Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001401018.1

Sequence Length

1836 nt

GC Content

0.4444

GACUCACGCAGGUCCUCCCGCGCGCCCGCAACACGCCCGCAGGCUCCUGUGUCUGCUGCCGGGGCAGCGGGGCCCGGAAGGAAGAUGGCUGUGCCACCCACGUAUGCCGAUCUUGGCAAAUCUGCCAGGGAUGUCUUCACCAAGGGCUAUGGAUUUGGCUUAAUAAAGCUUGAUUUGAAAACAAAAUCUGAGAAUGGAUUGGAAUUUACAAGCUCAGGCUCAGCCAACACUGAGACCACCAAAGUGACGGGCAGUCUGGAAACCAAGUACAGAUGGACUGAGUACGGCCUGACGUUUACAGAGAAAUGGAAUACCGACAAUACACUAGGCACCGAGAUUACUGUGGAAGAUCAGCUUGCACGUGGACUGAAGCUGACCUUCGAUUCAUCCUUCUCACCUAACACUGGGAAAAAAAAUGCUAAAAUCAAGACAGGGUACAAGCGGGAGCACAUUAACCUGGGCUGCGACAUGGAUUUCGACAUUGCUGGGCCUUCCAUCCGGGGUGCUCUGGUGCUAGGUUACGAGGGCUGGCUGGCCGGCUACCAGAUGAAUUUUGAGACUGCAAAAUCCCGAGUGACCCAGAGCAACUUUGCAGUUGGCUACAAGACUGAUGAAUUCCAGCUUCACACUAAUGUGAAUGACGGGACAGAGUUUGGCGGCUCCAUUUACCAGAAAGUGAACAAGAAGUUGGAGACCGCUGUCAAUCUUGCCUGGACAGCAGGAAACAGUAACACGCGCUUCGGAAUAGCAGCCAAGUAUCAGAUUGACCCUGACGCCUGCUUCUCGGCUAAAGUGAACAACUCCAGCCUGAUAGGUUUAGGAUACACUCAGACUCUAAAGCCAGGUAUUAAACUGACACUGUCAGCUCUUCUGGAUGGCAAGAACGUCAAUGCUGGUGGCCACAAGCUUGGUCUAGGACUGGAAUUUCAAGCAUAAAUGAAUACUGUACAAUUGUUUAAUUUUAAACUAUUUUGCAGCAUAGCUACCUUCAGAAUUUAGUGUAUCUUUUAAUGUUGUAUGUCUGGGAUGCAAGUAUUGCUAAAUAUGUUAGCCCUCCAGGUUAAAGUUGAUUCAGCUUUAAGAUGUUACCCUUCCAGAGGUACAGAAGAAACCUAUUUCCAAAAAAGGUCCUUUCAGUGGUAGACUCGGGGAGAACUUGGUGGCCCCUUUGAGAUGCCAGGUUUCUUUUUUAUCUAGAAAUGGCUGCAAGUGGAAGCGGAUAAUAUGUAGGCACUUUGUAAAUUCAUAUUGAGUAAAUGAAUGAAAUUGUGAUUUCCUGAGAAUCGAACCUUGGUUCCCUAACCCUAAUUGAUGAGAGGCUCGCUGCUUGAUGGUGUGUACAAACUCACCUGAAUGGGACUUUUUUAGACAGAUCUUCAUGACCUGUUCCCACCCCAGUUCAUCAUCAUCUCUUUUACACCAAAAGGUCUGCAGGGUGUGGUAACUGUUUCUUUUGUGCCAUUUUGGGGUGGAGAAGGUGGAUGUGAUGAAGCCAAUAAUUCAGGACUUAUUCCUUCUUGUGUUGUGUUUUUUUUUGGCCCUUGCACCAGAGUAUGAAAUAGCUUCCAGGAGCUCCAGCUAUAAGCUUGGAAGUGUCUGUGUGAUUGUAAUCACAUGGUGACAACACUCAGAAUCUAAAUUGGACUUCUGUUGUAUUCUCACCACUCAAUUUGUUUUUUAGCAGUUUAAUGGGUACAUUUUAGAGUCUUCCAUUUUGUUGGAAUUAGAUCCUCCCCUUCAAAUGCUGUAAUUAACAACACUUAAAAAACUUGAAUAAAAUAUUGAAACCUCAUCCUUCUUCUGUUGUCUUUAUUAAUAAAAUAUAAAUAAACAGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-517.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -553.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 541.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((((...((((((((.((.(((........((((((......))))))))).)).)).))))))((((((.(((((.((((...))))((((.(((((.(((.(((((((....))))))).(((((..((((.(((...(((..(((.((((.......((((((((............((((((.((((..(((((..........(((((((......))))).))..((.((((((((...((((((...(((........))).....((.(((..(..(((((......)))))..)..)))))......)))))).)))...))))).))((((.(((((((.((.......))))))))).)))))))))))))))))))((((....)))).............)))))))).........)))).)))...)))...))).)).)).))))).....))).)).))))))).))))).))))))((((((((((((..((((((..(((((((.(((....)))))))....((((((......)))))))))..))))))(((((...)))))(((((........)))))((.(..((((.((((.((((.....(((((.((((..(((...((((((((((((((((......)))))........))))).))))))....)))..)))).((((.((((((((((..(((((.((.((((..((((((...((.((((.......)))).))..(((((((((((..(((.....)))..))))...((((.(((((.....(((((........((((.((((((..((..((((..(((((.((((((((((.(((((((((......((.((((((((((((((((((..(((((((.((((........))))..(((((.(((.(((((....))))).))).))))).......(((((..(((..(((.((.(((((......(((((.(((((((..........(((((.....)))))....((..(((((((((...)))))))))..))......))))))).)))))))))).))))).))).....)))))..)))))))..))))).)))).....))).)))))))).....))))......)))))..))))))))))..)))))..))))..))....)))))).).))).........((((((.........))))))(((((....))))))))))....((((....))))))))).))))......)))))))..))))))....((((.((....)).))))((((((((.........(((((.((.....)).))))).....)))).))))........((((((.....)))))))))).)).)))))...))))))))))))))..)))))...))))..)))).))))..).))...(((((.((..((.(((.((........)).))).))..))...)))))....))))))))))))......((((((((((((....))).....))))))))).)))))))))...........((((((.((.((.(((((((((...)))).)))))..)).)).)))))).((((...(((((((((((((.....(((.....(((((....(((((......)))))))))).....))).......))))).............))))))))))))..........................((((((...(((((.........)))))..)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...{{{{(((((,..{(((((((.((((({....,...((((((......))))))))),))))).)))))}((((((.(((((.((((...)))}((((.({(((.(((,(((((((....))))))),(((((..{,((.{((...(((,.(((.((((......,((((((((...........,((((((.((({..(({{{...,,{{{{{((((((({{....|||}|.||.{{..||||.{||.,.{((((,...,,.....}}}.)}}.))}.||.{||,,|,.{|||{.,,,..}}}||,.,..}}},,......|,|}}|.}}}...,,.))})}((((.(((((((.{{.......})))))))).))))})))))))))))))}((((....)))).............}))))))).,...,}..}))).))).,.)))...))),)}.}}.))))).....))).))}})))))).))))).))))))((((((((((((.{((...,{{{((((....}}))(((((((((....,(((((......)))))|{{((.{{{.,{{{{,(({.,,.))),,}|}},},}.,{.(((......,,|}}|{(((((....}))))}.,.})))}.((((((((((((((((((((((......)))))........))))).)))).((((((((.,((((.....)))).....,,.....{{(((..,,...}}}.}),..}}...))))))))(((((.(((((..((..((((..(((.....)))..)))).)))))))))))).......))))))))...,(((({.......(((((...)))))....}}))).{(({......)))}...)))))))))....((((((((((....))))...))))))...........(((((.(((.(((((....))))).))).)))))((({.((((((((..,,..,,,,(({((({.......,{{{{.{{{||||,|}}...,.,(((({.....)))))....{{..(((((((((...)))))))))..}).,,{{{|}}}||}{|||||{((({{({||....,..{{{{{(({{{{{{{{{,(({{,,{{{((((,,,,{|||||,.|}}}...},).}))))}}|}|}}||{{{{|||,|||{{|{({(({{{|{..,|{||......}||,,{||||,|||,.((((((.,.......}))))),,,,..}},|,}})}}}}||{{{{{,,.,,||||,.,.,}}},,...,|||||,|||{..,,.)))}...((((.({....}).))))||}},|||}}}}}}},.(((((.((.....)).))))).|{{,{|||{|,,,,|,,,,..,{{,,,..,,{.,,,))},}).})))))})},,.}})))))))))))))),}}}}})))))),)))))))).})))..{((((((({(...,((((.....}}}}...,,})))),)))))..,})))}))).))))))))))))......((((((((({((,...||}...,,))))))))).})))})}||,.,...,,}},{(((((.{(.({.(((((((({...}))).)))))..)).}}.)))))}......{((((..{((((({(,..,.(((.....{{{((.,,,(((((......))))}}})))..,,}))}......}))))}}}..))))}............,|,|.......,,},|....},........{(((((...{((((,.......,)}}))..)))))).