Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001401016.1
Sequence Length
1928 nt
GC Content
0.4341
GUUUACGCCCCUGGGAAGCGGCUGGGGAUGGUGACGCUUGGACCGGUUUCCUGUGAAAAUCCUACGAGCCAUUUUGGCAAUAAAUUUGUACAAGUUCUUUAAAACUGUGCAGACCUCUGAUCCAGCACCUCCUUGCUGCCUAGAAAAUAAUCGCAGAUACGUGCAAAAAGCAGAAGAUGGCUGUGCCACCCACGUAUGCCGAUCUUGGCAAAUCUGCCAGGGAUGUCUUCACCAAGGGCUAUGGAUUUGGCUUAAUAAAGCUUGAUUUGAAAACAAAAUCUGAGAAUGGAUUGGAAUUUACAAGCUCAGGCUCAGCCAACACUGAGACCACCAAAGUGACGGGCAGUCUGGAAACCAAGUACAGAUGGACUGAGUACGGCCUGACGUUUACAGAGAAAUGGAAUACCGACAAUACACUAGGCACCGAGAUUACUGUGGAAGAUCAGCUUGCACGUGGACUGAAGCUGACCUUCGAUUCAUCCUUCUCACCUAACACUGGGAAAAAAAAUGCUAAAAUCAAGACAGGGUACAAGCGGGAGCACAUUAACCUGGGCUGCGACAUGGAUUUCGACAUUGCUGGGCCUUCCAUCCGGGGUGCUCUGGUGCUAGGUUACGAGGGCUGGCUGGCCGGCUACCAGAUGAAUUUUGAGACUGCAAAAUCCCGAGUGACCCAGAGCAACUUUGCAGUUGGCUACAAGACUGAUGAAUUCCAGCUUCACACUAAUGUGAAUGACGGGACAGAGUUUGGCGGCUCCAUUUACCAGAAAGUGAACAAGAAGUUGGAGACCGCUGUCAAUCUUGCCUGGACAGCAGGAAACAGUAACACGCGCUUCGGAAUAGCAGCCAAGUAUCAGAUUGACCCUGACGCCUGCUUCUCGGCUAAAGUGAACAACUCCAGCCUGAUAGGUUUAGGAUACACUCAGACUCUAAAGCCAGGUAUUAAACUGACACUGUCAGCUCUUCUGGAUGGCAAGAACGUCAAUGCUGGUGGCCACAAGCUUGGUCUAGGACUGGAAUUUCAAGCAUAAAUGAAUACUGUACAAUUGUUUAAUUUUAAACUAUUUUGCAGCAUAGCUACCUUCAGAAUUUAGUGUAUCUUUUAAUGUUGUAUGUCUGGGAUGCAAGUAUUGCUAAAUAUGUUAGCCCUCCAGGUUAAAGUUGAUUCAGCUUUAAGAUGUUACCCUUCCAGAGGUACAGAAGAAACCUAUUUCCAAAAAAGGUCCUUUCAGUGGUAGACUCGGGGAGAACUUGGUGGCCCCUUUGAGAUGCCAGGUUUCUUUUUUAUCUAGAAAUGGCUGCAAGUGGAAGCGGAUAAUAUGUAGGCACUUUGUAAAUUCAUAUUGAGUAAAUGAAUGAAAUUGUGAUUUCCUGAGAAUCGAACCUUGGUUCCCUAACCCUAAUUGAUGAGAGGCUCGCUGCUUGAUGGUGUGUACAAACUCACCUGAAUGGGACUUUUUUAGACAGAUCUUCAUGACCUGUUCCCACCCCAGUUCAUCAUCAUCUCUUUUACACCAAAAGGUCUGCAGGGUGUGGUAACUGUUUCUUUUGUGCCAUUUUGGGGUGGAGAAGGUGGAUGUGAUGAAGCCAAUAAUUCAGGACUUAUUCCUUCUUGUGUUGUGUUUUUUUUUGGCCCUUGCACCAGAGUAUGAAAUAGCUUCCAGGAGCUCCAGCUAUAAGCUUGGAAGUGUCUGUGUGAUUGUAAUCACAUGGUGACAACACUCAGAAUCUAAAUUGGACUUCUGUUGUAUUCUCACCACUCAAUUUGUUUUUUAGCAGUUUAAUGGGUACAUUUUAGAGUCUUCCAUUUUGUUGGAAUUAGAUCCUCCCCUUCAAAUGCUGUAAUUAACAACACUUAAAAAACUUGAAUAAAAUAUUGAAACCUCAUCCUUCUUCUGUUGUCUUUAUUAAUAAAAUAUAAAUAAACAGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-531.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -566.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((.((((((.......)))))).))..)))((((((.((((((.(((((.(((((((....((((..(((((.......((((((((.(((......)))))))))))..((((...(((((......)))))..)))).....((((...(((((((......((((.......))))......)))))))..))))(((((((....)))))))((.....)).)))))))))..))))))(((((....))))).(((((.......)))))((((..((............))..))))(((((((......))))).)).......).))))).)).))))...))))))..(((.(((.((((..(((..(..(((((......)))))..)..)))(((((((((.((((((.((((.....((.((((.(((((((.((.......))))))))).)))).)).......)))).((((....)))).........(((((((..((((((.((((((((.(((((((((((.(((((((((((((..((........))))))..)))))(((((((((((((((((((......(((((..(((((((.(((....)))))))....((((((......)))))))))..)))))))))))).)))))(((((((((....(((((..((..((((..(((((((....)))))).)..)))))).)))))(((((((((((((((......)))))........))))).)))))))))))..))).(((((((.((((((((((..(((((.((.((((..((((((...((.((((.......)))).))..(((((((((((..(((.....)))..))))...((((.(((((.....(((((........((((.((((((..((..((((..(((((.((((((((((.(((((((((......((.((((((((((((((((((..(((((((.((((........))))..(((((.(((.(((((....))))).))).))))).......(((((..(((..(((.((.(((((......(((((.(((((((..........(((((.....)))))....((..(((((((((...)))))))))..))......))))))).)))))))))).))))).))).....)))))..)))))))..))))).)))).....))).)))))))).....))))......)))))..))))))))))..)))))..))))..))....)))))).).))).........((((((.........))))))(((((....))))))))))....((((....))))))))).))))......)))))))..))))))....((((.((....)).))))((((((((.........(((((.((.....)).))))).....)))).))))........((((((.....)))))))))).)).)))))...)))))))))))))).))).....)))))))..)))).))))))...(((((.........)).))).))))).)))))))).)))))).)))))))....((.((.((((........))))...)).))(((((((...))).)))).)))))))))).))))).......((((((.((.((.(((((((((...)))).)))))..)).)).)))))).((((...(((((((((((((.....(((.....(((((....(((((......)))))))))).....))).......))))).............))))))))))))...............))))))).)))((((((...(((((.........)))))..)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..({,((((((...,,,,|}}|||.}}.,}}}((((((.(((({{,(((((..{(((((....((((..,{(((.......((((((({,(((......)))))))))))..((((...(((((......)))))..}))).....{((({,.{((((((......((((.......))))......)))))))},}))}(((((((....))))))),,.,...}}.))))}))))..)))))}(((({....})))}.({((({......}||||((((..{(,|,,....,,,.)),.})))||(((((......))))).}|.,....})})}))).}}.))))...)))})}..{({.(({.((((..(((..{..(((((......)))))..}..)))((((({(((,((((((.((((.....((.((((.(((((((.{{.......}}))))))).)))).)).......)))).{{,,...,|})}.........(((((((..((((((.({((((((.(((({((((({.(((({(((({{(,.,((........)))}))..))))|((((((({(({((((((({.....{(((((..(((((((.{({....)}}))))....((((((......)))))))))..))))))))))))},}}}},{{{{({{{..,,,|||||.,,...{{|,,{((((((....}))))).}.{|||,,{({,..{(((((((((((((((......)))))........))))).)))))}.,,.))},})}||{{{{{.{(((((((((..(((((.((.((({..((((((...((.((((.......)))).)),.(((((((((((..(((.....)))..)))).,,{(((.(((((,....{({((,.......((((.((((((..((..((((,.(((((.((((((((((,{{{{{{{{{....,,((,((((({{{((((((((((..{{{|||,.,|||,,,.....}},,..(((((.(((.(((((....))))).))).))))).,,..,,(((((..{{{..(((.((.(((({......(((((.(((((((.{,..,,,..(((({.....})))),...{{,,(((((((((...)))))))))..}}.,....))))))).)))))))))).))))).}}}.....}}))}..}}}}})}..})))),}|||,....}}},})))))})...,,),}),,},}})))))..}})))))))}..)))))|.})))..)).,..)))))).).))),,,,,,,..((((({.,...,,..}))))}{{{{{....}})))))))},{{{({,,.,,}))))})})).)))}......)))))))..)))))),,,,((((.({....}}.}}}|{({,(((({........{((((.((.....)).))))),}}}.,}}}}}})},}}}}}..,(({{{.....}})))))))).)).)))))...))))))))))))))}))}..,},)))))))}.)))).)))))).,{(({((........,}}.,,,.,)))).)))))))).)))))).)))))))..,,,,.||}|,||........||||...})})){((((((...)))}}))).)))))))}))||)))).......{(((((.{(.({.(((((((({...}))).)))))..)).}}.)))))}......{((((..{({((({{,,,,.(((.....{{{{(.|||(((((......))))},,))),.,},))}.,.,..,)))),,,..}))}}............,|.{,,.....}}}.}...})))))).))}{(((((...{((((,.......,)}}))..)))))).
Back