))))))))))))))..)))))...))))..)))).))))..).))...(((((.((..((.(((.((........)).))).))..))...)))))....))))))))))........((((((((((((....))).....)))))))))....(((((((....)))))))(((((.((.((.(((((((((...)))).)))))..)).)).)))))..((((...(((((((((((((.....(((.....(((((....(((((......)))))))))).....))).......))))).............)))))))))))).............)))))........((((((...(((((.........)))))..)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((..(((((..((((({{,,..(((({{(((((((((((((((..((((((.{.(((...(((,,,({{{{.,,((((((({{((((((({...,|||||{((.,{{,....|||.|||},}}}),|||....(((.(((((.((((((((({(((((({.{((((......))))))))))||||{......)}}}}.}))))))).}}.....)))))))).....}.,))),,.}))))))))))........(((.(((((......))))))))...)}.}))))))}.)))).)))))).)))))))).})),,,))))))))),},.....{{{{{{||,{{|||||,,{,,{|||..||.}|}}||.,.(((((((({.....).))))..)))).....{(((.....(((((((((,(((((..((((.....}}}})))||(((((...((((((((((((.....))))))))},)))..)))))},.{{{{{,,{,,,{(((((,....((((({{(((.....)))|(((,..,,||},|||{|{{{({{,((((,..,{.,||,||||..{(((((((....})))}}||,,{{{{||,|,..,|||{,.||,,|}|{|{{....,||||{((((({.,....,||||({{{,..||||,.,,.||,.}}}|}}|||||{{{{||,...||}}}.}|.{,..,}}},.|}}}}||||||...||,.,..}}}}))),}}}.||.{{|,.{..{||{{.,....}}}}|,.,..))}.,.........}}}.},|......}}||,((((.(((((((.{{.......}}))))))).)))).})}}})},))))},||||....)))),........,,,....,,.,}.}}})),.},})))))}).........))))))))).....))))}))))).)))))..))))}......(((((((((((((((.{((.,.,{{{((((.,..}}))(((((((((....,(((((......)))))|{{{{.{{{.,{{{{,(({.,,.})),,)}}},}}}.,{.{{{......,||}}|{(((((....}))))}.,.})))}.((((((((((((((((((((((......)))))........))))).)))).((((((((.,((((.....)))).....,,.....{{(((.,,,...}}},}),..}}...))))))))(((((.(((((..((,.((((..(((.....)))..)))).)))))))))))).......))))))))...,(((({.......(((((...)))))....}}))).{(({......)))}...)))))))))....((((((((((....))))...))))))...........(((((.(((.(((((....))))).))).)))))((({.((((((((.,,,..,,,,(({((({.......,{{{{.{{{||||,|},...,.,(((({.....)))))....{{..(((((((((...)))))))))..}}.,,{{,|}}}||},||||||{{{|{{|||,...,..{{{{{({{{{{{{{{{,({{{,,{{{((({,,,,{|||||,.|}}}...},).}))))}}}}}}}||{{{||||,|||{{||({(({{{|{,,,|||,......}||,,{||{|,|||,.((((((.,.......)))))),,,,..}},},}})}}},||{{{{{,,.,,||||,.,.,}}},,...,|||||,|||{..,,,)))}...((((.({....}).))))||}},|||}}}}}}},.(((((.((.....)).))))),||{,||||{|,,|,|,,,,..,{{,,,..,{{.,,,))},}).})))))})},,.}})))))))))))))),}))}))))))),)))))))).})))..{{{((((({(,..,((((.....,}}}...,,})))),)}})}..,}))}}))).)))))))))),.......{(({{((({{(({,,,|||...,}))))))))).,,,|((((((....))))))|(((((.{(.({.(((((((({...}))).)))))..)).}}.))))),......{((((..{((((({{,..,.(((.....{{{((.,,,(((((......))))}}})))..,,}))}.,....})))),}}..))))}....,.......|{.{,,,...,}}}.}.,})))..,,....{(((((...{{(((,.......,)}}))..)))))).